69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1095 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
464 aa  940    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  70.28 
 
 
462 aa  672    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4102  Carbohydrate-selective porin OprB  33.17 
 
 
522 aa  179  1e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.792226  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0812  carbohydrate-selective porin OprB  30.51 
 
 
268 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  27.65 
 
 
534 aa  80.5  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  24.55 
 
 
444 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  25.11 
 
 
478 aa  77  0.0000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  22.75 
 
 
453 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  32.68 
 
 
453 aa  70.1  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  32.89 
 
 
453 aa  68.9  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  31.54 
 
 
447 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  31.54 
 
 
447 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  33.33 
 
 
452 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  31.54 
 
 
447 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  33.33 
 
 
452 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  33.33 
 
 
454 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  33.33 
 
 
454 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  31.54 
 
 
447 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  23.8 
 
 
422 aa  64.3  0.000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  24.55 
 
 
494 aa  63.2  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  23.88 
 
 
422 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  23.85 
 
 
422 aa  62.4  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  24.24 
 
 
504 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  24.24 
 
 
504 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  24.24 
 
 
504 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  24.24 
 
 
504 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  24.24 
 
 
504 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  24.24 
 
 
504 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  24.24 
 
 
504 aa  59.7  0.0000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  23.4 
 
 
396 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  30.99 
 
 
448 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  29.3 
 
 
448 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  23.42 
 
 
483 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  24.48 
 
 
495 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  23.38 
 
 
492 aa  57  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  30.99 
 
 
444 aa  57  0.0000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  30.99 
 
 
444 aa  57  0.0000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  24.17 
 
 
493 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  30.28 
 
 
444 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  23.65 
 
 
507 aa  55.8  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  25.05 
 
 
474 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  23.75 
 
 
514 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  23.75 
 
 
514 aa  54.3  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  29.84 
 
 
490 aa  53.9  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  22.76 
 
 
488 aa  53.9  0.000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  23.29 
 
 
514 aa  53.5  0.000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  23.39 
 
 
482 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  28.57 
 
 
480 aa  52.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  26.67 
 
 
481 aa  52.8  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  29.84 
 
 
490 aa  52.4  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  29.41 
 
 
510 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  28.29 
 
 
425 aa  49.3  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  22.12 
 
 
509 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  20.74 
 
 
502 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  28.1 
 
 
502 aa  47.4  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0794  Carbohydrate-selective porin OprB  23.69 
 
 
473 aa  47.4  0.0006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  unclonable  0.00000000000421873  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  29.03 
 
 
522 aa  46.6  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  26 
 
 
454 aa  45.8  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  31.73 
 
 
708 aa  45.4  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  28.48 
 
 
449 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  29.66 
 
 
481 aa  45.8  0.002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  26 
 
 
455 aa  45.4  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  21.51 
 
 
534 aa  45.4  0.002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  26 
 
 
455 aa  45.4  0.002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  21.73 
 
 
534 aa  45.4  0.002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  23.29 
 
 
471 aa  44.7  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  29.03 
 
 
395 aa  45.1  0.003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  24.68 
 
 
446 aa  44.7  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  24.81 
 
 
452 aa  43.5  0.008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>