More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0066 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_0066  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  100 
 
 
220 aa  441  1e-123  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3790  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  49.08 
 
 
226 aa  218  7e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000171716  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3027  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.48 
 
 
216 aa  169  4e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1089  Crp/FNR family transcriptional regulator  40.51 
 
 
218 aa  157  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0932  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  39.37 
 
 
226 aa  155  4e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.366643  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47010  Carbon monoxide oxidation transcription regulator, Crp/Fnr family: CooA  39.42 
 
 
220 aa  149  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1233  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  34.74 
 
 
225 aa  142  5e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0234193  normal  0.501568 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0383  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.71 
 
 
225 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.164826  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1134  CRP/FNR family transcriptional regulator  40.86 
 
 
223 aa  136  2e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.972162  normal  0.0613651 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0800  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  37.19 
 
 
224 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0302672 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3189  Crp/FNR family transcriptional regulator  36.81 
 
 
219 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.84617 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2234  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  44.17 
 
 
280 aa  126  3e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4494  Crp/FNR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
232 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.164578 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1431  Crp/FNR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3237  hypothetical protein  35.96 
 
 
261 aa  111  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2894  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  36 
 
 
224 aa  108  5e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0602886  normal  0.0128159 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2046  Crp/FNR family transcriptional regulator  37.27 
 
 
219 aa  106  2e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2386  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
225 aa  94  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1633  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.39 
 
 
226 aa  89  5e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391452  normal  0.0281193 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0880  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  29.44 
 
 
219 aa  82.4  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.812688  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2039  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
226 aa  81.6  0.000000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1814  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.91 
 
 
225 aa  80.1  0.00000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0860  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.25 
 
 
234 aa  80.1  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.693979  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0698  CRP/FNR family transcriptional regulator  24.62 
 
 
227 aa  79  0.00000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0824  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.64 
 
 
225 aa  78.2  0.0000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0928817  normal  0.0486748 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09760  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.87 
 
 
226 aa  77.4  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6276  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.34 
 
 
231 aa  75.9  0.0000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.298402  normal  0.17195 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18160  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.79 
 
 
219 aa  75.5  0.0000000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000607267  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1944  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.57 
 
 
227 aa  75.5  0.0000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26230  cAMP-binding protein  27.83 
 
 
225 aa  75.5  0.0000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.466611  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1697  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  31.36 
 
 
259 aa  75.1  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.314621  hitchhiker  0.0000199045 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0424  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.54 
 
 
242 aa  73.6  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.24952 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0204  Crp/Fnr family transcriptional regulator  26.85 
 
 
226 aa  73.2  0.000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0718939  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0349  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.11 
 
 
222 aa  72.8  0.000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000192919 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4381  CRP/FNR family transcriptional regulator  23.15 
 
 
231 aa  71.6  0.000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4102  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  30.36 
 
 
251 aa  71.2  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.363021  normal  0.0126572 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2775  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.22 
 
 
232 aa  70.9  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.9012  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2081  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.78 
 
 
229 aa  70.1  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.264181  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18280  cAMP-binding protein  24.06 
 
 
225 aa  69.3  0.00000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.186071  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3114  CRP/FNR family transcriptional regulator  24 
 
 
232 aa  69.7  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05940  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.4 
 
 
231 aa  68.9  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.558941  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0754  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.77 
 
 
236 aa  68.9  0.00000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000212493  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0778  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.77 
 
 
236 aa  68.2  0.00000000009  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000312841  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0262  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.82 
 
 
231 aa  68.2  0.0000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3232  cyclic nucleotide-binding protein  23.28 
 
 
212 aa  67.4  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3176  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25 
 
 
225 aa  67.8  0.0000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.231761 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1995  transcriptional regulator  24.32 
 
 
224 aa  67.8  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1482  CRP/FNR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
235 aa  67.8  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000238682  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2600  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.9 
 
 
229 aa  67.8  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0103419  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0238  Crp/FNR family transcriptional regulator  22.82 
 
 
231 aa  68.2  0.0000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1641  cyclic nucleotide-binding  24.78 
 
 
267 aa  67.8  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2803  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.64 
 
 
229 aa  67.4  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2762  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.24 
 
 
234 aa  66.6  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3395  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.13 
 
