More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3353 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_3353  TonB-dependent receptor plug  100 
 
 		 736 aa  1478    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130298  normal  0.417052 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1125  TonB-dependent receptor  44.84 
 
 		 709 aa  530  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1426  TonB-dependent receptor  42.49 
 
 		 720 aa  515  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.51849  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2926  TonB-dependent receptor  41.46 
 
 		 715 aa  503  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000198793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1076  iron transporter  43.2 
 
 		 743 aa  491  1e-137  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.337763 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1705  probable TonB-dependent receptor yncD  40.42 
 
 		 706 aa  486  1e-136  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.714131  normal  0.179613 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1754  TonB-dependent receptor YncD  40.08 
 
 		 721 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.460893  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1766  TonB-dependent receptor yncD  40.14 
 
 		 706 aa  482  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1573  probable TonB-dependent receptor yncD  40.28 
 
 		 706 aa  484  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000253157  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1702  putative TonB-dependent receptor yncD  40.08 
 
 		 706 aa  483  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.770108  normal  0.940102 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1538  TonB-dependent receptor  39.32 
 
 		 700 aa  479  1e-134  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1044  TonB-dependent receptor:TonB box, N-terminal  39.68 
 
 		 726 aa  480  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2208  TonB-dependent receptor  39.32 
 
 		 700 aa  479  1e-134  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.346262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2057  TonB-dependent receptor  38.98 
 
 		 700 aa  476  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.980298  hitchhiker  0.0003174 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1632  TonB-dependent receptor  38.98 
 
 		 700 aa  476  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01408  predicted iron outer membrane transporter  38.76 
 
 		 700 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2195  TonB-dependent receptor  38.84 
 
 		 700 aa  475  1e-132  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0192314  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1720  TonB-dependent receptor  38.98 
 
 		 700 aa  475  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201404 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01419  hypothetical protein  38.76 
 
 		 700 aa  473  1e-132  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1723  TonB-dependent receptor  38.84 
 
 		 700 aa  475  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2869  TonB-dependent receptor  41.38 
 
 		 742 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0872507  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2099  TonB-dependent siderophore receptor  40.41 
 
 		 728 aa  470  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0104822  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03467  TonB-dependent outer membrane Receptor  42.4 
 
 		 712 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2952  putative lipoprotein  39.59 
 
 		 710 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.130559  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34990  putative TonB-dependent receptor  39.16 
 
 		 706 aa  457  1e-127  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.275223  normal  0.836539 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3519  TonB-dependent siderophore receptor  38.94 
 
 		 681 aa  449  1e-125  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.302801  normal  0.288365 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2570  TonB-dependent receptor  39.86 
 
 		 694 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00469469  hitchhiker  0.000000281684 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1826  TonB-dependent receptor  40.8 
 
 		 723 aa  437  1e-121  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0022  TonB-dependent receptor  42.18 
 
 		 697 aa  428  1e-118  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000255766 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3005  TonB-dependent receptor  38.47 
 
 		 705 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4866  TonB-dependent receptor  38.42 
 
 		 731 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2301  TonB-dependent receptor  34.24 
 
 		 706 aa  369  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.216228 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2598  TonB-dependent receptor  40.91 
 
 		 723 aa  372  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00053771  normal  0.180731 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2795  TonB-dependent receptor  31.02 
 
 		 701 aa  300  9e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0241  TonB-dependent receptor  31.23 
 
 		 675 aa  261  5.0000000000000005e-68  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.571494  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0021  TonB-dependent receptor  31.24 
 
 		 705 aa  256  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.225049 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1061  TonB-dependent receptor, plug  30.92 
 
 		 691 aa  239  2e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0094  TonB-dependent receptor  30.99 
 
 		 678 aa  236  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0917922  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2728  TonB-dependent receptor  28.14 
 
 		 688 aa  233  8.000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.811385  normal  0.575129 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2188  TonB-dependent receptor  29.94 
 
 		 680 aa  196  2e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2019  TonB-dependent receptor  23.55 
 
 		 742 aa  100  7e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.850916  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2201  TonB-dependent receptor  22.82 
 
 		 736 aa  99.8  2e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.407628  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2498  TonB-dependent receptor  23.29 
 
 		 770 aa  95.5  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.111731 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1372  TonB-dependent receptor plug  20.09 
 
 		 701 aa  94.4  7e-18  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000623394  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1763  TonB-dependent receptor plug  23.48 
 
 		 703 aa  94  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0187171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1868  TonB-dependent receptor  22.61 
 
 		 734 aa  94  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.155376  normal  0.191225 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3709  TonB-dependent receptor  22.82 
 
 		 681 aa  92.8  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5609  putative TonB-dependent receptor protein  23.3 
 
 		 727 aa  92.8  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232583  normal  0.195075 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3552  TonB-dependent receptor  22.06 
 
 		 737 aa  89  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0127436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4484  TonB-dependent receptor  22.19 
 
