More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1776 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.87 
 
 		 671 aa  857    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  60.87 
 
 		 671 aa  857    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01851  DNA ligase, NAD-dependent  66.41 
 
 		 517 aa  701    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197167  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0903  DNA ligase, NAD-dependent  47.16 
 
 		 671 aa  640    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.226398  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4274  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.77 
 
 		 776 aa  670    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1516  DNA ligase (NAD(+))  62.52 
 
 		 681 aa  864    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000678531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2744  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.73 
 
 		 670 aa  845    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000148607  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2438  DNA ligase, NAD-dependent  54.61 
 
 		 673 aa  756    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2841  DNA ligase, NAD-dependent  48.57 
 
 		 732 aa  671    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3444  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.94 
 
 		 673 aa  837    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000441921  hitchhiker  0.000209829 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1343  DNA ligase, NAD-dependent  54.44 
 
 		 683 aa  746    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.584756  normal  0.20338 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3466  DNA ligase, NAD-dependent  63.21 
 
 		 689 aa  862    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.184307  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2939  NAD-dependent DNA ligase LigA  61.23 
 
 		 671 aa  861    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000192646  normal  0.0623801 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  50.15 
 
 		 703 aa  681    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2896  DNA ligase, NAD-dependent  62.72 
 
 		 689 aa  874    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3656  DNA ligase, NAD-dependent  53.33 
 
 		 787 aa  645    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2461  DNA ligase, NAD-dependent  54.92 
 
 		 688 aa  741    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0455112  hitchhiker  0.000280706 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2758  DNA ligase, NAD-dependent  63.91 
 
 		 685 aa  882    Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00554758  hitchhiker  0.000696981 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2620  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.67 
 
 		 671 aa  835    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.936148  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1560  DNA ligase, NAD-dependent  53.79 
 
 		 691 aa  740    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.436833  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  55.5 
 
 		 673 aa  739    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  55.66 
 
 		 673 aa  740    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1819  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.5 
 
 		 787 aa  657    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.386277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0320  NAD dependent DNA ligase  49.85 
 
 		 691 aa  677    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.250656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1734  NAD-dependent DNA ligase  53.25 
 
 		 683 aa  726    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.39998  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2062  DNA ligase, NAD-dependent  53.79 
 
 		 691 aa  740    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.631088  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2377  DNA ligase, NAD-dependent  64.8 
 
 		 669 aa  892    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000760862  unclonable  0.00000201736 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1886  NAD-dependent DNA ligase  55.59 
 
 		 711 aa  781    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0136067  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1816  DNA ligase, NAD-dependent  49.63 
 
 		 707 aa  679    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.633094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0624  NAD-dependent DNA ligase  52.26 
 
 		 686 aa  686    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.182096  normal  0.661335 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1432  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.73 
 
 		 670 aa  847    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000269504  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0473  DNA ligase, NAD-dependent  51.34 
 
 		 686 aa  687    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2588  DNA ligase, NAD-dependent  53.79 
 
 		 691 aa  741    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.245296  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  55.81 
 
 		 675 aa  758    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1801  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.92 
 
 		 785 aa  662    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0162634  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1252  DNA ligase, NAD-dependent  54.06 
 
 		 691 aa  741    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0258025  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0503  DNA ligase, NAD-dependent  52.33 
 
 		 671 aa  704    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.720163  normal  0.76832 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5334  DNA ligase (NAD+)  53.77 
 
 		 691 aa  739    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.373441  normal  0.204139 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2679  DNA ligase, NAD-dependent  63.91 
 
 		 685 aa  883    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000018832  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2847  DNA ligase, NAD-dependent  62.43 
 
 		 670 aa  873    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000873668  hitchhiker  0.000000438605 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1689  DNA ligase, NAD-dependent  62.29 
 
 		 668 aa  874    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000649064  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2571  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.76 
 
 		 671 aa  835    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000161057  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  50.6 
 
 		 670 aa  739    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1239  DNA ligase, NAD-dependent  54.92 
 
 		 672 aa  754    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00267622  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2686  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.67 
 
 		 671 aa  836    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.595672  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2353  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.2 
 
 		 669 aa  852    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0647  DNA ligase, NAD-dependent  51.23 
 
 		 707 aa  709    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.407599  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2792  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.52 
 
 		 671 aa  834    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.755122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1594  NAD-dependent DNA ligase LigA  51.92 
 
 		 776 aa  672    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0867553 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2022  DNA ligase, NAD-dependent  53.54 
 
