222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_1999 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2103  outer membrane porin  90.44 
 
 
433 aa  823  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325058  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1999  outer membrane porin  100 
 
 
429 aa  890  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00175202 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2632  outer membrane porin  71.82 
 
 
433 aa  657  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3764  outer membrane porin  98.14 
 
 
433 aa  874  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.522082  normal  0.130801 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2139  outer membrane porin  94.41 
 
 
433 aa  845  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0667606  hitchhiker  3.30448e-05 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09850  putative porin  63.19 
 
 
431 aa  562  1e-159  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.881809  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0914  putative porin  62.96 
 
 
431 aa  561  1e-159  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1059  outer membrane porin  54.38 
 
 
429 aa  480  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4392  outer membrane porin  56.79 
 
 
429 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.644568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4302  outer membrane porin  56.79 
 
 
429 aa  474  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.188975  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1419  outer membrane porin  56.54 
 
 
429 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.319007  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4765  porin  54.3 
 
 
427 aa  462  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0925937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54520  porin  54.3 
 
 
427 aa  463  1e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0211699  normal  0.223535 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1458  outer membrane porin  50.96 
 
 
421 aa  439  1e-122  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51070  porin  46.17 
 
 
416 aa  372  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  decreased coverage  8.11517e-08 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48920  outer membrane porin  43.42 
 
 
422 aa  361  1e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17890  putative porin  45.83 
 
 
416 aa  361  2e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2101  porin  43.02 
 
 
421 aa  357  2e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.690144  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24790  putative outer membrane porin  44.83 
 
 
421 aa  357  3e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4356  outer membrane porin  43.23 
 
 
421 aa  355  1e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1554  putative porin  44.55 
 
 
416 aa  354  1e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515342  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1456  outer membrane porin  44.91 
 
 
408 aa  345  9e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.126802  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1363  outer membrane porin  43.67 
 
 
408 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.475695  normal  0.0504292 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2058  outer membrane porin  43.3 
 
 
417 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.536728  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2638  outer membrane porin  44.44 
 
 
410 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.00757787  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2625  outer membrane porin  44.44 
 
 
410 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0951208  normal  0.228202 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3076  putative porin  45.3 
 
 
416 aa  336  5e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0309641  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3271  outer membrane porin  43.95 
 
 
417 aa  335  1e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37260  putative porin  43.59 
 
 
409 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.618786  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2488  outer membrane porin  43.7 
 
 
410 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.246443  normal  0.663679 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3682  outer membrane porin  43.06 
 
 
417 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3198  putative porin  43.49 
 
 
409 aa  331  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49310  outer membrane porin  42.49 
 
 
412 aa  330  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1577  outer membrane porin  42.82 
 
 
417 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.107742  normal  0.53028 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36090  putative porin  44.34 
 
 
416 aa  327  3e-88  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.05785e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3160  outer membrane porin  40.78 
 
 
418 aa  326  5e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08660  benzoate-specific outer membrane porin  42.01 
 
 
423 aa  326  6e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18150  outer membrane porin  41.79 
 
 
411 aa  324  2e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03800  anaerobically-induced outer membrane porin OprE precursor  40.49 
 
 
463 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.314855  normal  0.413921 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0382  outer membrane porin OprE precursor  40.54 
 
 
460 aa  323  4e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2563  outer membrane porin  42.96 
 
 
427 aa  322  7e-87  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0910723  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0953  putative porin  42.08 
 
 
418 aa  322  9e-87  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.465308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3390  porin, putative  42.14 
 
 
426 aa  320  3e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.808043  normal  0.355784 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1987  outer membrane porin  38.97 
 
 
430 aa  320  4e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.6739 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10440  putative porin  42.57 
 
 
418 aa  318  9e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1272  outer membrane porin OprE  40.29 
 
 
417 aa  313  3e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2167  outer membrane porin  43.6 
 
 
417 aa  313  3e-84  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.049218  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5621  putative porin  44.07 
 
 
417 aa  308  9e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64720  putative porin  43.58 
 
 
417 aa  308  1e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916486  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2074  outer membrane porin  40.44 
 
 
420 aa  308  2e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.695569  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3656  aromatic compound-specific porin, putative  39.95 
 
