More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1833 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_1833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
263 aa  531  1e-150  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.50771  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  82.51 
 
 
263 aa  451  1.0000000000000001e-126  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2473  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.42 
 
 
256 aa  253  2.0000000000000002e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.4 
 
 
252 aa  191  1e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3027  Short-chain dehydrogenase/reductase  41.09 
 
 
259 aa  186  4e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.730472  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2421  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
259 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0231267 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.23 
 
 
261 aa  181  9.000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.86 
 
 
248 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.25 
 
 
282 aa  180  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2549  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
272 aa  178  8e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2499  short chain dehydrogenase  41.57 
 
 
272 aa  178  8e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.496805  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
258 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3816  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.71 
 
 
253 aa  178  1e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.840312  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
258 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.8 
 
 
258 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0909  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.04 
 
 
244 aa  173  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.271894  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  41.96 
 
 
249 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4047  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.57 
 
 
249 aa  170  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.67 
 
 
251 aa  169  4e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  hitchhiker  0.00700482  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
257 aa  169  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0264  putative short-chain dehydrogenase  38.89 
 
 
262 aa  169  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4222  putative Levodione reductase  40.08 
 
 
257 aa  169  6e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5017  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
252 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.656506  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5843  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
252 aa  168  8e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.163211  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  38.04 
 
 
272 aa  167  1e-40  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  39.22 
 
 
256 aa  167  1e-40  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  37.01 
 
 
255 aa  166  4e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4336  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
252 aa  166  5e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.352293  normal  0.915226 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
256 aa  165  8e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
250 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6823  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
258 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2224  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
251 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.475602  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1835  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.61 
 
 
244 aa  163  3e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.686329  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2377  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.9 
 
 
249 aa  163  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.496864  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
246 aa  162  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1137  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
255 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.420878 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  40.71 
 
 
246 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
252 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.466231  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5272  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
252 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.475195  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0355  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.28 
 
 
263 aa  162  7e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000760103 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6656  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
249 aa  162  7e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.790867  normal  0.270985 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
255 aa  161  9e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5463  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.34 
 
 
251 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.230582  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.74 
 
 
252 aa  160  1e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.166139  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.74 
 
 
251 aa  161  1e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.439576 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.06 
 
 
257 aa  160  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0373  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.74 
 
 
272 aa  160  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2283  putative Short-chain dehydrogenase/reductase  41.43 
 
 
251 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.890359 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3036  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
252 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0329583  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.92 
 
 
246 aa  160  2e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2307  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.13 
 
 
247 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02320  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
254 aa  160  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.278607  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5080  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
252 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1946  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.19 
 
 
262 aa  159  4e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
252 aa  159  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2742  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.15 
 
 
246 aa  159  4e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
253 aa  159  5e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
250 aa  159  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117153  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0240  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  37.5 
 
 
261 aa  159  6e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.67492  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2736  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
255 aa  158  7e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.777047  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
252 aa  157  1e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
250 aa  157  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1012  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.31 
 
 
251 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0198691  normal  0.370278 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0991  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  34.78 
 
 
253 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.15 
 
 
255 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1154  7-alpha-hydroxysteroid dehydrogenase  34.39 
 
 
253 aa  156  3e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000294561  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.55 
 
 
249 aa  155  6e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.59 
 
 
254 aa  155  7e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1396  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
253 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6809  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
254 aa  154  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1081  oxidoreductase, putative short-chain alcohol dehydrogenase  38.19 
 
 
253 aa  154  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3096  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.74 
 
 
266 aa  154  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.483374 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
251 aa  154  1e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
255 aa  154  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.233538  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5100  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR family protein  35.91 
 
 
261 aa  154  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.917841  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
246 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00235885 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4194  short chain dehydrogenase  36.11 
 
 
253 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.896625 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1510  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
258 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.623129  normal  0.55267 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2285  acetoacetyl-CoA reductase  36.33 
 
 
255 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00853533 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2863  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.62 
 
 
248 aa  153  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.16 
 
 
250 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.75 
 
 
261 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
253 aa  153  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
252 aa  153  2e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000391653  normal  0.106705 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  36.33 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
253 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.52 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3260  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
255 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00276657  normal  0.102342 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  35.04 
 
 
253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1274  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.22 
 
 
251 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.062755  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2647  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.58 
 
 
252 aa  152  7e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000389723  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1138  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.1 
 
 
246 aa  152  7e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.697899  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1323  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.24 
 
 
254 aa  151  8.999999999999999e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2581  short chain dehydrogenase  38.85 
 
 
263 aa  151  8.999999999999999e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.37 
 
 
263 aa  151  1e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3656  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
263 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2562  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
263 aa  151  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2712  short chain dehydrogenase  38.37 
 
 
263 aa  151  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>