More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene M446_3409 on replicon NC_010511
Organism: Methylobacterium sp. 4-46



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  100 
 
 		 228 aa  447  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  86.34 
 
 		 228 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  75.34 
 
 		 249 aa  330  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  76.61 
 
 		 239 aa  329  2e-89  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  76.15 
 
 		 239 aa  327  7e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  74.43 
 
 		 224 aa  319  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  57.89 
 
 		 240 aa  264  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  59.29 
 
 		 234 aa  261  4e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  55.51 
 
 		 264 aa  257  9e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0311  pseudouridine synthase  58.04 
 
 		 234 aa  246  2e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.148955 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0401  pseudouridine synthase  47.39 
 
 		 292 aa  241  9e-63  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  58.74 
 
 		 264 aa  239  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  53.3 
 
 		 255 aa  235  5.0000000000000005e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  48.18 
 
 		 250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0208  pseudouridine synthase  59.15 
 
 		 322 aa  170  2e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.528553  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0374  putative RNA pseudouridine synthase (Uracil hydrolyase)  60.58 
 
 		 295 aa  169  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0516  pseudouridine synthase  60.43 
 
 		 298 aa  167  1e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0361  pseudouridine synthase  59.15 
 
 		 300 aa  166  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.713326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2006  pseudouridine synthase  49.55 
 
 		 227 aa  166  4e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.309939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  46.64 
 
 		 227 aa  164  9e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  46.19 
 
 		 222 aa  161  1e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  48.05 
 
 		 324 aa  158  6e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  45.58 
 
 		 329 aa  154  1e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  51.46 
 
 		 224 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  41.35 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  41.96 
 
 		 405 aa  146  3e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2968  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  42.99 
 
 		 224 aa  143  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.577134 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  39.83 
 
 		 346 aa  142  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.01 
 
 		 368 aa  142  5e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  37.89 
 
 		 349 aa  142  6e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  42.92 
 
 		 330 aa  141  7e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  41.67 
 
 		 330 aa  141  9e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  35.29 
 
 		 307 aa  139  3.9999999999999997e-32  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.42 
 
 		 346 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  37.15 
 
 		 350 aa  137  1e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  39 
 
 		 346 aa  136  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 326 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.71 
 
 		 318 aa  135  7.000000000000001e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.71 
 
 		 326 aa  135  7.000000000000001e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  40.18 
 
 		 436 aa  134  8e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  38.3 
 
 		 471 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  39.74 
 
 		 412 aa  133  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  39.24 
 
 		 446 aa  132  5e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  38.82 
 
 		 468 aa  132  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.71 
 
 		 348 aa  132  6e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  38.82 
 
 		 468 aa  132  6e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.66 
 
 		 330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.11 
 
 		 458 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  43.04 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.91 
 
 		 327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  38.16 
 
 		 457 aa  128  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  37.72 
 
 		 469 aa  128  8.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  37.07 
 
 		 330 aa  127  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.4 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  36.64 
 
 		 364 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  37.78 
 
 		 455 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.07 
 
 		 307 aa  125  5e-28  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  43.89 
 
 		 301 aa  125  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3492  pseudouridine synthase  41.55 
 
 		 560 aa  125  6e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  38.43 
 
 		 411 aa  125  6e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  43.89 
 
 		 302 aa  125  7e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.39 
 
 		 300 aa  124  9e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  39.64 
 
 		 501 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  37.67 
 
 		 329 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  38.91 
 
 		 453 aa  123  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.33 
 
 		 330 aa  123  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  45.69 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  34.78 
 
 		 327 aa  122  5e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.39 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  37.79 
 
 		 330 aa  121  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  33.94 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0059  RluA family pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 339 aa  121  9e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.14313 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  37.39 
 
 		 324 aa  121  9e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2822  RluA family pseudouridine synthase  42.29 
 
 		 329 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000591979  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  38.5 
 
 		 329 aa  120  1.9999999999999998e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  39.19 
 
 		 444 aa  119  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  35.09 
 
 		 327 aa  119  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  36.56 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  37.39 
 
 		 313 aa  118  6e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.94 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0056  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.65 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  38.33 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  36.49 
 
 		 333 aa  116  3e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.18 
 
 		 307 aa  115  5e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02111  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.84 
 
 		 319 aa  115  6e-25  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.496147  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  33.03 
 
 		 307 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  33.77 
 
 		 318 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0073  pseudouridine synthase, RluA family  39.21 
 
 		 339 aa  115  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0061  pseudouridine synthase, RluA family  40.81 
 
 		 339 aa  115  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1405  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.03 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.899251  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.11 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0122358 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.75 
 
 		 312 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2141  pseudouridine synthase, RluD  36.36 
 
 		 339 aa  114  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0195  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  34.84 
 
 		 319 aa  114  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0799995  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1208  RluA family pseudouridine synthase  32.42 
 
 		 307 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1206  RNA pseudouridylate synthase  32.11 
 
 		 307 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.575901  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0018  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D (rRNA-uridine isomerase D)  34.5 
 
 		 326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1446  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.57 
 
 		 307 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1304  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  32.11 
 
 		 307 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1382  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  32.11 
 
 		 307 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.53631 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>