More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1650 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  636    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  65.03 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  52.04 
 
 		 301 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 299 aa  296  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  52.94 
 
 		 331 aa  282  6.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  64.05 
 
 		 154 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 303 aa  142  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  33.49 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  29.75 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  29.12 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  28.89 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 300 aa  102  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  40.27 
 
 		 291 aa  102  1e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  40.97 
 
 		 287 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  34.5 
 
 		 295 aa  100  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 293 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 319 aa  99.8  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 296 aa  98.2  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 261 aa  98.2  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  26.28 
 
 		 294 aa  98.2  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 281 aa  97.1  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 296 aa  96.7  4e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 312 aa  96.7  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  36.52 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  38.26 
 
 		 322 aa  96.7  5e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  42.42 
 
 		 261 aa  96.3  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  41.04 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  38 
 
 		 293 aa  96.3  7e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  33.67 
 
 		 291 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  35.66 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  41.41 
 
 		 262 aa  95.5  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  33.03 
 
 		 289 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 282 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 		 278 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 290 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 290 aa  93.6  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  30.3 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  32.59 
 
 		 272 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  32.81 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 322 aa  93.2  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 287 aa  92.8  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  30.92 
 
 		 292 aa  92.4  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 327 aa  92.4  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  32.37 
 
 		 346 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  34.06 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 353 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 204 aa  90.9  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 274 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 299 aa  90.1  4e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 303 aa  90.5  4e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 291 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 255 aa  89.7  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 202 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 293 aa  89.4  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 291 aa  89  9e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  41.96 
 
 		 291 aa  89  9e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 291 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 250 aa  88.6  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  31.09 
 
 		 308 aa  89  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  44.44 
 
 		 157 aa  88.2  2e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  35.54 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 533 aa  87.4  3e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 513 aa  87.4  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 281 aa  87.4  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 301 aa  87  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3021  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 361 aa  87  4e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.826436 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 519 aa  86.7  4e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 315 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 301 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 315 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 315 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  33.82 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 287 aa  86.3  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  33.17 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 289 aa  85.9  8e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 291 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  85.5  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 291 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  40.38 
 
 		 393 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  38.94 
 
 		 1201 aa  84.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>