62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_3682 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  99.79 
 
 		 486 aa  992    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  95.27 
 
 		 486 aa  925    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  96.03 
 
 		 492 aa  894    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  95.82 
 
 		 494 aa  929    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  95.62 
 
 		 481 aa  929    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 486 aa  993    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  61.02 
 
 		 484 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  60.42 
 
 		 493 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  60.21 
 
 		 484 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1366  Carbohydrate-selective porin OprB  29.55 
 
 		 461 aa  190  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  28.51 
 
 		 434 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  28.8 
 
 		 452 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  30.3 
 
 		 501 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  27.78 
 
 		 510 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  23.61 
 
 		 459 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5080  Carbohydrate-selective porin  25.41 
 
 		 449 aa  107  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  24.37 
 
 		 477 aa  106  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  23.49 
 
 		 459 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  24.74 
 
 		 425 aa  90.5  6e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  28.89 
 
 		 253 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  24.13 
 
 		 440 aa  82.8  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 		 456 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 		 456 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  23.45 
 
 		 417 aa  75.9  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  22.74 
 
 		 476 aa  74.3  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6851  hypothetical protein  25.98 
 
 		 208 aa  70.1  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979562  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  21.58 
 
 		 464 aa  69.7  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  23.44 
 
 		 456 aa  68.9  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  23.21 
 
 		 452 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  23.43 
 
 		 454 aa  63.2  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  21.73 
 
 		 453 aa  61.2  0.00000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  23.35 
 
 		 534 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  23.31 
 
 		 452 aa  60.8  0.00000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  23.88 
 
 		 534 aa  60.8  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  23.31 
 
 		 454 aa  60.8  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  22.25 
 
 		 447 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  21.34 
 
 		 453 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  23.23 
 
 		 534 aa  56.6  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  22.25 
 
 		 447 aa  53.9  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  22.99 
 
 		 482 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  23.49 
 
 		 480 aa  53.5  0.000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  22.65 
 
 		 509 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  22.94 
 
 		 480 aa  52.8  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  22.95 
 
 		 422 aa  52  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  21.55 
 
 		 490 aa  51.6  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  22.35 
 
 		 483 aa  51.6  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  21.81 
 
 		 447 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  25.43 
 
 		 453 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  21.81 
 
 		 447 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  21.29 
 
 		 485 aa  48.5  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  24.43 
 
 		 422 aa  49.3  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  22.95 
 
 		 422 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  20.22 
 
 		 486 aa  48.5  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  26.55 
 
 		 446 aa  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  23.81 
 
 		 396 aa  47.8  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  23.88 
 
 		 490 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  22.14 
 
 		 507 aa  46.6  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  24.53 
 
 		 502 aa  45.4  0.002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  21.83 
 
 		 502 aa  45.1  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  22.29 
 
 		 498 aa  43.9  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  23.08 
 
 		 417 aa  43.5  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  20.65 
 
 		 481 aa  43.1  0.01  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>