More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_5820 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 		 358 aa  719    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  62.85 
 
 		 359 aa  440  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  62.15 
 
 		 348 aa  409  1e-113  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  58.82 
 
 		 354 aa  406  1.0000000000000001e-112  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  59.05 
 
 		 365 aa  402  1e-111  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  60.51 
 
 		 353 aa  397  1e-109  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  60.51 
 
 		 353 aa  397  1e-109  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  57.75 
 
 		 358 aa  397  1e-109  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  60.51 
 
 		 353 aa  398  1e-109  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  58.13 
 
 		 357 aa  392  1e-108  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  58.33 
 
 		 369 aa  388  1e-107  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  60.34 
 
 		 346 aa  388  1e-106  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  58.07 
 
 		 366 aa  382  1e-105  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  61.05 
 
 		 360 aa  384  1e-105  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  56.9 
 
 		 369 aa  378  1e-104  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  54.31 
 
 		 408 aa  370  1e-101  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  57.14 
 
 		 363 aa  367  1e-100  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  59.32 
 
 		 352 aa  366  1e-100  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  54.77 
 
 		 369 aa  353  2.9999999999999997e-96  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  53.87 
 
 		 360 aa  349  3e-95  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  54.5 
 
 		 366 aa  348  7e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  54.93 
 
 		 374 aa  346  3e-94  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  54.24 
 
 		 361 aa  341  1e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  54.44 
 
 		 371 aa  336  2.9999999999999997e-91  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  53.01 
 
 		 390 aa  330  2e-89  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  52.37 
 
 		 358 aa  324  1e-87  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  52.91 
 
 		 353 aa  323  3e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  54.06 
 
 		 350 aa  320  1.9999999999999998e-86  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  48.62 
 
 		 346 aa  309  5e-83  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  48.77 
 
 		 353 aa  301  1e-80  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  48.77 
 
 		 353 aa  301  1e-80  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  46.42 
 
 		 374 aa  295  8e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  45.88 
 
 		 351 aa  286  5e-76  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  45.8 
 
 		 359 aa  285  8e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  46.55 
 
 		 345 aa  279  5e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  45.38 
 
 		 339 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  45.33 
 
 		 365 aa  276  4e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  44.31 
 
 		 355 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  45.56 
 
 		 341 aa  271  1e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  46.26 
 
 		 342 aa  270  4e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  47.43 
 
 		 311 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  44.06 
 
 		 337 aa  260  3e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  46.74 
 
 		 366 aa  247  3e-64  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  41.81 
 
 		 341 aa  246  4e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  44.44 
 
 		 314 aa  237  2e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  43.66 
 
 		 341 aa  208  2e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  43.64 
 
 		 341 aa  205  1e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  43.03 
 
 		 341 aa  200  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  33.04 
 
 		 344 aa  155  7e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  35.14 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  37.17 
 
 		 337 aa  143  4e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  37.24 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  29.71 
 
 		 608 aa  121  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  31.99 
 
 		 320 aa  119  7e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  30.37 
 
 		 847 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1702  DNA ligase D  30.06 
 
 		 877 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.170827  hitchhiker  0.00786599 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  35.17 
 
 		 436 aa  112  8.000000000000001e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.83 
 
 		 495 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  28.92 
 
 		 902 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  32.73 
 
 		 321 aa  108  1e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  29.68 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.75 
 
 		 582 aa  107  4e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1235  ATP dependent DNA ligase  34.46 
 
 		 311 aa  107  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.898519  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0998  DNA ligase D  31.44 
 
 		 861 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  30.7 
 
 		 766 aa  103  6e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  28.81 
 
 		 865 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07110  ATP-dependent DNA ligase  32.94 
 
 		 847 aa  101  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03420  ATP dependent DNA ligase  25.39 
 
 		 285 aa  101  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  32.18 
 
 		 825 aa  100  3e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  0.00000000359668 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5528  DNA ligase (ATP)  33.09 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.418116  normal  0.413759 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5930  DNA ligase (ATP)  33.09 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.030161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  29.84 
 
 		 603 aa  98.6  1e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7782  putative ATP-dependent DNA ligase  29.71 
 
 		 351 aa  98.2  2e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.089551  normal  0.119022 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.46 
 
 		 311 aa  97.1  5e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4915  ATP-dependent DNA ligase  29.85 
 
 		 763 aa  96.7  6e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.735483  normal  0.531274 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  28.09 
 
 		 646 aa  96.3  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  33.33 
 
 		 376 aa  96.3  8e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  30.34 
 
 		 343 aa  95.9  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  31.1 
 
 		 656 aa  95.5  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  29.81 
 
 		 863 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4732  ATP-dependent DNA ligase  31.01 
 
 		 758 aa  94.4  3e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.333349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  28.17 
 
 		 583 aa  94  4e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  30.75 
 
 		 358 aa  92.8  8e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  30.59 
 
 		 831 aa  92  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  30.77 
 
 		 759 aa  92  2e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3968  ATP dependent DNA ligase  34.16 
 
 		 312 aa  91.7  2e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.697199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0520  ATP-dependent DNA ligase  33.52 
 
 		 828 aa  92  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6876  ATP dependent DNA ligase  30.03 
 
 		 343 aa  90.1  5e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747253  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1649  ATP dependent DNA ligase  28.94 
 
 		 314 aa  90.1  6e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4352  ATP-dependent DNA ligase  30.52 
 
 		 758 aa  90.1  6e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4438  ATP-dependent DNA ligase  30.52 
 
 		 758 aa  90.1  6e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.0862477 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0568  DNA ligase D  25.76 
 
 		 818 aa  89.7  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000109107  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  29.49 
 
 		 867 aa  89.4  8e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3452  ATP dependent DNA ligase  30.3 
 
 		 534 aa  89  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  31.47 
 
 		 343 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  23.96 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  32.35 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  30.47 
 
 		 477 aa  87.4  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3330  DNA ligase D  30.18 
 
 		 896 aa  87.8  3e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.580871  normal  0.138663 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  32.28 
 
 		 328 aa  87  5e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>