More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3623 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3623  secretion protein HlyD  100 
 
 		 398 aa  768    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0728465  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2837  RND family efflux transporter MFP subunit  75.31 
 
 		 406 aa  551  1e-156  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0025637 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3253  RND family efflux transporter MFP subunit  64.54 
 
 		 397 aa  420  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1673  secretion protein HlyD  55.03 
 
 		 396 aa  401  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.801945 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1184  secretion protein HlyD  55.04 
 
 		 396 aa  386  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1045  RND family efflux transporter MFP subunit  50.52 
 
 		 397 aa  330  3e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1361  RND efflux membrane protein  49.36 
 
 		 383 aa  325  9e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1251  RND family efflux transporter MFP subunit  46.17 
 
 		 383 aa  304  2.0000000000000002e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0652431  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3851  RND family efflux transporter MFP subunit  46.43 
 
 		 383 aa  303  5.000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1919  RND family efflux transporter MFP subunit  46.43 
 
 		 383 aa  303  5.000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3834  RND family efflux transporter MFP subunit  46.43 
 
 		 383 aa  303  5.000000000000001e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.75 
 
 		 384 aa  302  7.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2685  RND family efflux transporter MFP subunit  46.68 
 
 		 383 aa  301  1e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.133522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0145  RND family efflux transporter MFP subunit  44.9 
 
 		 383 aa  300  4e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1326  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.41 
 
 		 398 aa  298  2e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0997151  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0871  secretion protein HlyD  45.5 
 
 		 406 aa  297  2e-79  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.75327  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1046  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.96 
 
 		 378 aa  293  5e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0357289  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  43.41 
 
 		 398 aa  289  7e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1834  RND family efflux transporter MFP subunit  45.8 
 
 		 383 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.41663  normal  0.322468 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.55 
 
 		 383 aa  283  5.000000000000001e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2877  secretion protein HlyD  41.94 
 
 		 383 aa  282  8.000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1925  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.3 
 
 		 396 aa  271  2e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.588537  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  35.85 
 
 		 389 aa  188  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  33.42 
 
 		 390 aa  176  6e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  34.89 
 
 		 389 aa  175  9.999999999999999e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.06 
 
 		 390 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.62 
 
 		 347 aa  168  2e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1362  secretion protein HlyD  27.81 
 
 		 381 aa  150  3e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.27807  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3303  RND family efflux transporter MFP subunit  31.44 
 
 		 418 aa  149  6e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.3496  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3301  RND family efflux transporter MFP subunit  33.07 
 
 		 381 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.446472 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.23 
 
 		 357 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  31.34 
 
 		 523 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  33 
 
 		 418 aa  112  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1372  secretion protein HlyD  33.04 
 
 		 405 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.203736  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0382  RND family efflux transporter MFP subunit  28.34 
 
 		 396 aa  109  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.410142  normal  0.745706 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  29.43 
 
 		 368 aa  102  2e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2532  secretion protein HlyD  32.16 
 
 		 359 aa  101  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.19676  normal  0.860631 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.07 
 
 		 369 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  29.46 
 
 		 364 aa  96.3  8e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  29.09 
 
 		 356 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 361 aa  95.9  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.47 
 
 		 390 aa  94.7  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4709  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.2 
 
 		 383 aa  95.5  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2040  RND family mulitdrug efflux protein  29.55 
 
 		 358 aa  93.2  8e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.428821  normal  0.886334 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4857  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.91 
 
 		 384 aa  92.8  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.491578 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  27.22 
 
 		 371 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  27.51 
 
 		 471 aa  92.4  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  27.22 
 
 		 371 aa  92  1e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3414  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.03 
 
 		 1462 aa  92  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  28.36 
 
 		 369 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1752  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 369 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  28.36 
 
 		 369 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 		 371 aa  92  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1653  putative transport/efflux transmembrane protein  30.32 
 
 		 402 aa  91.7  2e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.493931 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  27.22 
 
 		 371 aa  92  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  27.22 
 
 		 371 aa  92  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.9 
 
 		 356 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  27.22 
 
 		 371 aa  92  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  27.22 
 
 		 371 aa  92  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  31.27 
 
 		 390 aa  92  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  27.22 
 
 		 371 aa  92  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  25.94 
 
 		 370 aa  90.9  3e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  27.99 
 
 		 396 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  27.22 
 
 		 371 aa  90.9  3e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  25.94 
 
 		 370 aa  90.9  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  25.94 
 
 		 370 aa  90.5  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.74 
 
 		 438 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  26.63 
 
 		 338 aa  90.5  5e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1526  RND family efflux transporter MFP subunit  29.66 
 
 		 423 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.692168  normal  0.0164989 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  26.98 
 
 		 372 aa  90.5  5e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4340  RND family efflux transporter MFP subunit  28.88 
 
 		 387 aa  90.1  6e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.625227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3461  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.41 
 
 		 370 aa  90.1  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  26.98 
 
 		 372 aa  89.7  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  26.98 
 
 		 372 aa  89.7  8e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3881  HlyD family secretion protein  32.14 
 
 		 346 aa  89.7  9e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.266197  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1893  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.59 
 
 		 402 aa  89.4  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.227434 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 364 aa  89  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.7 
 
 		 402 aa  89.4  1e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18238  normal  0.253617 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.1 
 
 		 438 aa  89  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2454  RND family efflux transporter MFP subunit  28.4 
 
 		 393 aa  89.4  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0882  hypothetical protein  26.67 
 
 		 338 aa  88.6  2e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0231  secretion protein HlyD  26.49 
 
 		 354 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  26.98 
 
 		 372 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1452  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 369 aa  88.2  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0187105  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1700  secretion protein HlyD  29.61 
 
 		 417 aa  88.2  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.696744  normal  0.370784 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3300  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.44 
 
 		 395 aa  88.2  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  30.81 
 
 		 438 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.05 
 
 		 407 aa  87.8  3e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1870  secretion protein HlyD  31.58 
 
 		 427 aa  87.4  4e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.66 
 
 		 397 aa  87  5e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1520  RND family efflux transporter MFP subunit  28.86 
 
 		 370 aa  86.7  6e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.289277 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2574  RND family efflux transporter MFP subunit  30.81 
 
 		 416 aa  86.7  7e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0205378 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.46 
 
 		 377 aa  86.7  7e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.46 
 
 		 360 aa  86.3  8e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0078  hypothetical protein  24.78 
 
 		 381 aa  85.9  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2960  RND family efflux transporter MFP subunit  30.15 
 
 		 387 aa  85.9  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.147665  hitchhiker  0.0025793 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  26.72 
 
 		 372 aa  85.9  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  28.22 
 
 		 461 aa  84.7  0.000000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 426 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  27.13 
 
 		 372 aa  85.1  0.000000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>