 		 691 aa  740    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.72 
 
 		 671 aa  854    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.05 
 
 		 669 aa  862    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.87 
 
 		 671 aa  857    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3405  DNA ligase, NAD-dependent  58.23 
 
 		 672 aa  806    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.558724  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  49.93 
 
 		 693 aa  677    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2442  DNA ligase, NAD-dependent  53.79 
 
 		 691 aa  741    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.414068  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2201  DNA ligase, NAD-dependent  51.96 
 
 		 690 aa  708    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.378461  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1881  DNA ligase (NAD+)  58.89 
 
 		 674 aa  816    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.605724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2505  DNA ligase, NAD-dependent  50.98 
 
 		 768 aa  686    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000421321 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1403  DNA ligase, NAD-dependent  51.4 
 
 		 693 aa  707    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.655941  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2592  DNA ligase, NAD-dependent  50.44 
 
 		 706 aa  714    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.457213 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1676  NAD-dependent DNA ligase  55.21 
 
 		 688 aa  744    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.194979  normal  0.0666248 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2514  DNA ligase, NAD-dependent  61.98 
 
 		 670 aa  863    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00116351  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2044  DNA ligase, NAD-dependent  53.32 
 
 		 691 aa  732    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  56.95 
 
 		 691 aa  785    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3600  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.79 
 
 		 776 aa  674    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.278075  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0351  DNA ligase, NAD-dependent  51.19 
 
 		 691 aa  689    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1428  DNA ligase, NAD-dependent  54.62 
 
 		 721 aa  771    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00223913 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0066  DNA ligase, NAD-dependent  44.86 
 
 		 671 aa  635    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  50.75 
 
 		 673 aa  741    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3249  DNA ligase, NAD-dependent  53.79 
 
 		 691 aa  740    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1812  DNA ligase (NAD+)  50 
 
 		 677 aa  644    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2499  DNA ligase, NAD-dependent  53.79 
 
 		 691 aa  740    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6053  DNA ligase, NAD-dependent  53.47 
 
 		 746 aa  736    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.255704  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1167  DNA ligase, NAD-dependent  58.33 
 
 		 678 aa  789    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.140803  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2746  NAD-dependent DNA ligase LigA  56.47 
 
 		 786 aa  691    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0339353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1776  DNA ligase, NAD-dependent  100 
 
 		 677 aa  1390    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.19429  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1926  DNA ligase, NAD-dependent  53.32 
 
 		 691 aa  734    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55791  normal  0.279266 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1321  NAD-dependent DNA ligase LigA  59.73 
 
 		 670 aa  847    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000153003  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0377  NAD-dependent DNA ligase LigA  57.96 
 
 		 673 aa  816    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1878  DNA ligase, NAD-dependent  49.43 
 
 		 711 aa  686    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1508  DNA ligase, NAD-dependent  62.63 
 
 		 690 aa  880    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000647513  hitchhiker  0.000000119836 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1575  DNA ligase, NAD-dependent  62.48 
 
 		 690 aa  880    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0209027  unclonable  0.0000429666 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  54.65 
 
 		 673 aa  739    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2461  DNA ligase, NAD-dependent  62.84 
 
 		 670 aa  882    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360751  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1455  DNA ligase, NAD-dependent  53.23 
 
 		 671 aa  714    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2662  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.06 
 
 		 671 aa  840    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0516763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2057  DNA ligase, NAD-dependent  53.32 
 
 		 691 aa  733    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.258192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44660  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.71 
 
 		 794 aa  660    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0139158  normal  0.0637496 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2083  DNA ligase, NAD-dependent  48.93 
 
 		 731 aa  673    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0521924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3804  NAD-dependent DNA ligase LigA  53.96 
 
 		 794 aa  664    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.87 
 
 		 671 aa  857    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2024  DNA ligase, NAD-dependent  53.47 
 
 		 691 aa  734    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  52.38 
 
 		 776 aa  676    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1738  DNA ligase (NAD(+))  63.46 
 
 		 670 aa  876    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000265236  hitchhiker  0.00000000308694 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1569  DNA ligase, NAD-dependent  62.43 
 
 		 691 aa  875    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0515781  unclonable  0.000000000191104 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01312  NAD-dependent DNA ligase LigA  62.26 
 
 		 670 aa  857    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1334  DNA ligase, NAD-dependent  53.79 
 
 		 691 aa  740    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.538237  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1267  NAD-dependent DNA ligase LigA  60.87 
 
 		 671 aa  857    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000309607  decreased coverage  0.0000372126 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2364  DNA ligase, NAD-dependent  63.02 
 
 		 685 aa  880    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0084265  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>