 		 726 aa  89  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.429644  normal  0.265878 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22830  TonB-dependent receptor  24.6 
 
 		 678 aa  86.7  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0688062  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2477  TonB-dependent receptor  25.36 
 
 		 681 aa  85.5  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1468  TonB-dependent receptor  23.09 
 
 		 682 aa  84.7  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5774  TonB-dependent receptor plug  21.94 
 
 		 690 aa  83.6  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.872771  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12568  probable TonB-dependent receptor YncD precursor  20.52 
 
 		 762 aa  80.5  0.0000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2473  putative TonB-dependent siderophore receptor  24.92 
 
 		 788 aa  80.1  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0865  TonB-dependent receptor  24.88 
 
 		 700 aa  79.3  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0848071  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6067  TonB-dependent receptor  23.87 
 
 		 716 aa  79.3  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.341799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5971  TonB-dependent receptor  27.14 
 
 		 801 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.900301  normal  0.0108971 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5156  TonB-dependent receptor  26.6 
 
 		 777 aa  77.8  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1449  TonB-dependent receptor  24.81 
 
 		 740 aa  77.8  0.0000000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.389596 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1512  TonB-dependent receptor  23.5 
 
 		 782 aa  77.4  0.0000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.116652 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3034  TonB-dependent receptor  25 
 
 		 741 aa  76.6  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0831829  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3243  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 777 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00716389  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5125  TonB-dependent receptor  26.26 
 
 		 777 aa  76.6  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4246  TonB-dependent receptor  23.49 
 
 		 698 aa  76.6  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286559  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1567  TonB-dependent receptor  20.75 
 
 		 780 aa  76.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615105  normal  0.74927 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0733  tonB-dependent receptor  22.59 
 
 		 680 aa  76.6  0.000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4565  TonB-dependent receptor  22.04 
 
 		 733 aa  75.5  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.372815  normal  0.147883 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3065  TonB-dependent receptor  23.12 
 
 		 786 aa  75.1  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.935063  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3149  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 785 aa  74.3  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4534  putative TonB-dependent receptor protein  22.88 
 
 		 797 aa  73.6  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.38874  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0732  TonB-dependent receptor  20.8 
 
 		 688 aa  73.9  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.244967  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0808  TonB-dependent receptor  22.77 
 
 		 714 aa  72.8  0.00000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.131492 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1302  TonB-dependent receptor  24.38 
 
 		 702 aa  72.8  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.220115  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4581  TonB-dependent receptor  23.74 
 
 		 718 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0940  TonB-dependent receptor  23.82 
 
 		 706 aa  69.7  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2704  TonB-dependent receptor  22.31 
 
 		 700 aa  70.1  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43940  TonB-dependent receptor family  23.88 
 
 		 715 aa  68.2  0.0000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.204907  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0049  TonB-dependent siderophore receptor  24.29 
 
 		 703 aa  67.8  0.0000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.627674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4173  TonB-dependent receptor  23.33 
 
 		 739 aa  67.4  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2902  TonB-dependent receptor  35.25 
 
 		 791 aa  67.4  0.000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.119413 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3149  TonB-dependent receptor  29.87 
 
 		 776 aa  67.4  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0958639  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1657  TonB-dependent receptor  22.97 
 
 		 715 aa  66.6  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.818594 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3048  TonB-dependent receptor  29.44 
 
 		 774 aa  66.2  0.000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.20503  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0836  TonB-dependent receptor  21.65 
 
 		 787 aa  66.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21730  putative TonB-dependent receptor  22.62 
 
 		 721 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2953  TonB-dependent receptor  26.79 
 
 		 700 aa  65.5  0.000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.191776  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2924  TonB-dependent receptor  29.82 
 
 		 776 aa  65.9  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.753718  normal  0.115907 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1382  TonB-dependent receptor  23.4 
 
 		 717 aa  64.7  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.530841  hitchhiker  0.000808374 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0865  TonB-dependent receptor  25.68 
 
 		 720 aa  65.1  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0447976  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1025  TonB-dependent receptor  35 
 
 		 791 aa  65.1  0.000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2786  TonB-dependent receptor  24.23 
 
 		 644 aa  64.7  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.934768  normal  0.0544871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1853  TonB-dependent receptor  23.03 
 
 		 721 aa  64.7  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.80471  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1728  TonB-dependent receptor  26.03 
 
 		 690 aa  64.3  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.322796  normal  0.420828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4137  outer membrane siderophore receptor, putative  25.39 
 
 		 690 aa  64.3  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09350  TonB-dependent siderophore receptor  22.49 
 
 		 704 aa  64.3  0.000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1537  TonB-dependent receptor  23.18 
 
 		 593 aa  62  0.00000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00891985  normal  0.735799 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1856  TonB-dependent receptor  24.92 
 
 		 688 aa  60.8  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.405305  normal  0.0244044 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0750  TonB-dependent receptor  20.06 
 
 		 690 aa  60.1  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.921398  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>