 
225 aa  67  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0299  Crp/FNR family transcriptional regulator  23.65 
 
 
247 aa  66.6  0.0000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1643  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.5 
 
 
227 aa  66.2  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46100  cAMP-regulatory protein  25.59 
 
 
215 aa  66.6  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2928  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  25.88 
 
 
232 aa  66.6  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.39759 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3029  CRP/FNR family transcriptional regulator  25.57 
 
 
228 aa  65.5  0.0000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1523  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  28.09 
 
 
231 aa  64.3  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0049  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.63 
 
 
252 aa  64.7  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.422683  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2129  Crp/Fnr family transcriptional regulator  25 
 
 
225 aa  63.5  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185639  normal  0.344505 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1955  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  24.75 
 
 
229 aa  63.5  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0468  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.72 
 
 
226 aa  64.3  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.974187 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1332  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
238 aa  63.9  0.000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.407818  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3873  cAMP-regulatory protein  24.06 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000159716  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3679  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.06 
 
 
216 aa  63.2  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.170413  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3747  cAMP-regulatory protein  24.06 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0179283  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0884  Crp/Fnr family transcriptional regulator  27.32 
 
 
214 aa  63.5  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.163926  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3690  cAMP-regulatory protein  24.06 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0119951  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3445  Crp/FNR family transcriptional regulator  28.98 
 
 
228 aa  63.2  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.90711  unclonable  0.00000836213 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0578  cAMP-regulatory protein  24.06 
 
 
211 aa  63.2  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.001638  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1256  cyclic nucleotide-binding domain-containing protein  27.4 
 
 
215 aa  62.8  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0755  cAMP-regulatory protein  25.84 
 
 
211 aa  62.8  0.000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.276204 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0362  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.46 
 
 
234 aa  62.8  0.000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.74387  normal  0.571703 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1234  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.29 
 
 
232 aa  62  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2076  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
234 aa  62  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.398696  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1660  Crp/FNR family transcriptional regulator  27.03 
 
 
261 aa  62.4  0.000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.74426  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0979  cAMP-binding protein  21.26 
 
 
239 aa  62.4  0.000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3292  cAMP-regulatory protein  23.53 
 
 
211 aa  61.6  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0112541  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0624  cAMP-regulatory protein  23.53 
 
 
211 aa  61.6  0.000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0652  cAMP-regulatory protein  23.53 
 
 
211 aa  61.6  0.000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000433673  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0618  cAMP-regulatory protein  23.53 
 
 
211 aa  61.6  0.000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000475791  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3412  cAMP-regulatory protein  23.53 
 
 
211 aa  61.6  0.000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000398691  normal  0.338767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0617  cAMP-regulatory protein  23.53 
 
 
211 aa  61.6  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000135204  normal  0.325091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1262  CRP/FNR family transcriptional regulator  21.94 
 
 
222 aa  61.6  0.000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.247212  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3187  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.74 
 
 
231 aa  61.2  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0154809 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0269  Crp/FNR family transcriptional regulator  26.84 
 
 
238 aa  60.8  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0757  Crp/FNR family transcriptional regulator  25.41 
 
 
236 aa  61.2  0.00000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0100726  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0585  cAMP-regulatory protein  23.53 
 
 
211 aa  61.2  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000009188  normal  0.481967 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0662  cAMP-regulatory protein  24.06 
 
 
211 aa  61.2  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000339306  hitchhiker  0.000137041 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1061  Crp family transcriptional regulator  23.88 
 
 
214 aa  60.8  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0336611  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3509  cAMP-regulatory protein  23.53 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000247338  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3873  cAMP-regulatory protein  24.06 
 
 
211 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000105148  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22000  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  20.66 
 
 
235 aa  60.5  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.457493  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1763  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  27.37 
 
 
223 aa  60.8  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.796832  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0781  Crp/FNR family transcriptional regulator  24.86 
 
 
236 aa  60.5  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0113537  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2574  transcriptional regulator, Crp/Fnr family  26.98 
 
 
236 aa  60.5  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3004  cAMP-regulatory protein  23.53 
 
 
211 aa  60.8  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000032723  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3081  CRP/FNR family transcriptional regulator  27.93 
 
 
249 aa  60.5  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0390484  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>