45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_4102 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_4102  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 522 aa  1049    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.792226  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  33.17 
 
 		 464 aa  179  1e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  30.54 
 
 		 462 aa  169  1e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0812  carbohydrate-selective porin OprB  36.17 
 
 		 268 aa  134  5e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  26.93 
 
 		 492 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  26.67 
 
 		 494 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  26.68 
 
 		 495 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  25.42 
 
 		 514 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  25.42 
 
 		 514 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  25.66 
 
 		 493 aa  71.6  0.00000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  25.62 
 
 		 488 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  25.29 
 
 		 534 aa  64.3  0.000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  23.93 
 
 		 504 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  23.93 
 
 		 504 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  23.93 
 
 		 504 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  23.93 
 
 		 504 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  23.93 
 
 		 504 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  23.93 
 
 		 504 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  23.93 
 
 		 504 aa  59.3  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  23.17 
 
 		 453 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  24.71 
 
 		 422 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  23.13 
 
 		 483 aa  54.3  0.000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  28.12 
 
 		 514 aa  53.9  0.000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  24.15 
 
 		 453 aa  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  23.5 
 
 		 502 aa  52  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  24.64 
 
 		 422 aa  51.6  0.00003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  24.51 
 
 		 396 aa  50.8  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  28.57 
 
 		 474 aa  50.8  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  26.32 
 
 		 478 aa  50.1  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  24.24 
 
 		 452 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  24.24 
 
 		 454 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  31.01 
 
 		 396 aa  49.7  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  24.24 
 
 		 452 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  24.3 
 
 		 507 aa  48.9  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  22.78 
 
 		 448 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  24.24 
 
 		 454 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  24.74 
 
 		 449 aa  48.5  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  22.9 
 
 		 447 aa  47.4  0.0007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  23.54 
 
 		 422 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  26.38 
 
 		 481 aa  46.6  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  22.86 
 
 		 447 aa  45.4  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  22.43 
 
 		 447 aa  44.7  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  42.37 
 
 		 490 aa  44.3  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  31.31 
 
 		 480 aa  43.5  0.008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  26.77 
 
 		 452 aa  43.5  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>