More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0904 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0904  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 		 445 aa  879    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000019832  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0536  protein-export membrane protein SecD  50.22 
 
 		 441 aa  407  1.0000000000000001e-112  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.0000000245038  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0716  SecD/SecF family protein-export membrane protein  42.01 
 
 		 734 aa  289  5.0000000000000004e-77  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000203356  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0625  preprotein translocase subunit SecD  40 
 
 		 415 aa  287  2e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000418015  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1908  preprotein translocase subunit SecD  37.75 
 
 		 419 aa  284  3.0000000000000004e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.154062  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2197  preprotein translocase subunit SecD  37.75 
 
 		 419 aa  283  4.0000000000000003e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1272  preprotein translocase subunit SecD  37.92 
 
 		 411 aa  265  1e-69  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  40 
 
 		 413 aa  265  1e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000293049  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3618  protein-export membrane protein SecD  39.21 
 
 		 735 aa  263  4e-69  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000114723  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1691  protein-export membrane protein SecD  39.51 
 
 		 461 aa  251  2e-65  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0199339  normal  0.405053 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  37.91 
 
 		 416 aa  248  1e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000301062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1462  preprotein translocase subunit SecD  37.33 
 
 		 411 aa  245  9.999999999999999e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000572302  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  39.01 
 
 		 406 aa  239  9e-62  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  36.97 
 
 		 410 aa  238  2e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12260  protein-export membrane protein SecD  36.79 
 
 		 403 aa  238  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000764404  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  34.71 
 
 		 461 aa  233  4.0000000000000004e-60  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1285  protein-export membrane protein SecD  37.77 
 
 		 423 aa  227  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0952765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.43 
 
 		 849 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.83 
 
 		 848 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1604  protein-export membrane protein SecD  36.57 
 
 		 399 aa  226  7e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0444022  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  39.47 
 
 		 533 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  39.65 
 
 		 533 aa  225  1e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  37.75 
 
 		 530 aa  224  2e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  39.36 
 
 		 532 aa  223  4e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  39.13 
 
 		 533 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  38.15 
 
 		 533 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  34.91 
 
 		 403 aa  223  6e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000290493  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1028  preprotein translocase subunit SecD  32.11 
 
 		 471 aa  222  9e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  39.71 
 
 		 534 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  38.39 
 
 		 531 aa  222  9.999999999999999e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  33.26 
 
 		 464 aa  221  1.9999999999999999e-56  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  35.16 
 
 		 474 aa  220  3e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  39.01 
 
 		 530 aa  219  7.999999999999999e-56  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  40.55 
 
 		 533 aa  219  8.999999999999998e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5128  preprotein translocase subunit SecD  32.52 
 
 		 464 aa  218  2e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.473691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  39.18 
 
 		 533 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  33.04 
 
 		 470 aa  217  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  33.04 
 
 		 470 aa  217  4e-55  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  40.73 
 
 		 533 aa  216  5e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  37.98 
 
 		 532 aa  216  5.9999999999999996e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  36.39 
 
 		 533 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  37.14 
 
 		 532 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  34.51 
 
 		 740 aa  214  2.9999999999999995e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000674169 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  36.86 
 
 		 532 aa  213  7e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  37.78 
 
 		 533 aa  212  1e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1936  protein-export membrane protein SecD  34.62 
 
 		 759 aa  212  1e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.609116  hitchhiker  0.000000107208 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1116  protein-export membrane protein SecD  34 
 
 		 472 aa  212  1e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.887298  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  39.77 
 
 		 532 aa  211  3e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  37.18 
 
 		 530 aa  211  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  40.23 
 
 		 533 aa  211  3e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  37.97 
 
 		 534 aa  211  3e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  35.04 
 
 		 594 aa  210  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  35.04 
 
 		 594 aa  210  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.36 
 
 		 856 aa  207  3e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  39.49 
 
 		 533 aa  206  5e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  38.02 
 
 		 554 aa  206  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  33.18 
 
 		 470 aa  206  7e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  37.57 
 
 		 554 aa  204  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07161  preprotein translocase subunit SecD  31.4 
 
 		 489 aa  204  2e-51  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.145798 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1239  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.74 
 
 		 762 aa  204  2e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.194675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0728  preprotein translocase subunit SecD  36.25 
 
 		 529 aa  204  2e-51  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.347162  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  35.04 
 
 		 531 aa  204  3e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  36.93 
 
 		 524 aa  202  8e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000311445  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.18 
 
 		 839 aa  202  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  36.77 
 
 		 525 aa  202  9.999999999999999e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3982  protein-export membrane protein SecD  31.38 
 
 		 468 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.728055 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  37.17 
 
 		 556 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  39.78 
 
 		 532 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3326  protein-export membrane protein SecD  31.42 
 
 		 474 aa  201  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0079  protein-export membrane protein SecD  40.88 
 
 		 515 aa  200  3.9999999999999996e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  35.29 
 
 		 512 aa  200  5e-50  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1048  preprotein translocase subunit SecD  36.78 
 
 		 526 aa  200  5e-50  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  36.29 
 
 		 554 aa  199  6e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  36.74 
 
 		 554 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  36.74 
 
 		 554 aa  199  6e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2102  protein-export membrane protein SecD  31.19 
 
 		 433 aa  199  7e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.459213  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1455  protein-export membrane protein SecD  41.43 
 
 		 622 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.202191  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0476  preprotein translocase subunit SecD  41.99 
 
 		 526 aa  198  1.0000000000000001e-49  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0071  preprotein translocase subunit SecD  37.08 
 
 		 510 aa  199  1.0000000000000001e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  36.89 
 
 		 551 aa  199  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  35.93 
 
 		 533 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1929  preprotein translocase subunit SecD  35.42 
 
 		 526 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.991559  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0067  protein-export membrane protein SecD  35.04 
 
 		 465 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0707  preprotein translocase subunit SecD  40.78 
 
 		 521 aa  197  3e-49  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.907979  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  33.69 
 
 		 537 aa  197  3e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  36.01 
 
 		 457 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1340  protein-export membrane protein SecD  32.59 
 
 		 474 aa  196  1e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  36.05 
 
 		 535 aa  195  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.6 
 
 		 853 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  32.96 
 
 		 843 aa  195  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0067  protein-export membrane protein SecD  34.82 
 
 		 465 aa  194  2e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  34.9 
 
 		 856 aa  193  5e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  34.04 
 
 		 534 aa  192  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  35.44 
 
 		 532 aa  192  1e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  35.44 
 
 		 532 aa  192  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  34.04 
 
 		 534 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1236  preprotein translocase subunit SecD  34.89 
 
 		 526 aa  191  2e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.543695  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2396  protein-export membrane protein SecD  38.04 
 
 		 637 aa  191  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.564509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1111  preprotein translocase subunit SecD  34.89 
 
 		 526 aa  191  2e-47  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.789718  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  33.73 
 
 		 534 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>