More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3301 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3301  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 381 aa  738    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.446472 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3303  RND family efflux transporter MFP subunit  37.97 
 
 		 418 aa  220  3.9999999999999997e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.3496  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 389 aa  179  7e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.27 
 
 		 390 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  38.2 
 
 		 390 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  34.1 
 
 		 389 aa  166  8e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.43 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1673  secretion protein HlyD  31.68 
 
 		 396 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.801945 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1361  RND efflux membrane protein  35.22 
 
 		 383 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.18 
 
 		 384 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1045  RND family efflux transporter MFP subunit  33.87 
 
 		 397 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2877  secretion protein HlyD  30.75 
 
 		 383 aa  129  9.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2837  RND family efflux transporter MFP subunit  32.97 
 
 		 406 aa  128  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0025637 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0871  secretion protein HlyD  30.2 
 
 		 406 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.75327  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.82 
 
 		 378 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0357289  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1184  secretion protein HlyD  32.13 
 
 		 396 aa  126  6e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3623  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 398 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0728465  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  30.81 
 
 		 398 aa  124  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1326  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.84 
 
 		 398 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0997151  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1251  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 383 aa  115  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0652431  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2685  RND family efflux transporter MFP subunit  31.29 
 
 		 383 aa  113  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.133522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1362  secretion protein HlyD  27.52 
 
 		 381 aa  112  9e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.27807  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3851  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1919  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3834  RND family efflux transporter MFP subunit  30.98 
 
 		 383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1834  RND family efflux transporter MFP subunit  30.5 
 
 		 383 aa  106  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.41663  normal  0.322468 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0145  RND family efflux transporter MFP subunit  29.33 
 
 		 383 aa  106  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.93 
 
 		 383 aa  106  6e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1925  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 		 396 aa  103  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.588537  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3253  RND family efflux transporter MFP subunit  31.34 
 
 		 397 aa  102  1e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  29.51 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.66716  normal  0.672833 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1414  secretion protein HlyD  30.54 
 
 		 430 aa  97.8  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.09 
 
 		 435 aa  96.7  7e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0382  RND family efflux transporter MFP subunit  28.13 
 
 		 396 aa  95.1  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.410142  normal  0.745706 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0882  hypothetical protein  26.81 
 
 		 338 aa  93.2  6e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  26.78 
 
 		 338 aa  92.8  8e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1286  hypothetical protein  30.62 
 
 		 331 aa  92.4  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  31.1 
 
 		 329 aa  90.1  5e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  27.01 
 
 		 408 aa  88.2  2e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2900  hypothetical protein  30.14 
 
 		 328 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.01 
 
 		 357 aa  88.2  2e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2812  hypothetical protein  30.14 
 
 		 328 aa  88.2  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.659594  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1329  hypothetical protein  31.32 
 
 		 328 aa  88.2  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.79 
 
 		 368 aa  87.4  3e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8104  secretion protein HlyD family protein  34 
 
 		 354 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  27.53 
 
 		 408 aa  87.4  4e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 		 420 aa  87  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 407 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28.09 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  26.54 
 
 		 421 aa  84.3  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 360 aa  84.3  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.19 
 
 		 356 aa  84  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2097  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 391 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.902105  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1607  secretion protein, HlyD family  26.99 
 
 		 331 aa  83.6  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.187993  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.86 
 
 		 428 aa  83.6  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  26.21 
 
 		 421 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  25.43 
 
 		 442 aa  83.2  0.000000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  25.49 
 
 		 357 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  26.09 
 
 		 400 aa  82.8  0.000000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1967  RND family efflux transporter MFP subunit  28.37 
 
 		 391 aa  82.8  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0310111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0558  secretion protein HlyD  25.34 
 
 		 360 aa  81.3  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.177986  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  29.41 
 
 		 380 aa  81.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  28.83 
 
 		 424 aa  82  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2370  secretion protein HlyD  28.19 
 
 		 405 aa  81.3  0.00000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000467489 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 424 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.2 
 
 		 380 aa  81.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1291  HlyD family secretion protein  29.86 
 
 		 477 aa  80.1  0.00000000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888104  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.78 
 
 		 361 aa  80.1  0.00000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 		 407 aa  79.3  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  30.03 
 
 		 367 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.06 
 
 		 395 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  23.69 
 
 		 348 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  26.5 
 
 		 431 aa  78.6  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.25 
 
 		 398 aa  78.2  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 414 aa  78.2  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2904  secretion protein HlyD family protein  27.22 
 
 		 329 aa  77  0.0000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.839486  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  24.2 
 
 		 360 aa  77.4  0.0000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.31 
 
 		 430 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.88 
 
 		 399 aa  77.4  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  26.33 
 
 		 370 aa  76.6  0.0000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  26.33 
 
 		 370 aa  76.6  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  23.68 
 
 		 489 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.71 
 
 		 360 aa  76.6  0.0000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0892  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.38 
 
 		 370 aa  76.6  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3749  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 		 340 aa  76.3  0.0000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5192  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.33 
 
 		 356 aa  76.3  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1133  secretion protein HlyD  23.14 
 
 		 371 aa  76.3  0.0000000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  26.33 
 
 		 370 aa  76.3  0.0000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0345  secretion protein HlyD  29.25 
 
 		 361 aa  75.9  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.336549 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0861  secretion protein HlyD  29.45 
 
 		 330 aa  75.5  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0209949  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4021  secretion protein HlyD  28.52 
 
 		 345 aa  75.9  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1147  RND family efflux transporter MFP subunit  30.11 
 
 		 395 aa  75.9  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00762  hypothetical protein  30.74 
 
 		 332 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2847  secretion protein HlyD family protein  30.74 
 
 		 331 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  32.11 
 
 		 375 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0860  hypothetical protein  30.74 
 
 		 331 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0849  hypothetical protein  30.74 
 
 		 331 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.56 
 
 		 391 aa  75.1  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0818  hypothetical protein  30.74 
 
 		 331 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2848  hypothetical protein  30.74 
 
 		 331 aa  74.7  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0314529 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>