92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2711 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  88.13 
 
 		 396 aa  735    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  86.37 
 
 		 422 aa  735    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  85.82 
 
 		 422 aa  734    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 417 aa  857    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  86.31 
 
 		 422 aa  739    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  34.2 
 
 		 447 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  33.41 
 
 		 447 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  31.6 
 
 		 452 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  33.41 
 
 		 447 aa  210  3e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  33.18 
 
 		 447 aa  209  7e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  31.83 
 
 		 454 aa  209  7e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  31.38 
 
 		 452 aa  209  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  31.59 
 
 		 454 aa  209  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  32.27 
 
 		 453 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  32.54 
 
 		 448 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  32.74 
 
 		 444 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  32.07 
 
 		 444 aa  194  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  31.99 
 
 		 448 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  31.85 
 
 		 444 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  29.59 
 
 		 453 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  32.37 
 
 		 456 aa  173  5e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  28.88 
 
 		 453 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  31.57 
 
 		 456 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  31.57 
 
 		 456 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  30.73 
 
 		 512 aa  150  4e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  29.23 
 
 		 501 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  29.4 
 
 		 510 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  27.11 
 
 		 440 aa  138  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  29.26 
 
 		 454 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  29.9 
 
 		 455 aa  136  6.0000000000000005e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  29.9 
 
 		 455 aa  136  6.0000000000000005e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  27.86 
 
 		 425 aa  134  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  29.01 
 
 		 446 aa  125  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  27.52 
 
 		 495 aa  124  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  27.7 
 
 		 493 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  27.7 
 
 		 514 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  27.7 
 
 		 514 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  28.68 
 
 		 504 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  28.68 
 
 		 504 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  27.14 
 
 		 494 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  28.68 
 
 		 504 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  28.68 
 
 		 504 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  28.68 
 
 		 504 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  28.68 
 
 		 504 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  28.68 
 
 		 504 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  29.32 
 
 		 483 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  28.06 
 
 		 417 aa  117  3e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  27.65 
 
 		 492 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  26.77 
 
 		 534 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  26.77 
 
 		 514 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  27.62 
 
 		 534 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  24.63 
 
 		 482 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  26.49 
 
 		 481 aa  108  2e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  26.9 
 
 		 534 aa  108  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  27.32 
 
 		 509 aa  105  1e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  26.61 
 
 		 474 aa  101  2e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  26.68 
 
 		 488 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  25.52 
 
 		 507 aa  100  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  27.57 
 
 		 502 aa  99.4  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  24.16 
 
 		 476 aa  92  2e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  24.71 
 
 		 478 aa  87.8  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  26.34 
 
 		 498 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  27.19 
 
 		 522 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  26.88 
 
 		 446 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  25.93 
 
 		 480 aa  81.6  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  27.54 
 
 		 449 aa  79  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  25.32 
 
 		 502 aa  79.3  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  23.72 
 
 		 480 aa  76.6  0.0000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  25.48 
 
 		 490 aa  76.3  0.0000000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  26.08 
 
 		 481 aa  76.3  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  25.24 
 
 		 490 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  28.03 
 
 		 444 aa  73.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  22.67 
 
 		 486 aa  67  0.0000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  22.7 
 
 		 485 aa  66.6  0.0000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19511  hypothetical protein  24.01 
 
 		 452 aa  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  25.14 
 
 		 418 aa  65.1  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  25.14 
 
 		 418 aa  65.1  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  23.38 
 
 		 452 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  21.39 
 
 		 473 aa  60.1  0.00000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  21.82 
 
 		 434 aa  59.7  0.00000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  23.39 
 
 		 490 aa  57  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  21.99 
 
 		 396 aa  52.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  23.28 
 
 		 492 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  23.28 
 
 		 486 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  24.15 
 
 		 395 aa  49.7  0.0001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  24.52 
 
 		 391 aa  47.8  0.0004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2127  Carbohydrate-selective porin OprB  28.32 
 
 		 494 aa  46.2  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.96067  normal  0.997375 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  27.89 
 
 		 462 aa  45.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  28.57 
 
 		 467 aa  45.8  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  23.01 
 
 		 486 aa  43.1  0.008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  23.01 
 
 		 486 aa  43.1  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  23.01 
 
 		 494 aa  43.1  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>