155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcDH1_3649 on replicon CP001637
Organism: Escherichia coli DH1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_3649  restriction modification system DNA specificity domain protein  100 
 
 		 464 aa  951    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4930  type I restriction enzyme StySJI specificity protein  40.32 
 
 		 469 aa  274  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1672  restriction modification system DNA specificity domain protein  39.47 
 
 		 493 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0030  restriction modification system DNA specificity subunit  36.06 
 
 		 435 aa  214  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.534213  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3673  restriction modification system DNA specificity domain protein  35.31 
 
 		 459 aa  206  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4264  type I restriction-modification system, S subunit  37.63 
 
 		 495 aa  201  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04178  hypothetical protein  52.97 
 
 		 236 aa  199  6e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.695524  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2960  restriction modification system DNA specificity subunit  36.72 
 
 		 587 aa  178  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0900  restriction modification system DNA specificity domain protein  32.01 
 
 		 471 aa  169  9e-41  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.963501 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2093  restriction modification system DNA specificity subunit  29.55 
 
 		 477 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02063  type I restriction-modification system, S subunit  30.89 
 
 		 501 aa  161  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1095  restriction modification system DNA specificity subunit  26.17 
 
 		 450 aa  138  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1492  restriction modification system DNA specificity subunit  26.96 
 
 		 479 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3653  type I restriction enzyme StySPI specificity protein  26.14 
 
 		 460 aa  133  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.234587  normal  0.701676 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2862  restriction modification system DNA specificity subunit  26.8 
 
 		 589 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1991  restriction modification system DNA specificity domain  26.91 
 
 		 490 aa  125  2e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.120232  normal  0.112136 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0390  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.13 
 
 		 642 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000219621 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1674  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.38 
 
 		 477 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3272  type I restriction-modification system specificity subunit  25.11 
 
 		 492 aa  113  8.000000000000001e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.425878  normal  0.243207 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05614  type I restriction-modification system S subunit  26.11 
 
 		 432 aa  112  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0842  type I restriction-modification enzyme, S subunit, putative  25.16 
 
 		 476 aa  108  2e-22  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3599  restriction modification system DNA specificity domain protein  27.67 
 
 		 532 aa  106  8e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.743632  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1204  restriction modification system DNA specificity subunit  29.39 
 
 		 547 aa  104  3e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.340549  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2226  restriction modification system DNA specificity subunit  23.65 
 
 		 451 aa  101  3e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.890862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3777  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.8 
 
 		 419 aa  99.8  9e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3850  restriction endonuclease S subunits-like protein  22.8 
 
 		 419 aa  99.8  9e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.554786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4012  restriction modification system DNA specificity subunit  25.28 
 
 		 436 aa  95.1  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.848484  normal  0.567977 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0854  restriction modification system DNA specificity subunit  30.88 
 
 		 595 aa  92.8  1e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221182  normal  0.0643125 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1237  restriction modification system DNA specificity subunit  33.69 
 
 		 633 aa  90.9  4e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0735  restriction modification system DNA specificity subunit  25.57 
 
 		 392 aa  88.2  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0086  restriction modification system DNA specificity protein  28.51 
 
 		 538 aa  87.8  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0845  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.58 
 
 		 495 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.31571e-19 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4761  type I restriction modification DNA specificity domain-containing protein  23.84 
 
 		 428 aa  84.3  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4611  restriction modification system DNA specificity subunit  22.6 
 
 		 561 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.483614  hitchhiker  0.0000795371 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03610  type I site-specific deoxyribonuclease  21.86 
 
 		 360 aa  82.4  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4714  restriction modification system DNA specificity domain  23.85 
 
 		 380 aa  81.6  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.232226  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1897  restriction modification system DNA specificity subunit  20.79 
 
 		 611 aa  81.3  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184495 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0804  restriction modification system DNA specificity subunit  26.09 
 
 		 368 aa  80.5  0.00000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.526121  normal  0.427419 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3358  restriction modification system DNA specificity subunit  24.36 
 
 		 429 aa  79  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0521612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3515  restriction modification system DNA specificity domain  29.39 
 
 		 514 aa  79  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3227  restriction modification system DNA specificity subunit  21.96 
 
 		 575 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0387  restriction modification system DNA specificity domain  24.19 
 
 		 435 aa  76.6  0.0000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0681662  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2409  restriction modification system DNA specificity subunit  21.05 
 
 		 442 aa  76.3  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.39474  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2496  subunit S of type I restriction-modification system  21.91 
 
 		 565 aa  75.1  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00268922  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1414  restriction modification system DNA specificity domain  22.77 
 
 		 447 aa  75.9  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00014984  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2792  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.87 
 
 		 423 aa  75.1  0.000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.313089  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2652  Restriction endonuclease S subunits-like protein  23.49 
 
 		 413 aa  74.7  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.252104  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3719  restriction modification system DNA specificity subunit  22.7 
 
 		 585 aa  74.3  0.000000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1032  restriction modification system DNA specificity subunit  26.58 
 
