More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3089 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 297 aa  616  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 303 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  27.03 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  31.42 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  30.18 
 
 		 289 aa  99.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 314 aa  99.4  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 287 aa  98.2  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3696  helix-turn-helix domain-containing protein  31.93 
 
 		 188 aa  95.9  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  32.02 
 
 		 295 aa  95.9  8e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 295 aa  95.9  8e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  30.13 
 
 		 287 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  26.67 
 
 		 289 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 305 aa  93.2  5e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 305 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 		 306 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  29.84 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  30.67 
 
 		 318 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 293 aa  92.8  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 305 aa  92.8  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 301 aa  92.4  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 299 aa  92  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  30.32 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 251 aa  90.9  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  30.85 
 
 		 272 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  34.12 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  35.04 
 
 		 294 aa  90.1  4e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 311 aa  89.7  5e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 291 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 315 aa  89  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 315 aa  89  8e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 315 aa  89  8e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 353 aa  89  9e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0628  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 319 aa  88.2  1e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.000338841  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 312 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 		 291 aa  89  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 299 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0591  AraC family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  28.45 
 
 		 299 aa  87.4  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 315 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  28.14 
 
 		 288 aa  87  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  31.11 
 
 		 322 aa  86.7  4e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  32.89 
 
 		 301 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  30.32 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  28.18 
 
 		 324 aa  85.9  8e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  32.05 
 
 		 292 aa  85.9  8e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  32.37 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 302 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 678 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2555  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  33.57 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 304 aa  82.8  0.000000000000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  33.13 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  25.88 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  31.21 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 285 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 312 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  29.78 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  36.11 
 
 		 180 aa  79.7  0.00000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 299 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 319 aa  79.7  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0725  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 311 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.576949 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0708  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2577  transcriptional regulator, AraC family  33.57 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.996426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  27.14 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  36.62 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 322 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  29.01 
 
 		 331 aa  78.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 289 aa  78.6  0.0000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  37.11 
 
 		 250 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  25.69 
 
 		 316 aa  77.8  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>