More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0337 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  100 
 
 		 247 aa  505  9.999999999999999e-143  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  59.92 
 
 		 247 aa  308  4e-83  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  60.73 
 
 		 247 aa  308  6.999999999999999e-83  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2182  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  58.87 
 
 		 248 aa  290  2e-77  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000164058  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  56.25 
 
 		 248 aa  273  1.0000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  53.33 
 
 		 245 aa  261  4.999999999999999e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2239  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  52.42 
 
 		 248 aa  230  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1925  protein of unknown function DUF558  37.04 
 
 		 239 aa  125  6e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0289082  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1186  protein of unknown function DUF558  36.4 
 
 		 240 aa  125  8.000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0115216 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  33.05 
 
 		 246 aa  122  4e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1152  hypothetical protein  33.93 
 
 		 246 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.920301 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3387  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.17 
 
 		 263 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0765647  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  32.51 
 
 		 249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0446  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.78 
 
 		 260 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.31 
 
 		 245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  33.06 
 
 		 247 aa  115  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.34 
 
 		 246 aa  115  7.999999999999999e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.65 
 
 		 235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.75 
 
 		 246 aa  114  2.0000000000000002e-24  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.110015  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7237  protein of unknown function DUF558  31.36 
 
 		 234 aa  113  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.76 
 
 		 250 aa  112  5e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  33.19 
 
 		 245 aa  112  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  30.57 
 
 		 245 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 241 aa  112  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.33 
 
 		 246 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  30.64 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.81 
 
 		 240 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.75 
 
 		 243 aa  109  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.33 
 
 		 240 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  34.05 
 
 		 235 aa  108  7.000000000000001e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  31.88 
 
 		 246 aa  108  1e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3251  protein of unknown function DUF558  32.6 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.131486  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  34.68 
 
 		 242 aa  107  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.9 
 
 		 250 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  33.62 
 
 		 241 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.25 
 
 		 249 aa  106  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.29 
 
 		 243 aa  106  4e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.7 
 
 		 239 aa  105  5e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.37 
 
 		 239 aa  105  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 		 258 aa  105  6e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.25 
 
 		 245 aa  105  7e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.23 
 
 		 241 aa  105  8e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.03 
 
 		 257 aa  105  8e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.32 
 
 		 234 aa  104  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1905  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.18 
 
 		 246 aa  104  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.208469  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.19 
 
 		 239 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  30.51 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  30.22 
 
 		 259 aa  104  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1295  hypothetical protein  34.63 
 
 		 230 aa  103  3e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  32.79 
 
 		 239 aa  103  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  32.75 
 
 		 244 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0840  hypothetical protein  30.25 
 
 		 248 aa  102  4e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.240115  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.72 
 
 		 239 aa  102  4e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.17 
 
 		 244 aa  103  4e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  33.48 
 
 		 249 aa  103  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.35 
 
 		 235 aa  102  5e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3079  hypothetical protein  35.32 
 
 		 244 aa  102  5e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0240  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.34 
 
 		 246 aa  102  5e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000270837  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.58 
 
 		 260 aa  102  6e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  29.91 
 
 		 245 aa  102  6e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.97 
 
 		 239 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  32.38 
 
 		 239 aa  102  6e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.03 
 
 		 244 aa  102  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1145  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.8 
 
 		 253 aa  101  1e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  29.3 
 
 		 239 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.82 
 
 		 245 aa  101  1e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.214687  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1597  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.04 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.269441  normal  0.48223 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0543  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.3 
 
 		 246 aa  100  2e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.291775  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  27.94 
 
 		 248 aa  100  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4058  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.58 
 
 		 249 aa  100  3e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0577638  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0703  protein of unknown function DUF558  29.88 
 
 		 245 aa  100  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002463  ribosomal RNA small subunit methyltransferase E  30 
 
 		 243 aa  100  3e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  28.51 
 
 		 251 aa  99.4  4e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1722  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 		 251 aa  99.8  4e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0200  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.21 
 
 		 245 aa  99.8  4e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.89 
 
 		 249 aa  99.4  5e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00520295  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.56 
 
 		 249 aa  99.4  5e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000483246  decreased coverage  9.34554e-23 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2291  hypothetical protein  31.88 
 
 		 243 aa  99.4  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0995  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.56 
 
 		 249 aa  99.4  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0173  protein of unknown function DUF558  34.42 
 
 		 236 aa  99.4  5e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03572  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.26 
 
 		 243 aa  99  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.91 
 
 		 244 aa  99  7e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3469  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.48 
 
 		 248 aa  98.6  8e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00733732 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0575  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.14 
 
 		 243 aa  98.6  8e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000011142  normal  0.211294 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1669  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.71 
 
 		 250 aa  97.8  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  27.85 
 
 		 242 aa  98.2  1e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1635  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.71 
 
 		 250 aa  97.8  1e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.404818  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3458  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.48 
 
 		 248 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.40759  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1645  protein of unknown function DUF558  30.56 
 
 		 255 aa  97.8  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4444  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.52 
 
 		 249 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000243025  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.05 
 
 		 242 aa  98.2  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3521  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.48 
 
 		 248 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.270155 
 
 
-
 
NC_002950  PG2156  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.84 
 
 		 248 aa  97.4  2e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4210  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0876638  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4048  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.702448  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  26.38 
 
 		 245 aa  97.4  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4536  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  30.19 
 
 		 242 aa  97.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 		 243 aa  97.1  2e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.17 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.98604e-48 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>