52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3661 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  95.17 
 
 		 476 aa  877    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 476 aa  969    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  64.44 
 
 		 469 aa  616  1e-175  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  55.63 
 
 		 467 aa  529  1e-149  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2751  carbohydrate-selective porin OprB  31.02 
 
 		 446 aa  133  6.999999999999999e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.202947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  32.38 
 
 		 490 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1085  Carbohydrate-selective porin OprB  27.3 
 
 		 405 aa  94  5e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.000000116954  decreased coverage  8.02155e-19 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0023  major outer membrane protein  26.13 
 
 		 568 aa  85.9  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.500646  normal  0.0378832 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3012  carbohydrate-selective porin OprB  26.72 
 
 		 414 aa  63.2  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.339715  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  26.67 
 
 		 456 aa  55.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  26.67 
 
 		 456 aa  55.1  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  21.97 
 
 		 453 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  22.95 
 
 		 448 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4992  Carbohydrate-selective porin OprB  23 
 
 		 498 aa  53.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000230615  hitchhiker  0.00966153 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  22.15 
 
 		 453 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  22.46 
 
 		 448 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1195  hypothetical protein  24.13 
 
 		 501 aa  51.6  0.00003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.282348  normal  0.538855 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  21.66 
 
 		 453 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  22.22 
 
 		 447 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  22.22 
 
 		 447 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  23.81 
 
 		 456 aa  50.4  0.00007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  22.46 
 
 		 444 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  21.92 
 
 		 447 aa  50.4  0.00008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1131  Carbohydrate-selective porin OprB  23.43 
 
 		 446 aa  49.7  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.778341 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  21.92 
 
 		 447 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2438  hypothetical protein  35.09 
 
 		 534 aa  49.7  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2536  Carbohydrate-selective porin OprB  22.3 
 
 		 498 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.761533 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  23.5 
 
 		 482 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  28.93 
 
 		 452 aa  48.9  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  23.5 
 
 		 482 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1039  Carbohydrate-selective porin OprB  23.08 
 
 		 462 aa  48.9  0.0002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.661938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7486  OmpA domain-containing protein  19.7 
 
 		 662 aa  48.5  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  0.200783 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0823  S-layer domain protein  24.81 
 
 		 578 aa  48.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000211926  normal  0.0522919 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  23.21 
 
 		 476 aa  48.1  0.0004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  22.22 
 
 		 444 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0423  carbohydrate-selective porin OprB  21.89 
 
 		 692 aa  47.4  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2220  hypothetical protein  30.6 
 
 		 536 aa  47  0.0008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000188992  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0567  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  20.83 
 
 		 661 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.284083 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  21.88 
 
 		 492 aa  46.6  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7453  OmpA-like transmembrane domain-containing protein  23.42 
 
 		 710 aa  45.8  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0722321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1931  S-layer region-like  24.83 
 
 		 606 aa  45.8  0.002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.575111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  22.99 
 
 		 482 aa  45.4  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  22.54 
 
 		 454 aa  44.7  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4440  S-layer region-like  23.99 
 
 		 531 aa  45.1  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.016737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  20.93 
 
 		 480 aa  45.1  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  23.24 
 
 		 455 aa  45.1  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  23.24 
 
 		 455 aa  45.1  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  21.98 
 
 		 444 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1331  carbohydrate-selective porin OprB  21.38 
 
 		 494 aa  44.7  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  22.35 
 
 		 674 aa  44.7  0.004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 		 488 aa  44.3  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  23.08 
 
 		 499 aa  43.9  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>