86 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3629 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3629  carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 444 aa  903    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.419401  decreased coverage  0.00176786 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  40.42 
 
 		 481 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  39.53 
 
 		 502 aa  277  3e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  38.37 
 
 		 498 aa  270  5e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  40.78 
 
 		 446 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  37.77 
 
 		 480 aa  264  3e-69  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  37.37 
 
 		 509 aa  263  6e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  36.49 
 
 		 534 aa  260  4e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  36.02 
 
 		 534 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  37.07 
 
 		 504 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  37.07 
 
 		 504 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  37.07 
 
 		 504 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  37.07 
 
 		 504 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  37.07 
 
 		 504 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  37.07 
 
 		 504 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  37.07 
 
 		 504 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  35.62 
 
 		 514 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  38.86 
 
 		 490 aa  239  9e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  37.63 
 
 		 490 aa  238  1e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  36.53 
 
 		 494 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  36.61 
 
 		 492 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  36.38 
 
 		 488 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  36.85 
 
 		 522 aa  233  6e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  36.49 
 
 		 483 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  35.91 
 
 		 493 aa  231  1e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  35.23 
 
 		 514 aa  230  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  35.23 
 
 		 514 aa  230  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  37.14 
 
 		 473 aa  229  1e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  36.07 
 
 		 495 aa  228  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0870  carbohydrate-selective porin OprB  35.93 
 
 		 481 aa  224  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.309638  hitchhiker  0.00100235 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  34.32 
 
 		 474 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  34.32 
 
 		 507 aa  218  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  32.6 
 
 		 534 aa  213  3.9999999999999995e-54  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  34.9 
 
 		 478 aa  207  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1735  carbohydrate-selective porin OprB  33.26 
 
 		 449 aa  203  5e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0819299 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  30.75 
 
 		 502 aa  167  2.9999999999999998e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  28.98 
 
 		 480 aa  133  6.999999999999999e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2150  Carbohydrate-selective porin OprB  28.53 
 
 		 418 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  decreased coverage  0.000000322479  hitchhiker  0.00030161 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2522  carbohydrate-selective porin, OprB family  28.53 
 
 		 418 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0118751  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  28.9 
 
 		 395 aa  97.1  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  28.16 
 
 		 422 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  27.72 
 
 		 422 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3047  carbohydrate-selective porin OprB  26.63 
 
 		 391 aa  86.3  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.854363  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  27.76 
 
 		 396 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  28.38 
 
 		 422 aa  83.2  0.000000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  23.92 
 
 		 453 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  26.14 
 
 		 447 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  26.16 
 
 		 447 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  26.16 
 
 		 447 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  23.55 
 
 		 448 aa  80.1  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2178  carbohydrate-selective porin OprB  25.83 
 
 		 396 aa  79.3  0.0000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.278032  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  25.95 
 
 		 447 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  23.84 
 
 		 452 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1095  Carbohydrate-selective porin OprB  24.55 
 
 		 464 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0806614  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  24.69 
 
 		 448 aa  77  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  23.65 
 
 		 454 aa  76.6  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  23.6 
 
 		 444 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  23.81 
 
 		 444 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  23.44 
 
 		 454 aa  75.9  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  23.63 
 
 		 452 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1771  Carbohydrate-selective porin OprB  25.27 
 
 		 395 aa  74.3  0.000000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.799068  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  28.03 
 
 		 417 aa  73.9  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  24.6 
 
 		 455 aa  73.6  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  24.6 
 
 		 455 aa  73.6  0.000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  23.86 
 
 		 453 aa  73.2  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 		 454 aa  71.2  0.00000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  23.43 
 
 		 510 aa  70.1  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  26.45 
 
 		 482 aa  69.7  0.00000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  23.28 
 
 		 453 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1477  Carbohydrate-selective porin OprB  23.94 
 
 		 462 aa  69.3  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  24.07 
 
 		 444 aa  69.7  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  25.52 
 
 		 512 aa  67.8  0.0000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2250  carbohydrate-selective porin, OprB family  24.2 
 
 		 373 aa  60.8  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1898  Carbohydrate-selective porin OprB  24.2 
 
 		 373 aa  60.8  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.541333 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  24.76 
 
 		 476 aa  57.8  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  28.15 
 
 		 456 aa  56.2  0.000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  24.81 
 
 		 501 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2751  carbohydrate-selective porin OprB  30.57 
 
 		 446 aa  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.202947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  24.63 
 
 		 440 aa  51.6  0.00003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  25.91 
 
 		 490 aa  47.4  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0251  Carbohydrate-selective porin OprB  23.76 
 
 		 385 aa  45.8  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1085  Carbohydrate-selective porin OprB  28.37 
 
 		 405 aa  44.7  0.003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.000000116954  decreased coverage  8.02155e-19 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  25.23 
 
 		 456 aa  43.9  0.005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  25.23 
 
 		 456 aa  43.9  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  25.17 
 
 		 485 aa  43.5  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  26.89 
 
 		 469 aa  43.1  0.01  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>