63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_3871 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  93.39 
 
 		 484 aa  928    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 		 484 aa  983    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  93.6 
 
 		 493 aa  929    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  60 
 
 		 481 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  61.23 
 
 		 486 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  60 
 
 		 494 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  61.02 
 
 		 486 aa  581  1e-164  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  61.67 
 
 		 486 aa  578  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  61.84 
 
 		 492 aa  580  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  32.79 
 
 		 452 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  32.01 
 
 		 434 aa  193  6e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1366  Carbohydrate-selective porin OprB  29.77 
 
 		 461 aa  188  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  27.04 
 
 		 510 aa  119  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  28.03 
 
 		 501 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  25.58 
 
 		 459 aa  112  1.0000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  24.12 
 
 		 477 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5080  Carbohydrate-selective porin  26.95 
 
 		 449 aa  105  2e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  23.72 
 
 		 459 aa  105  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  31.34 
 
 		 253 aa  97.1  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  24.11 
 
 		 486 aa  70.9  0.00000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  21.71 
 
 		 464 aa  70.5  0.00000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  24.47 
 
 		 456 aa  65.9  0.000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  25.2 
 
 		 456 aa  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  25.2 
 
 		 456 aa  65.9  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  23.93 
 
 		 440 aa  64.3  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  22.9 
 
 		 488 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  24.21 
 
 		 534 aa  58.5  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  21.99 
 
 		 425 aa  58.2  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6851  hypothetical protein  25.23 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979562  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  24.09 
 
 		 534 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  22.38 
 
 		 476 aa  57.8  0.0000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  22.76 
 
 		 502 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  22.76 
 
 		 417 aa  53.1  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  22.81 
 
 		 454 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  22.81 
 
 		 452 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  24.26 
 
 		 490 aa  51.2  0.00004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  23.92 
 
 		 509 aa  51.2  0.00004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  22.25 
 
 		 481 aa  50.1  0.00009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  23.7 
 
 		 482 aa  50.1  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  22.76 
 
 		 534 aa  49.7  0.0001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  22.2 
 
 		 485 aa  49.7  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  22.19 
 
 		 452 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  22.19 
 
 		 454 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  23.34 
 
 		 480 aa  47.8  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  27.04 
 
 		 455 aa  47  0.0008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  27.04 
 
 		 455 aa  47  0.0008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  23.69 
 
 		 453 aa  46.2  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  21.97 
 
 		 504 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  21.97 
 
 		 504 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  21.97 
 
 		 504 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  21.97 
 
 		 504 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  25.35 
 
 		 453 aa  45.8  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  21.97 
 
 		 504 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  21.97 
 
 		 504 aa  45.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  21.97 
 
 		 504 aa  45.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  22.07 
 
 		 514 aa  44.7  0.003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  26.53 
 
 		 454 aa  44.7  0.004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  23.68 
 
 		 514 aa  44.3  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  23.68 
 
 		 514 aa  44.3  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  23.24 
 
 		 498 aa  43.9  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  23.69 
 
 		 453 aa  43.5  0.008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  22.65 
 
 		 483 aa  43.5  0.009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  25.75 
 
 		 480 aa  43.5  0.009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>