62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_1436 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  96.01 
 
 
486 aa  890    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  96.22 
 
 
492 aa  889    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
481 aa  982    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  97.43 
 
 
486 aa  927    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  97.64 
 
 
486 aa  928    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  99.79 
 
 
494 aa  981    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  60 
 
 
484 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  61.02 
 
 
484 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  61.02 
 
 
493 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1366  Carbohydrate-selective porin OprB  29.79 
 
 
461 aa  192  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  28.51 
 
 
434 aa  183  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  28.8 
 
 
452 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  27.98 
 
 
501 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  27.78 
 
 
510 aa  116  7.999999999999999e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5528  Carbohydrate-selective porin OprB  23.67 
 
 
459 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0703948  hitchhiker  0.0000405618 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2023  Carbohydrate-selective porin protein  24.65 
 
 
477 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0980968  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5080  Carbohydrate-selective porin  25.64 
 
 
449 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.66418  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5314  Carbohydrate-selective porin  23.72 
 
 
459 aa  103  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.385247  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  24.74 
 
 
425 aa  90.5  7e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  28.89 
 
 
253 aa  89.7  9e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  24.13 
 
 
440 aa  82.8  0.00000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 
456 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  24.38 
 
 
456 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  24.04 
 
 
417 aa  75.9  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  24.39 
 
 
476 aa  71.2  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7680  porin B  21.58 
 
 
464 aa  70.1  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.00131365  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6851  hypothetical protein  25.49 
 
 
208 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.979562  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  23.62 
 
 
456 aa  69.3  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  23.43 
 
 
454 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  21.88 
 
 
452 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  22.22 
 
 
453 aa  62  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  23.08 
 
 
534 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  23.46 
 
 
534 aa  61.6  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  23.31 
 
 
452 aa  60.5  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  23.31 
 
 
454 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  21.3 
 
 
453 aa  60.1  0.00000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  23.04 
 
 
447 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  23.23 
 
 
534 aa  57.4  0.0000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  23.04 
 
 
447 aa  54.7  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  22.78 
 
 
480 aa  53.9  0.000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1597  carbohydrate-selective porin OprB  23.49 
 
 
480 aa  53.9  0.000007  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0966255  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  22.43 
 
 
509 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  22.57 
 
 
482 aa  53.1  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  21.55 
 
 
490 aa  51.6  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  21.88 
 
 
483 aa  52  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  22.53 
 
 
447 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  22.53 
 
 
447 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  22.95 
 
 
422 aa  51.2  0.00004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  22.68 
 
 
453 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  24.15 
 
 
422 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  21.94 
 
 
502 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1384  carbohydrate-selective porin OprB  24.11 
 
 
490 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00262831 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  26.55 
 
 
446 aa  48.5  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  22.95 
 
 
422 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  20.22 
 
 
486 aa  48.5  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  21.29 
 
 
485 aa  48.5  0.0003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  22.2 
 
 
507 aa  47.8  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  23.81 
 
 
396 aa  47.4  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  22.53 
 
 
498 aa  47  0.0008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  24.84 
 
 
502 aa  46.6  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1659  Carbohydrate-selective porin OprB  23.64 
 
 
490 aa  43.9  0.006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.952267 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  20.65 
 
 
481 aa  43.9  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>