 
420 aa  306  3e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.755961  normal  0.164035 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2145  outer membrane porin  41.63 
 
 
431 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.832891  normal  0.088551 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2701  outer membrane porin  41.29 
 
 
416 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  0.985666 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2547  outer membrane porin  41.77 
 
 
416 aa  300  5e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.789024  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3168  benzoate-specific porin  41.77 
 
 
416 aa  299  6e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.143323  normal  0.69398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2024  outer membrane porin  42.61 
 
 
417 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.68601  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1023  outer membrane porin  41.31 
 
 
417 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0827168 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01240  OprE-like outer membrane porin  38.66 
 
 
440 aa  297  3e-79  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.464345  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2681  outer membrane porin  41.77 
 
 
416 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.340362  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4430  outer membrane porin  40.79 
 
 
418 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0138033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3574  outer membrane porin  41.48 
 
 
430 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.135647  normal  0.538607 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11340  outer membrane porin  41.12 
 
 
428 aa  294  2e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.703793  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4340  outer membrane porin  41.22 
 
 
418 aa  294  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00498222  normal  0.156563 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3939  porin, putative  40.74 
 
 
430 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.38519  normal  0.0206091 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42090  outer membrane porin, OprD family  39.09 
 
 
427 aa  292  8e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.696381  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15150  outer membrane porin  39.8 
 
 
423 aa  292  9e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.350785  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1383  BenF-like porin  40.75 
 
 
418 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.435313 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2730  outer membrane porin  38.8 
 
 
440 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.530004 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3077  outer membrane porin  41.03 
 
 
416 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0293927  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1898  outer membrane porin  40.49 
 
 
430 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  1.46891e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1739  outer membrane porin  38.66 
 
 
415 aa  290  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14210  outer membrane porin  39.56 
 
 
423 aa  290  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22560  OprE-like outer membrane porin  39.54 
 
 
443 aa  288  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3121  outer membrane porin  38.85 
 
 
424 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31670  outer membrane porin OprE  38.89 
 
 
445 aa  287  3e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02980  putative porin  38.88 
 
 
421 aa  286  4e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100388 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2946  outer membrane porin, OprD family  39.12 
 
 
440 aa  286  4e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153867  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1277  outer membrane porin  39.07 
 
 
419 aa  286  6e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00224038  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5417  outer membrane porin  37.36 
 
 
447 aa  285  9e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0532754  normal  0.0252012 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0324  putative porin  38.86 
 
 
416 aa  284  2e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2127  outer membrane porin  39.12 
 
 
418 aa  283  4e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265599  normal  0.364595 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1339  outer membrane porin  38.54 
 
 
422 aa  283  4e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.868317  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2343  outer membrane porin, OprD family  39.31 
 
 
418 aa  283  5e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1168  outer membrane porin  37.41 
 
 
442 aa  281  1e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.012931  normal  0.278101 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31180  OprE-like outer membrane porin  36.44 
 
 
439 aa  281  1e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1173  porin, putative  38.66 
 
 
412 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.121205  normal  0.068345 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4239  outer membrane porin  38.42 
 
 
412 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1206  outer membrane porin  38.42 
 
 
412 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4527  outer membrane porin  37.65 
 
 
424 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.321558  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3201  outer membrane porin  38.69 
 
 
415 aa  277  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.27407  normal  0.0173746 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4332  outer membrane porin  36.28 
 
 
439 aa  277  3e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.994922 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49300  OprD family outer membrane porin  39.16 
 
 
428 aa  277  3e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.32887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10640  OprE-like outer membrane porin  36.24 
 
 
456 aa  276  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0112866  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3451  outer membrane porin  38.88 
 
 
395 aa  276  4e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.243467 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25950  OprE-like outer membrane porin  36.28 
 
 
443 aa  275  8e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.249173  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05170  OprE-like outer membrane porin  36.36 
 
 
439 aa  275  1e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0885067  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0903  outer membrane porin  37.75 
 
 
422 aa  274  2e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1054  outer membrane porin, OprD family  37.01 
 
 
422 aa  273  3e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38130  OprD family outer membrane porin  38.12 
 
 
426 aa  274  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.764823  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1097  outer membrane porin  39.03 
 
 
446 aa  273  4e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  1.58939e-06  normal  0.0454814 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>