 		 457 aa  73.9  0.000000000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.41908  normal  0.322454 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6260  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.78 
 
 		 441 aa  73.6  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0640  restriction modification system DNA specificity subunit  22.15 
 
 		 447 aa  73.2  0.000000000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3989  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.38 
 
 		 456 aa  73.2  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0737122 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4139  restriction modification system DNA specificity domain protein  28.25 
 
 		 238 aa  72.8  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3180  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.04 
 
 		 390 aa  73.2  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1526  restriction endonuclease S subunits-like  25 
 
 		 386 aa  72  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1398  restriction modification system DNA specificity subunit  21.36 
 
 		 557 aa  72  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1060  restriction modification system DNA specificity subunit  22.64 
 
 		 397 aa  71.2  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0416  type I restriction-modification system S subunit  21.88 
 
 		 457 aa  69.7  0.00000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0531711 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1170  restriction modification system DNA specificity subunit  21.93 
 
 		 402 aa  69.7  0.0000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.249165  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0347  type I restriction-modification system, S subunit  23.01 
 
 		 390 aa  68.9  0.0000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000269296  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0076  type I restriction-modification system subunit S  22.26 
 
 		 464 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22810  hypothetical protein  23.72 
 
 		 418 aa  68.6  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.2219 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3199  restriction modification system DNA specificity subunit  21.78 
 
 		 400 aa  67.8  0.0000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.365834  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0508  restriction modification system DNA specificity subunit  39.62 
 
 		 511 aa  67  0.0000000008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2875  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.18 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1027  restriction modification system DNA specificity subunit  24.83 
 
 		 420 aa  65.1  0.000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0822  restriction modification system DNA specificity subunit  20.2 
 
 		 577 aa  65.1  0.000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3940  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.32 
 
 		 453 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4252  restriction modification system DNA specificity domain protein  19.28 
 
 		 462 aa  65.9  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132013  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2688  restriction endonuclease S subunits-like  22.6 
 
 		 487 aa  65.1  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.165356  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1858  restriction modification system DNA specificity subunit  22.3 
 
 		 456 aa  64.3  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3010  restriction endonuclease S subunits-like protein  25 
 
 		 388 aa  64.7  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.116402  normal  0.20864 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2421  restriction modification system DNA specificity subunit  21.9 
 
 		 402 aa  63.9  0.000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.318068 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1061  putative type I restriction-modification system, S subunit  23.96 
 
 		 528 aa  63.5  0.000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1225  hypothetical protein  30.11 
 
 		 459 aa  63.2  0.000000009  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.438073 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2028  restriction modification system DNA specificity subunit  23.54 
 
 		 391 aa  63.2  0.000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000400239 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5859  putative type I restriction-modification system, S subunit  19.49 
 
 		 584 aa  63.2  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2988  restriction modification system DNA specificity domain protein  23.31 
 
 		 386 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3717  restriction modification system DNA specificity subunit  27.98 
 
 		 427 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4189  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.81 
 
 		 401 aa  62  0.00000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2086  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.09 
 
 		 417 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000683293 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13680  hypothetical protein  19.51 
 
 		 354 aa  61.2  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.247083  normal  0.424884 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3267  restriction modification system DNA specificity subunit  25.28 
 
 		 557 aa  61.2  0.00000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0920403  decreased coverage  0.00535253 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1015  restriction modification system DNA specificity subunit  27.01 
 
 		 575 aa  61.2  0.00000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1452  restriction modification system DNA specificity domain  22.59 
 
 		 392 aa  60.8  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0462219  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0615  restriction modification system DNA specificity subunit  24.37 
 
 		 417 aa  60.8  0.00000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0545068  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3540  restriction modification system DNA specificity subunit  25.34 
 
 		 387 aa  60.5  0.00000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1496  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.67 
 
 		 427 aa  59.3  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.136919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4240  Restriction endonuclease S subunits-like protein  24.65 
 
 		 436 aa  59.3  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0686  type I restriction-modification system, S subunit, putative  23.73 
 
 		 561 aa  58.9  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.840975  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0614  restriction modification system DNA specificity domain protein  21.97 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2939  type I restriction-modification system  23.19 
 
 		 432 aa  58.9  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.0304782 
 
 
-
 
NC_012794  GWCH70_3443  restriction modification system DNA specificity domain protein  24.45 
 
 		 445 aa  58.9  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0835  restriction modification system DNA specificity domain  23.73 
 
 		 563 aa  58.5  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.835919  normal  0.945638 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1635  restriction modification system DNA specificity domain protein  26.35 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0235263  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1643  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.7 
 
 		 428 aa  57  0.0000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0750  putative type I restriction-modification system  22.45 
 
 		 436 aa  56.6  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.769779  normal  0.272821 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2097  restriction modification system DNA specificity subunit  21.9 
 
 		 393 aa  56.6  0.0000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0227  restriction modification system DNA specificity domain  22.09 
 
 		 395 aa  56.2  0.000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0727  restriction modification system DNA specificity domain protein  22.83 
 
 		 400 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0968972 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>