109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1296 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1019  porin B  76.07 
 
 		 447 aa  721    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  66.59 
 
 		 444 aa  639    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  100 
 
 		 453 aa  937    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  94.26 
 
 		 453 aa  895    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  66.3 
 
 		 448 aa  643    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  71.93 
 
 		 454 aa  697    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  73.46 
 
 		 452 aa  689    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  75.85 
 
 		 447 aa  719    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  66.37 
 
 		 444 aa  636    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  71.27 
 
 		 454 aa  690    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  72.71 
 
 		 452 aa  679    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  76.07 
 
 		 447 aa  720    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  66.59 
 
 		 444 aa  639    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  65.92 
 
 		 448 aa  635    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  75.45 
 
 		 447 aa  716    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  64.51 
 
 		 453 aa  615  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  44.15 
 
 		 456 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  44.15 
 
 		 456 aa  337  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  43.72 
 
 		 456 aa  335  7.999999999999999e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  34.38 
 
 		 455 aa  253  4.0000000000000004e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  34.38 
 
 		 455 aa  253  4.0000000000000004e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  35.7 
 
 		 454 aa  250  4e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  33.33 
 
 		 482 aa  224  2e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  29.6 
 
 		 446 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  29.6 
 
 		 425 aa  171  3e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  28.88 
 
 		 417 aa  170  5e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  27.85 
 
 		 422 aa  167  4e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  28.4 
 
 		 396 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  28.74 
 
 		 422 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  27.85 
 
 		 422 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  30.35 
 
 		 417 aa  159  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  29.07 
 
 		 501 aa  156  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  27.52 
 
 		 440 aa  154  5e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  28.33 
 
 		 510 aa  146  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  29.58 
 
 		 485 aa  143  7e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  27.79 
 
 		 476 aa  136  9e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  26.46 
 
 		 512 aa  131  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  25.32 
 
 		 494 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  27.54 
 
 		 504 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  27.54 
 
 		 504 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  27.54 
 
 		 504 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  27.54 
 
 		 504 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  27.54 
 
 		 504 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  27.54 
 
 		 504 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  28.02 
 
 		 504 aa  118  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  25.23 
 
 		 492 aa  117  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  26.37 
 
 		 488 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  25.17 
 
 		 534 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  26.33 
 
 		 514 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  23.89 
 
 		 495 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  25.57 
 
 		 534 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  25.36 
 
 		 509 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  24.55 
 
 		 493 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  23.28 
 
 		 514 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  23.28 
 
 		 514 aa  109  1e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  24.19 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  25.59 
 
 		 490 aa  107  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  25.11 
 
 		 502 aa  104  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  23.78 
 
 		 483 aa  99.4  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  24.7 
 
 		 474 aa  98.2  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 507 aa  97.8  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  23.96 
 
 		 498 aa  97.8  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  23.76 
 
 		 502 aa  97.1  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  24.26 
 
 		 480 aa  95.5  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 		 534 aa  94.4  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  22.7 
 
 		 449 aa  92  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  24.34 
 
 		 478 aa  90.9  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  24.47 
 
 		 490 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  24.7 
 
 		 490 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  24.05 
 
 		 481 aa  86.7  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  23.76 
 
 		 522 aa  85.1  0.000000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  21.56 
 
 		 481 aa  83.2  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  22.84 
 
 		 446 aa  80.1  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  23.84 
 
 		 452 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  23.87 
 
 		 452 aa  70.9  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  22.52 
 
 		 434 aa  70.5  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  32.68 
 
 		 464 aa  70.1  0.00000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  23.28 
 
 		 444 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  22.76 
 
 		 480 aa  63.5  0.000000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  20.3 
 
 		 473 aa  63.2  0.000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  20.74 
 
 		 492 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  20.74 
 
 		 486 aa  62  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  21.3 
 
 		 494 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  21.3 
 
 		 481 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  21.34 
 
 		 486 aa  59.7  0.00000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  21.34 
 
 		 486 aa  59.3  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  24.81 
 
 		 391 aa  58.9  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  26.67 
 
 		 462 aa  58.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  27.85 
 
 		 464 aa  54.3  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  21.7 
 
 		 396 aa  54.3  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  25.15 
 
 		 459 aa  53.5  0.000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4102  Carbohydrate-selective porin OprB  24.15 
 
 		 522 aa  52.4  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.792226  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5080  Carbohydrate-selective porin  21.91 
 
 		 449 aa  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  21.66 
 
 		 476 aa  51.2  0.00004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  22.08 
 
 		 477 aa  50.8  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2751  carbohydrate-selective porin OprB  25.63 
 
 		 446 aa  50.8  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.202947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  28.5 
 
 		 703 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  28 
 
 		 703 aa  49.3  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  24.54 
 
 		 476 aa  47.8  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  27.69 
 
 		 418 aa  46.6  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>