More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3458 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_1186  ribonuclease, Rne/Rng family  71.93 
 
 		 974 aa  691    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5262  ribonuclease  68.2 
 
 		 1427 aa  705    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.266118  normal  0.176556 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2284  ribonuclease, Rne/Rng family  76.19 
 
 		 1117 aa  723    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.436718  hitchhiker  0.00140455 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11530  RNAse G  75.06 
 
 		 959 aa  670    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0250639  normal  0.313443 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2183  ribonuclease E and G  71.97 
 
 		 908 aa  675    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0295776  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2461  ribonuclease, Rne/Rng family  73.77 
 
 		 990 aa  696    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.384924  normal  0.18702 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3381  ribonuclease, Rne/Rng family  75.58 
 
 		 1007 aa  704    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3458  ribonuclease, Rne/Rng family  100 
 
 		 1244 aa  2373    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3861  ribonuclease  70.39 
 
 		 1058 aa  654    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00688294 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1218  ribonuclease  70.19 
 
 		 1194 aa  678    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.993223 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1472  ribonuclease, Rne/Rng family  67.63 
 
 		 1040 aa  654    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.800895  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2058  ribonuclease, Rne/Rng family  64.59 
 
 		 1123 aa  651    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10100  ribonuclease, Rne/Rng family  69.85 
 
 		 1091 aa  677    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3482  ribonuclease  69.98 
 
 		 1024 aa  651    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1587  ribonuclease, Rne/Rng family  75.95 
 
 		 1048 aa  667    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0101858  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7272  Ribonuclease E  75.84 
 
 		 922 aa  698    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.159287 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1653  ribonuclease, Rne/Rng family  77.17 
 
 		 1018 aa  693    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000358703 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2393  ribonuclease  72.56 
 
 		 1113 aa  720    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.380654  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7273  ribonuclease, Rne/Rng family  69.42 
 
 		 1334 aa  739    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.584689  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0755  ribonuclease G  73.3 
 
 		 702 aa  667    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3452  ribonuclease G  73.9 
 
 		 1070 aa  683    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12490  ribonuclease, Rne/Rng family  71.31 
 
 		 1093 aa  690    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2147  ribonuclease, Rne/Rng family  70.61 
 
 		 1151 aa  724    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000101232 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3551  ribonuclease  67.4 
 
 		 991 aa  633  1e-180  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.788341  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3556  ribonuclease  67.4 
 
 		 987 aa  634  1e-180  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0805889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3624  ribonuclease  67.4 
 
 		 991 aa  633  1e-180  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3947  ribonuclease  67.08 
 
 		 961 aa  630  1e-179  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2634  ribonuclease  67.62 
 
 		 1016 aa  629  1e-178  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0104153  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1502  ribonuclease, Rne/Rng family  64.61 
 
 		 1080 aa  624  1e-177  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.69502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12471  ribonuclease E rne  65.39 
 
 		 953 aa  613  9.999999999999999e-175  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  0.00011708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5481  ribonuclease Rne/Rng family  69.89 
 
 		 717 aa  610  1e-173  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0824918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1615  ribonuclese G and E  63.09 
 
 		 1022 aa  591  1e-167  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1224  S1 RNA binding domain protein  61.74 
 
 		 1093 aa  582  1e-164  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000769273 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0770  ribonuclease, Rne/Rng family  49.37 
 
 		 457 aa  370  1e-101  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175551  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2536  ribonuclease  44.91 
 
 		 559 aa  330  1.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00011944  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0556  ribonuclease G  43.18 
 
 		 562 aa  309  2.0000000000000002e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3326  ribonuclease, Rne/Rng family  40.83 
 
 		 564 aa  309  2.0000000000000002e-82  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1319  ribonuclease, Rne/Rng family  42 
 
 		 494 aa  308  4.0000000000000004e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.199233  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2663  ribonuclease, Rne/Rng family  43.78 
 
 		 636 aa  308  5.0000000000000004e-82  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.127764 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5498  ribonuclease, Rne/Rng family  40.7 
 
 		 543 aa  300  8e-80  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4339  ribonuclease, Rne/Rng family  42.64 
 
 		 411 aa  300  1e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000260891  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0180  ribonuclease G  43.18 
 
 		 483 aa  298  4e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.377075  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2129  ribonuclease, Rne/Rng family  42.86 
 
 		 571 aa  292  2e-77  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0190807  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2954  ribonuclease, Rne/Rng family  40.2 
 
 		 496 aa  292  3e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2567  ribonuclease, Rne/Rng family  40.2 
 
 		 496 aa  292  3e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.894494  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3239  ribonuclease G  40.62 
 
 		 531 aa  291  5.0000000000000004e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0328342  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58100  cytoplasmic axial filament protein  44.7 
 
 		 485 aa  290  9e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5091  cytoplasmic axial filament protein  44.7 
 
 		 485 aa  290  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2584  RNase EG  38.52 
 
