More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3232 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3232  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 266 aa  550  1e-155  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.72536  normal  0.33635 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3442  diguanylate phosphodiesterase  67.5 
 
 		 254 aa  344  7e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1408  diguanylate phosphodiesterase  62.96 
 
 		 332 aa  322  5e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.939193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4934  diguanylate phosphodiesterase  58.4 
 
 		 256 aa  298  5e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000539515  normal  0.673945 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0914  EAL domain-containing protein  54 
 
 		 256 aa  286  2e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3566  diguanylate phosphodiesterase  57.44 
 
 		 265 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333064  normal  0.483567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3242  EAL domain-containing protein  57.44 
 
 		 283 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.526711  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1902  diguanylate phosphodiesterase  52.03 
 
 		 253 aa  283  2.0000000000000002e-75  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.570063 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0264  diguanylate phosphodiesterase  55.1 
 
 		 259 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.317431 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3107  diguanylate phosphodiesterase  58.02 
 
 		 259 aa  282  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.757565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2208  diguanylate phosphodiesterase  54.36 
 
 		 254 aa  282  4.0000000000000003e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3438  diguanylate phosphodiesterase  56.5 
 
 		 265 aa  282  5.000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0005  diguanylate phosphodiesterase  54.32 
 
 		 259 aa  281  1e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.162907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0171  EAL  55.1 
 
 		 260 aa  279  4e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0236  EAL domain protein  54.69 
 
 		 260 aa  278  5e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1247  hypothetical protein  53.75 
 
 		 257 aa  275  8e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000126257  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2934  diguanylate phosphodiesterase  55.27 
 
 		 252 aa  274  9e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.780718  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0525  diguanylate phosphodiesterase  54.17 
 
 		 251 aa  271  7e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2810  diguanylate phosphodiesterase  53.5 
 
 		 257 aa  268  8e-71  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0883  diguanylate phosphodiesterase  51.6 
 
 		 262 aa  266  2e-70  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3825  hypothetical protein  53.78 
 
 		 249 aa  264  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.186672  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1747  diguanylate phosphodiesterase  49.6 
 
 		 291 aa  264  1e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.087315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0637  hypothetical protein  49.8 
 
 		 257 aa  263  3e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00815017  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0028  diguanylate phosphodiesterase  49.79 
 
 		 255 aa  262  4e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1172  diguanylate phosphodiesterase  53.36 
 
 		 258 aa  261  8.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.459391 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1584  diguanylate phosphodiesterase  50.84 
 
 		 263 aa  259  4e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0237519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1233  diguanylate phosphodiesterase  53.14 
 
 		 258 aa  259  4e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.924299 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0806  signal protein  50.83 
 
 		 257 aa  251  6e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0601  diguanylate phosphodiesterase  50.21 
 
 		 258 aa  246  3e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0026  diguanylate phosphodiesterase  47.88 
 
 		 246 aa  245  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0541  diguanylate phosphodiesterase  50.21 
 
 		 257 aa  244  8e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0024  diguanylate phosphodiesterase  47.46 
 
 		 246 aa  244  9.999999999999999e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.481277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0519  diguanylate phosphodiesterase  48.94 
 
 		 257 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0545  diguanylate phosphodiesterase  48.94 
 
 		 257 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3798  diguanylate phosphodiesterase  48.94 
 
 		 257 aa  240  2e-62  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1965  diguanylate phosphodiesterase  50.43 
 
 		 248 aa  236  2e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.616941  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2731  putative diguanylate phosphodiesterase  45.61 
 
 		 259 aa  236  3e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2830  diguanylate phosphodiesterase  47.08 
 
 		 253 aa  231  7.000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.011956  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0792  diguanylate phosphodiesterase  52.04 
 
 		 224 aa  226  2e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.307783 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2342  diguanylate phosphodiesterase  47.95 
 
 		 257 aa  221  9.999999999999999e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3093  cyclic-di-GMP regulatory protein  39.91 
 
 		 239 aa  186  5e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0272737 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2042  diguanylate phosphodiesterase  38.05 
 
 		 352 aa  170  3e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281797  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0467  EAL domain protein  39.11 
 
 		 351 aa  169  4e-41  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0116221  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0635  diguanylate phosphodiesterase  37.71 
 
 		 340 aa  168  8e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00175  hypothetical protein ycgF  37.78 
 
 		 390 aa  166  2.9999999999999998e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2032  diguanylate phosphodiesterase  34.48 
 
 		 406 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.252984 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1073  diguanylate phosphodiesterase  38.81 
 
 		 367 aa  164  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1138  diguanylate phosphodiesterase  40 
 
 		 266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0058  diguanylate phosphodiesterase  38.81 
 
 		 357 aa  160  3e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  36.32 
 
 		 734 aa  159  3e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0706  diguanylate phosphodiesterase  35.47 
 
 		 356 aa  154  1e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.578959  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.71 
 
 		 753 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.25 
 
 		 883 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  32.77 
 
 		 362 aa  146  3e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  32.77 
 
 		 360 aa  145  5e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1757  diguanylate phosphodiesterase  34.65 
 
 		 418 aa  143  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388257  hitchhiker  0.000204445 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1986  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  36.28 
 
 		 403 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.758889  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01138  predicted FAD-binding phosphodiesterase  35.84 
 
 		 403 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01146  hypothetical protein  35.84 
 
 		 403 aa  142  4e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2484  diguanylate phosphodiesterase  35.4 
 
 		 403 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2318  diguanylate phosphodiesterase  35.25 
 
 		 371 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.440144  normal  0.199138 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2463  diguanylate phosphodiesterase  35.4 
 
 		 403 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.537462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1303  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  35.4 
 
 		 403 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1259  BLUF/cyclic diguanylate phosphodiesterase domain-containing protein  35.4 
 
 		 403 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577088  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.07 
 
 		 797 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.78 
 
 		 590 aa  135  5e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  34.93 
 
 		 584 aa  133  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1194  hypothetical protein  34.25 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.603137  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1598  GGDEF:CBS:EAL  33.78 
 
 		 590 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.29213  normal  0.0431902 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 		 596 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.07 
 
 		 773 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3886  EAL domain/GGDEF domain protein  33.63 
 
 		 590 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00288669  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1310  diguanylate phosphodiesterase  34.33 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.016111  normal  0.292811 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.94 
 
 		 766 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.11 
 
 		 580 aa  130  2.0000000000000002e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 		 786 aa  130  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  31.85 
 
 		 601 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.63 
 
 		 585 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.63 
 
 		 585 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.63 
 
 		 585 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.63 
 
 		 585 aa  126  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 		 583 aa  126  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 		 379 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.18 
 
 		 583 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.48 
 
 		 584 aa  125  6e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.6 
 
 		 584 aa  125  7e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  33.64 
 
 		 357 aa  124  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 592 aa  124  1e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  32.6 
 
 		 584 aa  123  2e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  33.33 
 
 		 582 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.68 
 
 		 599 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.57 
 
 		 581 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0554  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.6 
 
 		 584 aa  123  4e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0111263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2103  cyclic-di-GMP regulatory protein  29.44 
 
 		 409 aa  122  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.444099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.74 
 
 		 605 aa  122  7e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.396651  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0748  PAS sensor protein  34.1 
 
 		 647 aa  122  8e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.63 
 
 		 572 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.25 
 
 		 632 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1510  diguanylate phosphodiesterase  34.4 
 
 		 475 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0541  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.49 
 
 		 454 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.965104  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>