More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1229 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1229  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 327 aa  679    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.134279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3344  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  65.23 
 
 		 327 aa  466  9.999999999999999e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.430093 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3263  transcriptional regulator, AraC family  62.85 
 
 		 326 aa  436  1e-121  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.380473 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3787  transcriptional regulator  59.63 
 
 		 321 aa  419  1e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2426  transcriptional regulator, AraC family  58.77 
 
 		 326 aa  413  1e-114  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971153  normal  0.0916341 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1330  transcriptional regulator, AraC family  52.94 
 
 		 326 aa  382  1e-105  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.521973  normal  0.989615 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3759  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  53.09 
 
 		 326 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  50.16 
 
 		 325 aa  340  2e-92  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2301  transcriptional regulator  47.69 
 
 		 324 aa  325  5e-88  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0634001 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0442  hypothetical protein  50.62 
 
 		 326 aa  320  9.999999999999999e-87  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1772  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  51.79 
 
 		 293 aa  314  9.999999999999999e-85  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0120296 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1489  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.75 
 
 		 323 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.616641 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1733  transcriptional regulator, AraC family  43.4 
 
 		 322 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2762  transcriptional regulator, AraC family  45.64 
 
 		 332 aa  264  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0171097 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4511  transcriptional regulator, AraC family  39.56 
 
 		 339 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.64274 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1182  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  40 
 
 		 324 aa  241  2e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.904069 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5208  transcriptional regulator, AraC family  45.95 
 
 		 324 aa  239  5e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000934033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2142  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 324 aa  205  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01004  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain  34.15 
 
 		 329 aa  202  7e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0283206  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1705  helix-turn-helix domain-containing protein  35.83 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.29723  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2508  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 336 aa  192  8e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.207874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2846  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 330 aa  187  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0860  AraC family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 348 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0125  transcriptional regulator  30.64 
 
 		 325 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1003  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.194559  hitchhiker  0.0000278765 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2599  AraC family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1313  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.459937  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4411  helix-turn-helix domain-containing protein  32.53 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.321471  normal  0.2451 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4697  transcriptional regulator  32.53 
 
 		 331 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207414  normal  0.0598838 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4536  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3712  transcriptional regulator  32.09 
 
 		 336 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.990015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  33.88 
 
 		 330 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4194  AraC family transcriptional regulator  34.05 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0109567  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0920  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 334 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4121  helix-turn-helix, AraC type  32.54 
 
 		 334 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4427  transcriptional regulator, AraC family  33.2 
 
 		 336 aa  163  3e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.326492  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0897  transcriptional regulator  31.03 
 
 		 335 aa  163  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0104  AraC family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 328 aa  163  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1599  transcriptional regulator  30.15 
 
 		 361 aa  162  6e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.97604  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4083  AraC family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 341 aa  162  7e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0474473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5008  putative transcriptional regulator  27.64 
 
 		 332 aa  159  7e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0622  transcriptional regulator  28.8 
 
 		 340 aa  158  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.553854  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0314  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57630  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.963773 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1246  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 332 aa  156  4e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.481495  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3778  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 329 aa  156  4e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0720  AraC family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 326 aa  155  7e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000016714 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0564  AraC family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 285 aa  155  8e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.682443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0189  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 360 aa  155  9e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.166962 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05287  transcriptional activator FtrA  30.65 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2675  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 344 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307401  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4869  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 337 aa  150  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  30.4 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5041  transcriptional regulator  29.01 
 
 		 331 aa  150  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00544571 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2573  transcriptional regulator, AraC family with amidase-like domain  30.04 
 
 		 345 aa  149  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1553  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 331 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.741987 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3975  transcriptional regulator  31.01 
 
 		 337 aa  149  8e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1918  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0068  transcriptional regulator  27.54 
 
 		 347 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4589  AraC family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3593  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 342 aa  146  6e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0070  transcriptional regulator  32.27 
 
 		 347 aa  146  6e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.020859 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0072  transcriptional regulator  32.27 
 
 		 347 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000158985 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4316  transcriptional regulator, AraC family  30.52 
 
 		 320 aa  145  8.000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  25.82 
 
 		 330 aa  143  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3785  AraC family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 335 aa  143  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3506  AraC family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 330 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.939341  normal  0.0589755 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2605  transcriptional regulator  25.93 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.548413  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2234  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.962439 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1857  AraC family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 338 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.18222 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1643  transcriptional regulator, AraC family  27.46 
 
 		 351 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.671722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2704  AraC family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 322 aa  138  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.561895  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2808  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 330 aa  136  6.0000000000000005e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.627946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3465  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 327 aa  135  9e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  29.84 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5985  transcriptional regulator  25.08 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0571562 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0640  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5796  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5407  transcriptional regulator, AraC family  27.82 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439375  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2121  transcriptional regulator, AraC family  24.84 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4716  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 341 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.777825 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5005  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.081564 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5976  transcriptional regulator  27.18 
 
 		 325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.557743  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2046  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2686  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2657  AraC family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 324 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0449258  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 344 aa  129  5.0000000000000004e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  25.78 
 
 		 319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2003  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 342 aa  129  6e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1848  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 338 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.172735  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2578  AraC family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 322 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4246  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 319 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1312  transcriptional regulator, AraC family  23.36 
 
 		 338 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00374343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0160  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0641212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3529  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1153  ThiJ/PfpI domain-containing protein  23.36 
 
 		 338 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.074608 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1985  transcriptional activator FtrA  28.9 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0670847 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8035  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 333 aa  127  4.0000000000000003e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.511507  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>