 		 503 aa  288  4e-76  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000677215  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3188  RNAse G  40.1 
 
 		 492 aa  288  4e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0159  ribonuclease, Rne/Rng family  40.05 
 
 		 496 aa  285  3.0000000000000004e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.125882  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2082  ribonuclease  41.75 
 
 		 491 aa  284  7.000000000000001e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0142  ribonuclease, Rne/Rng family  40.05 
 
 		 496 aa  283  1e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0301  ribonuclease  38.42 
 
 		 503 aa  282  4e-74  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000158312  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2071  ribonuclease  44.27 
 
 		 489 aa  280  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.446321  normal  0.265186 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2657  ribonuclease E and G  42.96 
 
 		 490 aa  278  6e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.121341  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1876  ribonuclease  41.06 
 
 		 1056 aa  277  8e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.166122  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1490  ribonuclease, Rne/Rng family protein  41.06 
 
 		 1124 aa  277  8e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.326409  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02918  ribonuclease E  41.44 
 
 		 1035 aa  276  1.0000000000000001e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0470  ribonuclease G (cytoplasmic axial filament protein)  41.02 
 
 		 497 aa  277  1.0000000000000001e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0285908  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0409  ribonuclease  41.02 
 
 		 497 aa  276  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.748202  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2302  ribonuclease  37.22 
 
 		 1102 aa  276  2.0000000000000002e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275092  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0158  ribonuclease G  41.34 
 
 		 497 aa  275  3e-72  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0977  ribonuclease  43.69 
 
 		 485 aa  275  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0937  ribonuclease, Rne/Rng family  43.69 
 
 		 485 aa  275  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0842  RNAse G  43.18 
 
 		 492 aa  275  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0915958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4278  ribonuclease  43.69 
 
 		 485 aa  275  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0944  ribonuclease  43.69 
 
 		 485 aa  275  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0791  ribonuclease, Rne/Rng family  35.53 
 
 		 1076 aa  275  5.000000000000001e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.127773  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1378  ribonuclease, Rne/Rng family  37.31 
 
 		 1074 aa  275  5.000000000000001e-72  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.282937  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2032  ribonuclease  36.96 
 
 		 1142 aa  275  6e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.390229  normal  0.144876 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02342  RNase E  40.62 
 
 		 1131 aa  274  6e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.596666  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1593  ribonuclease  37.22 
 
 		 1128 aa  274  6e-72  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0247639 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0860  RNAse G  43.43 
 
 		 485 aa  274  6e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.605963 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12690  Ribonuclease E/G  43.69 
 
 		 485 aa  273  1e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.211815  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002988  ribonuclease E  41.05 
 
 		 1024 aa  272  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2504  ribonuclease  40.9 
 
 		 1084 aa  273  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0409  ribonuclease G  41.6 
 
 		 492 aa  273  2e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.416814  normal  0.138989 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1735  ribonuclease  41.62 
 
 		 499 aa  272  2.9999999999999997e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.776298 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3267  ribonuclease G  42.9 
 
 		 489 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2437  RNAse G  42.49 
 
 		 483 aa  272  4e-71  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0098  ribonuclease  37.94 
 
 		 517 aa  272  4e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1592  ribonuclease E  37.63 
 
 		 1175 aa  272  4e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.690225  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1294  ribonuclease, Rne/Rng family  42.9 
 
 		 489 aa  272  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.229063  normal  0.0967279 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2475  RNAse E  40.62 
 
 		 1095 aa  271  5e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.350754  normal  0.0309861 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2233  ribonuclease E  40.5 
 
 		 1015 aa  271  5.9999999999999995e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.893079  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1200  ribonuclease, Rne/Rng family  41.85 
 
 		 496 aa  271  8e-71  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1609  ribonuclease  37.1 
 
 		 530 aa  271  8e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1430  ribonuclease E  36.98 
 
 		 1073 aa  270  8.999999999999999e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.260181 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1375  ribonuclease  36.8 
 
 		 483 aa  270  1e-70  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1719  ribonuclease, Rne/Rng family  39.55 
 
 		 495 aa  270  1e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0487  RNAse G  37.33 
 
 		 528 aa  270  1e-70  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.258598  normal  0.0128564 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4223  ribonuclease E  36.93 
 
 		 1053 aa  270  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0187486  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1914  ribonuclease G  39.55 
 
 		 495 aa  270  1e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.105978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1573  ribonuclease  36.17 
 
 		 1128 aa  269  2e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0991  ribonuclease  37.25 
 
 		 1059 aa  269  2e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.19075  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1453  ribonuclease  42.14 
 
 		 416 aa  269  2e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000141125  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2405  RNAse E  40.62 
 
 		 1093 aa  269  2e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.133315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2567  RNAse E  37.47 
 
 		 1098 aa  269  2e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2236  ribonuclease G  43.54 
 
 		 487 aa  269  2.9999999999999995e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>