97 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1082 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1019  porin B  72.48 
 
 		 447 aa  674    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  71.33 
 
 		 447 aa  671    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 448 aa  926    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  91.96 
 
 		 444 aa  850    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  72.25 
 
 		 447 aa  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  92.41 
 
 		 444 aa  857    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  72.71 
 
 		 447 aa  676    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  66.59 
 
 		 452 aa  639    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  67.56 
 
 		 454 aa  640    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  77.63 
 
 		 453 aa  726    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  91.96 
 
 		 444 aa  854    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  65.92 
 
 		 453 aa  635    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  68.58 
 
 		 453 aa  641    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  65.92 
 
 		 452 aa  632  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  66.67 
 
 		 454 aa  632  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  61.85 
 
 		 448 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  42.65 
 
 		 456 aa  336  5e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  42.89 
 
 		 456 aa  333  4e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  42.89 
 
 		 456 aa  333  4e-90  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  34.78 
 
 		 455 aa  246  6e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  34.78 
 
 		 455 aa  246  6e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  34.32 
 
 		 454 aa  244  1.9999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  32.72 
 
 		 482 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  33.18 
 
 		 422 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  32.89 
 
 		 422 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  32.67 
 
 		 422 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  31.99 
 
 		 417 aa  192  7e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  32.7 
 
 		 396 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  32.01 
 
 		 425 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  29.72 
 
 		 446 aa  175  1.9999999999999998e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  31.99 
 
 		 417 aa  170  5e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  28.89 
 
 		 440 aa  162  8.000000000000001e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  28.54 
 
 		 501 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  28.26 
 
 		 510 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  27 
 
 		 476 aa  130  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  25.7 
 
 		 512 aa  125  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  28.06 
 
 		 514 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  26.3 
 
 		 494 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  27.39 
 
 		 514 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  27.39 
 
 		 493 aa  118  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  27.39 
 
 		 514 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  27.21 
 
 		 504 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  27.21 
 
 		 504 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  27.21 
 
 		 504 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  27.21 
 
 		 504 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  27.21 
 
 		 504 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  27.21 
 
 		 504 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  27.21 
 
 		 504 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  26.08 
 
 		 492 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  25.62 
 
 		 495 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  25.54 
 
 		 485 aa  113  6e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  27.19 
 
 		 483 aa  109  9.000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  26.07 
 
 		 509 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  24.43 
 
 		 486 aa  108  1e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  25.96 
 
 		 534 aa  107  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  25.96 
 
 		 534 aa  107  5e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  25.59 
 
 		 502 aa  101  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  25.35 
 
 		 498 aa  101  3e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  25.46 
 
 		 534 aa  100  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  26.53 
 
 		 488 aa  100  5e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  26.01 
 
 		 490 aa  98.6  2e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  26.7 
 
 		 474 aa  96.7  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  23.59 
 
 		 481 aa  96.7  8e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  26.23 
 
 		 507 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  23.26 
 
 		 449 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  24.64 
 
 		 502 aa  87.8  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  24.52 
 
 		 446 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  25.89 
 
 		 478 aa  86.3  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  23.15 
 
 		 480 aa  85.9  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  25.06 
 
 		 452 aa  78.6  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  25.17 
 
 		 480 aa  77.4  0.0000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  24.69 
 
 		 444 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  23.34 
 
 		 481 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  24.04 
 
 		 522 aa  73.6  0.000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  24.83 
 
 		 490 aa  71.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  24.44 
 
 		 490 aa  70.5  0.00000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  20.84 
 
 		 473 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  30.99 
 
 		 464 aa  58.5  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  24.36 
 
 		 452 aa  57.4  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2751  carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 446 aa  55.8  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.202947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  23.32 
 
 		 434 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  21 
 
 		 391 aa  54.7  0.000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  22.46 
 
 		 476 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  29.33 
 
 		 462 aa  53.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  26.25 
 
 		 703 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  23.49 
 
 		 469 aa  48.9  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  20.22 
 
 		 396 aa  48.5  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  19.64 
 
 		 467 aa  46.6  0.0009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  21.45 
 
 		 476 aa  45.8  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  25.49 
 
 		 499 aa  45.1  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  30.87 
 
 		 708 aa  44.3  0.004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3012  carbohydrate-selective porin OprB  30 
 
 		 414 aa  44.3  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.339715  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2010  carbohydrate-selective porin OprB  26.25 
 
 		 703 aa  44.7  0.004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.10211  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  22.3 
 
 		 459 aa  43.9  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2286  Carbohydrate-selective porin OprB  28.5 
 
 		 703 aa  43.9  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.725177 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  27.13 
 
 		 418 aa  43.5  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  27.13 
 
 		 418 aa  43.5  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>