25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5314 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  100 
 
 		 459 aa  936    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  65.94 
 
 		 459 aa  623  1e-177  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5080  Carbohydrate-selective porin  60.35 
 
 		 449 aa  574  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  56.39 
 
 		 477 aa  521  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  50.33 
 
 		 464 aa  481  1e-135  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  24.65 
 
 		 484 aa  114  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  24.65 
 
 		 493 aa  113  8.000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  25.58 
 
 		 484 aa  113  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  24 
 
 		 492 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  24 
 
 		 486 aa  108  2e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  23.9 
 
 		 494 aa  106  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  23.9 
 
 		 481 aa  106  1e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  23.94 
 
 		 486 aa  105  2e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  23.94 
 
 		 486 aa  104  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  24.37 
 
 		 434 aa  77.8  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  23.69 
 
 		 452 aa  74.3  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1366  Carbohydrate-selective porin OprB  23.17 
 
 		 461 aa  73.6  0.000000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  24.41 
 
 		 440 aa  72.4  0.00000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  24.11 
 
 		 501 aa  62  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  24.9 
 
 		 510 aa  62  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  25.37 
 
 		 480 aa  57.4  0.0000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  27.67 
 
 		 425 aa  54.7  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  23.91 
 
 		 476 aa  47.4  0.0005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  28.05 
 
 		 453 aa  45.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  24.46 
 
 		 417 aa  43.1  0.01  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>