42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3271 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU3271  hypothetical protein  100 
 
 		 469 aa  941    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0437682  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3661  Carbohydrate-selective porin OprB  64.44 
 
 		 476 aa  616  1e-175  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3768  Carbohydrate-selective porin OprB  64.23 
 
 		 476 aa  590  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0779  carbohydrate-selective porin OprB  58.92 
 
 		 467 aa  576  1.0000000000000001e-163  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000860096  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2751  carbohydrate-selective porin OprB  33.52 
 
 		 446 aa  145  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.202947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1112  hypothetical protein  31.16 
 
 		 490 aa  94  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.503741  normal  0.220663 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1085  Carbohydrate-selective porin OprB  28.91 
 
 		 405 aa  92.8  1e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  unclonable  0.000000116954  decreased coverage  8.02155e-19 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0023  major outer membrane protein  25.92 
 
 		 568 aa  71.6  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.500646  normal  0.0378832 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2220  hypothetical protein  31 
 
 		 536 aa  58.2  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000188992  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1590  Carbohydrate-selective porin OprB  24.74 
 
 		 476 aa  57  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0352  carbohydrate-selective porin OprB  23.97 
 
 		 492 aa  55.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  23.71 
 
 		 456 aa  54.7  0.000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  23.71 
 
 		 456 aa  54.7  0.000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3012  carbohydrate-selective porin OprB  34.96 
 
 		 414 aa  54.7  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.339715  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  22.49 
 
 		 456 aa  54.3  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2510  S-layer region-like  23.33 
 
 		 574 aa  53.5  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.0000000000393409  normal  0.0737899 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0823  S-layer domain protein  24.06 
 
 		 578 aa  53.5  0.000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000211926  normal  0.0522919 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  22.6 
 
 		 480 aa  53.5  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3166  Carbohydrate-selective porin OprB  25.76 
 
 		 482 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.390986  hitchhiker  0.000000000149961 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2951  Carbohydrate-selective porin OprB  24.74 
 
 		 482 aa  51.6  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1665  Carbohydrate-selective porin OprB  24.74 
 
 		 482 aa  51.6  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  22.73 
 
 		 447 aa  50.8  0.00006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  23.94 
 
 		 453 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  22.42 
 
 		 447 aa  50.1  0.00008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  22.42 
 
 		 447 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0411  hypothetical protein  24.49 
 
 		 499 aa  49.7  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4440  S-layer region-like  23.37 
 
 		 531 aa  49.7  0.0001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.016737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2438  hypothetical protein  30.97 
 
 		 534 aa  49.3  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  23.49 
 
 		 448 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3564  carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 724 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  23.64 
 
 		 444 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  23.33 
 
 		 444 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26321  porin  39.76 
 
 		 543 aa  45.8  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.57594 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0154  Carbohydrate-selective porin OprB  26.19 
 
 		 395 aa  45.4  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.858222  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  23.33 
 
 		 444 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  25.56 
 
 		 478 aa  45.1  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2737  carbohydrate-selective porin OprB  20.84 
 
 		 542 aa  45.1  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.000147214  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1463  porin  27.13 
 
 		 543 aa  44.3  0.004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000578184  normal  0.0560138 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  22.12 
 
 		 447 aa  44.7  0.004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1395  Carbohydrate-selective porin OprB  44.44 
 
 		 471 aa  43.9  0.007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.567539  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4536  S-layer region-like  28.76 
 
 		 624 aa  43.1  0.009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0329  carbohydrate-selective porin OprB  23.78 
 
 		 674 aa  43.1  0.01  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>