289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3375 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  100 
 
 		 361 aa  736    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  57.02 
 
 		 375 aa  397  1e-109  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  56.07 
 
 		 357 aa  375  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  54.8 
 
 		 363 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  54.24 
 
 		 363 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  54.24 
 
 		 368 aa  363  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  52.12 
 
 		 358 aa  338  9.999999999999999e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  45.25 
 
 		 412 aa  274  2.0000000000000002e-72  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  42.66 
 
 		 374 aa  261  1e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  42.42 
 
 		 374 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  44.88 
 
 		 384 aa  258  1e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  43.32 
 
 		 391 aa  258  1e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  44.88 
 
 		 384 aa  256  3e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  42.43 
 
 		 378 aa  255  9e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  41.32 
 
 		 374 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  41.58 
 
 		 379 aa  251  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  42.16 
 
 		 378 aa  250  2e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  42.94 
 
 		 387 aa  249  4e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  43.17 
 
 		 378 aa  249  5e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  42.7 
 
 		 379 aa  249  6e-65  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  40.87 
 
 		 378 aa  243  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  43.29 
 
 		 409 aa  241  2e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  41.92 
 
 		 398 aa  235  9e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.96 
 
 		 382 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  39.45 
 
 		 385 aa  233  5e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  40.48 
 
 		 378 aa  231  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.4 
 
 		 385 aa  228  2e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  42.46 
 
 		 384 aa  228  2e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  42.61 
 
 		 356 aa  227  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.98 
 
 		 382 aa  227  3e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  39.95 
 
 		 384 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  39.67 
 
 		 385 aa  225  8e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  41.05 
 
 		 384 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  40.37 
 
 		 379 aa  222  8e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  40.82 
 
 		 375 aa  220  3e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  40.41 
 
 		 392 aa  219  3.9999999999999997e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  41.88 
 
 		 357 aa  219  3.9999999999999997e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  40.86 
 
 		 369 aa  210  2e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  38.75 
 
 		 403 aa  200  3e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  30.73 
 
 		 365 aa  179  4.999999999999999e-44  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  32.06 
 
 		 372 aa  179  4.999999999999999e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  36.69 
 
 		 373 aa  178  1e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  32.25 
 
 		 372 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  35.23 
 
 		 379 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.01 
 
 		 369 aa  119  6e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  31.54 
 
 		 349 aa  117  3e-25  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  33.06 
 
 		 372 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.5 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.58 
 
 		 372 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  28.57 
 
 		 370 aa  109  6e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.72 
 
 		 372 aa  109  7.000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  30 
 
 		 370 aa  109  7.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  29.89 
 
 		 398 aa  109  7.000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  30.2 
 
 		 365 aa  108  2e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  25.77 
 
 		 369 aa  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.83 
 
 		 360 aa  105  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.86 
 
 		 370 aa  104  2e-21  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  28.77 
 
 		 387 aa  102  1e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  27.22 
 
 		 366 aa  102  1e-20  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.13 
 
 		 386 aa  102  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  25.23 
 
 		 359 aa  100  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  29.77 
 
 		 373 aa  100  5e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.06 
 
 		 382 aa  99.4  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00444  recombination protein F  26.84 
 
 		 357 aa  97.4  3e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.42 
 
 		 363 aa  97.4  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002007  DNA recombination and repair protein RecF  26.69 
 
 		 359 aa  97.1  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0003677  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.6 
 
 		 376 aa  97.1  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.3 
 
 		 420 aa  96.3  7e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  28.61 
 
 		 365 aa  96.3  7e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  25.2 
 
 		 369 aa  96.3  8e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  24.71 
 
 		 360 aa  94.7  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  29.69 
 
 		 375 aa  94  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  24.21 
 
 		 362 aa  93.6  5e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0003  recombination protein F  28.61 
 
 		 367 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.510695  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  24.72 
 
 		 367 aa  93.6  5e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  26.15 
 
 		 369 aa  93.2  6e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.64 
 
 		 363 aa  92.8  8e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  24.12 
 
 		 360 aa  91.7  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  28.23 
 
 		 392 aa  91.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  22.26 
 
 		 353 aa  90.9  3e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  23.82 
 
 		 360 aa  91.3  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  23.99 
 
 		 370 aa  90.5  4e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0003  DNA replication and repair protein  23.37 
 
 		 357 aa  90.5  4e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0109066  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  27.93 
 
 		 368 aa  90.5  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  26.76 
 
 		 363 aa  90.5  5e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.55 
 
 		 397 aa  90.1  5e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0003  DNA replication and repair protein RecF  23.37 
 
 		 357 aa  90.1  5e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167718  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  25 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0012  recombination protein F  28.01 
 
 		 367 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000250595 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  27.49 
 
 		 352 aa  89  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  23.74 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  25 
 
 		 369 aa  89  1e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0003  recombination protein F  28.01 
 
 		 367 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.113705  normal  0.121048 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0003  recombination protein F  23.82 
 
 		 360 aa  89  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0130388  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  19.89 
 
 		 362 aa  88.6  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  25.8 
 
 		 367 aa  87.8  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  23.75 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2505  recombination protein F  25.8 
 
 		 363 aa  88.2  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0488541  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  23.75 
 
 		 360 aa  88.2  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  24.05 
 
 		 359 aa  88.6  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>