100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1019 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1019  porin B  100 
 
 		 447 aa  919    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  95.97 
 
 		 447 aa  890    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  72.48 
 
 		 448 aa  674    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  71.36 
 
 		 444 aa  679    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  97.99 
 
 		 447 aa  907    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  76.68 
 
 		 452 aa  724    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  77.28 
 
 		 454 aa  727    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  70.47 
 
 		 444 aa  674    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  99.78 
 
 		 447 aa  917    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  77.35 
 
 		 452 aa  730    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  78.52 
 
 		 454 aa  734    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  70.07 
 
 		 453 aa  659    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  69.53 
 
 		 448 aa  652    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  76.98 
 
 		 453 aa  725    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  76.07 
 
 		 453 aa  721    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  71.36 
 
 		 444 aa  681    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  44.66 
 
 		 456 aa  342  1e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  44.66 
 
 		 456 aa  342  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  43.71 
 
 		 456 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  36.52 
 
 		 455 aa  253  4.0000000000000004e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  36.52 
 
 		 455 aa  253  4.0000000000000004e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  34.48 
 
 		 454 aa  251  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  32.62 
 
 		 482 aa  218  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  33.18 
 
 		 417 aa  209  8e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  32.21 
 
 		 422 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  32.89 
 
 		 422 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  32.21 
 
 		 422 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  32.94 
 
 		 396 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  31.59 
 
 		 425 aa  180  5.999999999999999e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  31.18 
 
 		 446 aa  178  2e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  28.54 
 
 		 440 aa  166  6.9999999999999995e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  31.82 
 
 		 501 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  31.49 
 
 		 417 aa  164  3e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  29.17 
 
 		 510 aa  145  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  27.38 
 
 		 512 aa  145  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  28.98 
 
 		 485 aa  137  3.0000000000000003e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  27.64 
 
 		 534 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  28.11 
 
 		 534 aa  130  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  26.85 
 
 		 476 aa  128  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  27.56 
 
 		 509 aa  120  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  27.15 
 
 		 494 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  26.83 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  26.83 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  26.83 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  26.83 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  26.83 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  26.83 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  26.83 
 
 		 504 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  26.54 
 
 		 495 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  27.38 
 
 		 492 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  26.49 
 
 		 514 aa  113  9e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  25.11 
 
 		 490 aa  110  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  24.53 
 
 		 486 aa  107  6e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  25.52 
 
 		 493 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  25.52 
 
 		 514 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  25.52 
 
 		 514 aa  105  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 		 480 aa  104  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  25.48 
 
 		 498 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  25.34 
 
 		 502 aa  102  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  26.02 
 
 		 488 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 		 483 aa  100  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  25.81 
 
 		 478 aa  98.2  3e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  24.88 
 
 		 534 aa  97.8  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  24.54 
 
 		 502 aa  96.3  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  23.79 
 
 		 481 aa  94.4  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  26.62 
 
 		 507 aa  94  5e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  26.41 
 
 		 474 aa  93.2  8e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  26.44 
 
 		 481 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 		 446 aa  91.3  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  22.51 
 
 		 449 aa  86.3  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  26.67 
 
 		 490 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  26.71 
 
 		 490 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  25.8 
 
 		 522 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  26.16 
 
 		 444 aa  81.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  25.98 
 
 		 452 aa  80.1  0.00000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  22.64 
 
 		 462 aa  77.4  0.0000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  25.16 
 
 		 452 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  21.55 
 
 		 473 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  25.97 
 
 		 480 aa  70.9  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  24.3 
 
 		 434 aa  68.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  31.54 
 
 		 464 aa  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  23.27 
 
 		 391 aa  61.6  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  23.04 
 
 		 459 aa  55.5  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  22.57 
 
 		 396 aa  53.1  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  21.78 
 
 		 486 aa  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  21.95 
 
 		 492 aa  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  22.53 
 
 		 494 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  22.53 
 
 		 481 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  22.69 
 
 		 486 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  22.69 
 
 		 486 aa  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  23.56 
 
 		 467 aa  50.1  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  22.42 
 
 		 469 aa  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  21.92 
 
 		 476 aa  50.1  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2751  carbohydrate-selective porin OprB  23.81 
 
 		 446 aa  48.5  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.202947  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  31.76 
 
 		 253 aa  47  0.0006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  30.61 
 
 		 464 aa  47  0.0007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  23.77 
 
 		 477 aa  46.6  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  21.7 
 
 		 476 aa  45.8  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4102  Carbohydrate-selective porin OprB  22.4 
 
 		 522 aa  44.7  0.003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.792226  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  25.37 
 
 		 703 aa  43.1  0.01  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>