94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0082 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0079  diguanylate cyclase  90.1 
 
 		 393 aa  716    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0082  diguanylate cyclase  100 
 
 		 394 aa  801    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0152  putative phosphodiesterase  49.39 
 
 		 668 aa  334  2e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.651531 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4062  biofilm formation regulator HmsP  46.04 
 
 		 728 aa  303  3.0000000000000004e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.996641 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0094  biofilm formation regulator HmsP  46.04 
 
 		 728 aa  303  4.0000000000000003e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4069  biofilm formation regulator HmsP  46.04 
 
 		 728 aa  303  4.0000000000000003e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4894  putative phosphodiesterase  40.34 
 
 		 662 aa  254  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.509756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0188  putative phosphodiesterase  40.1 
 
 		 662 aa  253  4.0000000000000004e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3991  putative phosphodiesterase  40.16 
 
 		 668 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.185818 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3887  putative phosphodiesterase  39.62 
 
 		 668 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3931  putative phosphodiesterase  39.89 
 
 		 668 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3810  putative phosphodiesterase  40.7 
 
 		 668 aa  247  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.612302 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3823  putative phosphodiesterase  40.7 
 
 		 668 aa  246  3e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3838  putative phosphodiesterase  38.7 
 
 		 649 aa  239  4e-62  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.261716 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4017  putative phosphodiesterase  38.7 
 
 		 651 aa  239  4e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03377  predicted diguanylate cyclase  38.7 
 
 		 649 aa  240  4e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3935  putative phosphodiesterase  38.7 
 
 		 651 aa  239  4e-62  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  38.7 
 
 		 649 aa  240  4e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03330  hypothetical protein  38.7 
 
 		 649 aa  240  4e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3732  putative phosphodiesterase  38.7 
 
 		 651 aa  239  5e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3926  putative phosphodiesterase  40.56 
 
 		 657 aa  225  1e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4060  GGDEF  24.02 
 
 		 705 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4474  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.91 
 
 		 683 aa  67.4  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192175 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0953  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.43 
 
 		 694 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.479212  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0914  GGDEF domain-containing protein  23.43 
 
 		 693 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.398639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3557  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.69 
 
 		 677 aa  65.1  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.026762  decreased coverage  0.00000188852 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3385  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.81 
 
 		 677 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.093446  hitchhiker  0.00322897 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0965  GGDEF domain-containing protein  23.53 
 
 		 680 aa  64.7  0.000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00724002  normal  0.0458332 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.94 
 
 		 677 aa  63.2  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.992425  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0980  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.19 
 
 		 683 aa  62.4  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000403216 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4487  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.46 
 
 		 683 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0293073 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4365  GGDEF domain/EAL domain protein  21.57 
 
 		 683 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2024  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.29 
 
 		 692 aa  58.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.844542  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3056  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.59 
 
 		 679 aa  57.8  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.029022  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4938  putative lipoprotein  24.5 
 
 		 686 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56790  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  24.75 
 
 		 687 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.44 
 
 		 684 aa  56.6  0.0000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10926  normal  0.0282645 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1030  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.44 
 
 		 684 aa  56.6  0.0000007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0216958  hitchhiker  0.00000239027 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2830  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.13 
 
 		 682 aa  54.7  0.000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0701966  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1034  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.6 
 
 		 674 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20154  hitchhiker  0.000000435621 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3276  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.92 
 
 		 684 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0261711  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3413  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.92 
 
 		 684 aa  53.9  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.341259  hitchhiker  0.0009308 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1132  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  22.92 
 
 		 684 aa  53.9  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00732829  unclonable  0.0000000000153183 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3235  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.92 
 
 		 684 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.612111  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0375  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.66 
 
 		 876 aa  53.9  0.000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.413916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.66 
 
 		 876 aa  53.9  0.000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0140415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0994  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.01 
 
 		 678 aa  53.1  0.000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.031573  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3598  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.11 
 
 		 877 aa  52.4  0.00001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3649  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  28.03 
 
 		 876 aa  52.8  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.02582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.91 
 
 		 711 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.444283  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1208  GGDEF domain-containing protein  23.13 
 
 		 684 aa  52.4  0.00002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4324  GGDEF domain-containing protein  28.03 
 
 		 876 aa  50.8  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.48 
 
 		 882 aa  50.4  0.00005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3989  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.48 
 
 		 882 aa  50.4  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4105  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.48 
 
 		 882 aa  50.4  0.00006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  26.42 
 
 		 873 aa  49.3  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0483164  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.84 
 
 		 875 aa  48.5  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00996719  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3711  sensory box protein  29.88 
 
 		 503 aa  48.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0503901 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37830  GGDEF domain-containing protein  25.62 
 
 		 691 aa  48.1  0.0002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.42033  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2224  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.53 
 
 		 820 aa  48.9  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.387705 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1018  GGDEF domain-containing protein  23.38 
 
 		 678 aa  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00123246  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3340  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.03 
 
 		 607 aa  46.2  0.0009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.489198 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0242  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.36 
 
 		 631 aa  45.8  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00436408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15460  membrane sensor hybrid histidine protein kinase  30.89 
 
 		 772 aa  46.2  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.361903  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3769  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.87 
 
 		 732 aa  45.8  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.19 
 
 		 949 aa  45.8  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3016  GGDEF domain-containing protein  32.38 
 
 		 385 aa  45.8  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0864603  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  27.78 
 
 		 604 aa  46.2  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2057  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.27 
 
 		 699 aa  46.2  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  25.48 
 
 		 874 aa  45.8  0.001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  30.57 
 
 		 1047 aa  45.1  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.66 
 
 		 698 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.330245  normal  0.58075 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.11 
 
 		 736 aa  45.4  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  27.42 
 
 		 565 aa  45.1  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  28.34 
 
 		 603 aa  44.3  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0352  hypothetical protein  26.49 
 
 		 507 aa  44.7  0.003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0329  hypothetical protein  26.32 
 
 		 740 aa  44.7  0.003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  30.57 
 
 		 1047 aa  44.7  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0469  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 764 aa  44.7  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0764  GGDEF domain-containing protein  28.46 
 
 		 905 aa  44.3  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.05 
 
 		 696 aa  44.7  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1769  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.9 
 
 		 782 aa  44.7  0.003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.497012  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.88 
 
 		 699 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3270  diguanylate cyclase  29.31 
 
 		 552 aa  44.3  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  25.43 
 
 		 423 aa  44.3  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0141  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.68 
 
 		 795 aa  43.9  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0947657 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.38 
 
 		 900 aa  43.9  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.269875  normal  0.342346 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0845  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.08 
 
 		 879 aa  43.9  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3821  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.97 
 
 		 906 aa  43.5  0.007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1159  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28 
 
 		 633 aa  43.5  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.517596  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  29.3 
 
 		 423 aa  43.5  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3020  histidine kinase  34.12 
 
 		 1282 aa  43.1  0.008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.883771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5422  sensory box/GGDEF family protein  27.27 
 
 		 909 aa  43.1  0.009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.500636  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3868  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.95 
 
 		 1021 aa  43.1  0.009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>