29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3053 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3053  hypothetical protein  100 
 
 		 253 aa  521  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0310931  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0997  hypothetical protein  70.24 
 
 		 452 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10870  hypothetical protein  69.02 
 
 		 434 aa  362  4e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00009778  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  31.34 
 
 		 484 aa  97.1  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  31.34 
 
 		 493 aa  95.5  7e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  31.34 
 
 		 484 aa  94  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  30.09 
 
 		 486 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  28.89 
 
 		 486 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  30.09 
 
 		 492 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  28.89 
 
 		 486 aa  90.1  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  28.89 
 
 		 481 aa  89.7  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  28.89 
 
 		 494 aa  89.4  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  33.33 
 
 		 501 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  33.33 
 
 		 510 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1366  Carbohydrate-selective porin OprB  25 
 
 		 461 aa  65.1  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  28.35 
 
 		 425 aa  62.4  0.000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  27.04 
 
 		 440 aa  60.5  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  23.89 
 
 		 453 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  31.76 
 
 		 447 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  31.76 
 
 		 447 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  31.76 
 
 		 447 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  31.76 
 
 		 447 aa  46.2  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  25.62 
 
 		 417 aa  45.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  22.91 
 
 		 453 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  23.32 
 
 		 453 aa  45.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  24.09 
 
 		 452 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  24.74 
 
 		 454 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  24.09 
 
 		 452 aa  44.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  24.74 
 
 		 454 aa  44.3  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0211738 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>