104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_2969 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
480 aa  982    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  52.13 
 
 
473 aa  448  1e-125  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  47.75 
 
 
502 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  47.42 
 
 
498 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  44.6 
 
 
481 aa  387  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  43.98 
 
 
509 aa  365  1e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  43.85 
 
 
446 aa  361  1e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  42.69 
 
 
534 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  42.69 
 
 
534 aa  350  3e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  42.13 
 
 
490 aa  335  1e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  41.44 
 
 
522 aa  333  3e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  41.9 
 
 
490 aa  333  5e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  40.85 
 
 
481 aa  326  5e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  40.29 
 
 
449 aa  323  4e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  38.44 
 
 
504 aa  299  8e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  38.44 
 
 
504 aa  299  8e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  38.44 
 
 
504 aa  299  8e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  38.44 
 
 
504 aa  299  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  38.44 
 
 
504 aa  299  8e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  38.44 
 
 
504 aa  299  8e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  38.44 
 
 
504 aa  299  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  38.53 
 
 
514 aa  293  5e-78  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  36.98 
 
 
494 aa  279  7e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  36.98 
 
 
492 aa  278  1e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  37.47 
 
 
493 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  36.27 
 
 
474 aa  277  3e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  37.47 
 
 
514 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  37.47 
 
 
514 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  36.06 
 
 
507 aa  276  8e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  36.5 
 
 
495 aa  271  2e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  38.57 
 
 
483 aa  271  2e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  37.77 
 
 
444 aa  264  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  36.34 
 
 
488 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  35.63 
 
 
534 aa  254  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  38.57 
 
 
478 aa  241  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  34.38 
 
 
502 aa  229  7e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  29.06 
 
 
480 aa  130  8.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  27.12 
 
 
456 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  27.12 
 
 
456 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  26.97 
 
 
425 aa  115  2.0000000000000002e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  27.13 
 
 
510 aa  114  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  23.99 
 
 
448 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  26.08 
 
 
456 aa  109  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  24.03 
 
 
452 aa  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  24.6 
 
 
454 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  25.42 
 
 
447 aa  106  8e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  23.8 
 
 
452 aa  105  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  25.18 
 
 
447 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  24.37 
 
 
454 aa  105  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  24.94 
 
 
447 aa  104  4e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  24.94 
 
 
447 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  26.23 
 
 
453 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  24.93 
 
 
440 aa  99.4  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  24.13 
 
 
444 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  24.26 
 
 
453 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  24.88 
 
 
453 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  26.12 
 
 
417 aa  95.5  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  23.04 
 
 
444 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  24.21 
 
 
501 aa  91.3  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  23.04 
 
 
444 aa  90.5  5e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  26.11 
 
 
396 aa  90.5  6e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  27.64 
 
 
418 aa  90.1  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  27.64 
 
 
418 aa  90.1  7e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  26.45 
 
 
395 aa  88.6  2e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  23.15 
 
 
448 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 
490 aa  85.1  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  23.99 
 
 
482 aa  82.4  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  23.32 
 
 
454 aa  78.2  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 
455 aa  77.4  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 
455 aa  77.4  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  23.23 
 
 
485 aa  77  0.0000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  23.72 
 
 
417 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  22.7 
 
 
422 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  22.5 
 
 
422 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  21.98 
 
 
422 aa  72.4  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  22.19 
 
 
396 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  24.84 
 
 
395 aa  69.7  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  23.4 
 
 
476 aa  67.8  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  23.32 
 
 
391 aa  58.5  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  23.6 
 
 
492 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  23.6 
 
 
486 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  21.48 
 
 
486 aa  58.9  0.0000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  25.37 
 
 
459 aa  56.6  0.0000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  26.39 
 
 
462 aa  54.7  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  22.94 
 
 
494 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  22.78 
 
 
481 aa  53.9  0.000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  22.6 
 
 
469 aa  53.5  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0812  carbohydrate-selective porin OprB  25.13 
 
 
268 aa  53.5  0.000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  23.13 
 
 
486 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  22.94 
 
 
486 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  28.57 
 
 
464 aa  52.8  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1898  Carbohydrate-selective porin OprB  22.73 
 
 
373 aa  51.6  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.541333 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2250  carbohydrate-selective porin, OprB family  22.73 
 
 
373 aa  51.6  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  25.08 
 
 
512 aa  50.1  0.00009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  23.34 
 
 
484 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  21.81 
 
 
452 aa  47  0.0007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  20.71 
 
 
459 aa  47  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  24.9 
 
 
490 aa  45.8  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  21.48 
 
 
434 aa  45.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  20.1 
 
 
446 aa  45.4  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>