100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1017 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1019  porin B  97.99 
 
 		 447 aa  907    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  96.2 
 
 		 447 aa  888    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  72.25 
 
 		 448 aa  676    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  71.43 
 
 		 444 aa  682    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 447 aa  918    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  76.23 
 
 		 452 aa  720    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  76.61 
 
 		 454 aa  724    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  70.54 
 
 		 444 aa  676    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  97.76 
 
 		 447 aa  904    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  76.91 
 
 		 452 aa  726    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  77.28 
 
 		 454 aa  730    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  70.14 
 
 		 453 aa  657    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  69.07 
 
 		 448 aa  651    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  76.7 
 
 		 453 aa  723    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  76.07 
 
 		 453 aa  720    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  71.59 
 
 		 444 aa  684    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  44.66 
 
 		 456 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  44.66 
 
 		 456 aa  341  2e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  43.23 
 
 		 456 aa  334  2e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  36.82 
 
 		 455 aa  254  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  36.82 
 
 		 455 aa  254  3e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  34.76 
 
 		 454 aa  252  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  32.86 
 
 		 482 aa  219  7e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  33.41 
 
 		 417 aa  210  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  32.21 
 
 		 422 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  32.53 
 
 		 422 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  32.31 
 
 		 422 aa  207  4e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  33.18 
 
 		 396 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  31.59 
 
 		 425 aa  179  5.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  31.41 
 
 		 446 aa  179  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  29.48 
 
 		 440 aa  165  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  31.49 
 
 		 417 aa  164  4.0000000000000004e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  31.08 
 
 		 501 aa  164  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  29.43 
 
 		 510 aa  146  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  27.38 
 
 		 512 aa  144  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  28.27 
 
 		 485 aa  134  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  28.57 
 
 		 534 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  27.7 
 
 		 534 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  26.62 
 
 		 476 aa  126  8.000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  27.14 
 
 		 509 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  26.68 
 
 		 494 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  26.08 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  26.08 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  26.08 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  26.08 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  26.08 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  26.08 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  26.08 
 
 		 504 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  26.09 
 
 		 495 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  26.91 
 
 		 492 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  26.49 
 
 		 514 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  24.83 
 
 		 490 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  25.98 
 
 		 493 aa  108  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  25.98 
 
 		 514 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  25.98 
 
 		 514 aa  107  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  25.42 
 
 		 480 aa  106  8e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  23.6 
 
 		 486 aa  105  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  26.24 
 
 		 488 aa  102  1e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 498 aa  102  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  24.89 
 
 		 502 aa  101  3e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  25.17 
 
 		 483 aa  101  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  24.88 
 
 		 534 aa  97.8  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  25.67 
 
 		 478 aa  96.7  7e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  24.54 
 
 		 502 aa  95.9  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  26.51 
 
 		 507 aa  94.4  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  26.41 
 
 		 474 aa  93.2  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  23.79 
 
 		 481 aa  93.2  9e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  26.04 
 
 		 481 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 		 446 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  26.73 
 
 		 490 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  22.14 
 
 		 449 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  26.33 
 
 		 490 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  25.63 
 
 		 522 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  26.21 
 
 		 452 aa  80.5  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  25.95 
 
 		 444 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  24.84 
 
 		 452 aa  73.6  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  22.29 
 
 		 462 aa  73.6  0.000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  21.55 
 
 		 473 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  26.08 
 
 		 480 aa  71.6  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  23.86 
 
 		 434 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  31.54 
 
 		 464 aa  65.9  0.000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  23.51 
 
 		 391 aa  61.2  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  23.04 
 
 		 494 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  22.19 
 
 		 492 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  23.04 
 
 		 481 aa  54.7  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  22.03 
 
 		 486 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  23.19 
 
 		 486 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  23.19 
 
 		 486 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  22.78 
 
 		 459 aa  52.8  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  22.36 
 
 		 396 aa  52.4  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  22.22 
 
 		 476 aa  50.8  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  22.73 
 
 		 469 aa  50.8  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  23.56 
 
 		 467 aa  49.3  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2751  carbohydrate-selective porin OprB  23.81 
 
 		 446 aa  49.3  0.0001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.202947  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4102  Carbohydrate-selective porin OprB  22.86 
 
 		 522 aa  47.4  0.0005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.792226  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  31.76 
 
 		 253 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  22.01 
 
 		 476 aa  47  0.0007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  28.48 
 
 		 464 aa  45.8  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  24.1 
 
 		 477 aa  45.4  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  25.75 
 
 		 703 aa  44.7  0.003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>