96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CCV52592_1225 on replicon NC_009715
Organism: Campylobacter curvus 525.92



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009715  CCV52592_1225  DNA ligase  100 
 
 
302 aa  618  1e-176  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0877468  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0465  DNA ligase  62.59 
 
 
275 aa  338  7e-92  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.51001  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1395  DNA ligase  54.47 
 
 
272 aa  279  3e-74  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.168291  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0782  DNA ligase  53.33 
 
 
275 aa  276  4e-73  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.200091  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1796  DNA ligase (ATP)  51.76 
 
 
271 aa  265  5e-70  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1324  DNA ligase  48.63 
 
 
269 aa  252  7e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0584  DNA ligase  48.82 
 
 
272 aa  247  2e-64  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  2.50691e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0036  DNA ligase  46.42 
 
 
312 aa  238  7e-62  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1672  DNA ligase  45.05 
 
 
266 aa  228  1e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2043  DNA ligase  42.22 
 
 
282 aa  218  1e-55  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  1.83031e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1665  DNA ligase  41.85 
 
 
282 aa  216  3e-55  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1841  DNA ligase  41.85 
 
 
282 aa  216  4e-55  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.867286  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3695  DNA ligase  41.33 
 
 
295 aa  215  8e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2401  DNA ligase  41.67 
 
 
304 aa  213  2e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.980486 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1359  DNA ligase  41.43 
 
 
290 aa  214  2e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1235  DNA ligase  42.62 
 
 
279 aa  209  5e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2639  DNA ligase  43.98 
 
 
281 aa  208  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00943925  normal  0.0523485 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1148  DNA ligase  42.68 
 
 
282 aa  206  3e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.269751  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2268  DNA ligase  40.98 
 
 
302 aa  206  4e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.819174  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0077  DNA ligase  40.08 
 
 
298 aa  204  2e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.285949  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0073  DNA ligase  43.51 
 
 
279 aa  204  2e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.555561  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2191  DNA ligase  40.57 
 
 
302 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.163072  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1990  DNA ligase  41.94 
 
 
288 aa  202  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542431 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1748  DNA ligase  42.45 
 
 
309 aa  200  2e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2204  DNA ligase  39.92 
 
 
311 aa  199  3e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003526  ATP-dependent DNA ligase  42.21 
 
 
281 aa  198  8e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1484  DNA ligase  42.56 
 
 
282 aa  198  1e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.159526  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1436  DNA ligase  41.63 
 
 
298 aa  197  2e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2739  DNA ligase  40.65 
 
 
283 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4404  DNA ligase  40.24 
 
 
292 aa  196  4e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2439  DNA ligase  39.76 
 
 
309 aa  196  5e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.488176  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3497  DNA ligase  40.24 
 
 
337 aa  196  5e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1886  DNA ligase  39.92 
 
 
315 aa  195  9e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  normal  0.840695 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1838  DNA ligase  39.92 
 
 
315 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00105408  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2511  DNA ligase  41.32 
 
 
291 aa  193  2e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1852  DNA ligase  39.37 
 
 
315 aa  192  5e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0107738  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0812  DNA ligase  37.5 
 
 
306 aa  191  1e-47  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.35337  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1587  DNA ligase  40.96 
 
 
270 aa  190  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  normal  0.257911 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03421  DNA ligase  38.66 
 
 
317 aa  191  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1366  DNA ligase  37.94 
 
 
284 aa  190  2e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.332373  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2019  DNA ligase  39.83 
 
 
295 aa  190  2e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2712  DNA ligase  39.67 
 
 
303 aa  188  1e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0226859 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2251  DNA ligase  41.8 
 
 
375 aa  187  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2416  DNA ligase  38.4 
 
 
306 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1157  DNA ligase  40.08 
 
 
279 aa  185  7e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00148017  normal  0.132142 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2761  DNA ligase  41.8 
 
 
326 aa  184  2e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2369  DNA ligase  37.25 
 
 
279 aa  171  9e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.815308  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1995  DNA ligase  37.66 
 
 
282 aa  166  5e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0244293  normal  0.371724 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18701  ATP-dependent DNA ligase  27.62 
 
 
412 aa  65.1  1e-09  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0448  ATP-dependent DNA ligase  29.61 
 
 
866 aa  64.3  3e-09  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1648  PBCV-1 DNA ligase  27.56 
 
 
306 aa  63.2  5e-09  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.176774  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1899  DNA ligase (ATP)  29.27 
 
 
568 aa  59.7  7e-08  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.812103  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1534  DNA ligase, ATP-dependent  28.85 
 
 
432 aa  58.5  1e-07  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  1.20841e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18891  ATP-dependent DNA ligase  28.21 
 
 
437 aa  57.8  2e-07  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.986725  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18701  ATP-dependent DNA ligase  28.72 
 
 
437 aa  58.2  2e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.570895  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1772  ATP-dependent DNA ligase  28.45 
 
 
437 aa  57.4  3e-07  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0844  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.72 
 
 
552 aa  56.6  5e-07  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0357397  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  25 
 
 
825 aa  52  1e-05  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  3.59668e-09 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1115  ATP-dependent DNA ligase  29.66 
 
 
584 aa  52  1e-05  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.41546 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2723  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.87 
 
 
553 aa  50.8  3e-05  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.663376 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0068  ATP-dependent DNA ligase  29.73 
 
 
584 aa  50.8  3e-05  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  decreased coverage  0.00333872  normal  0.197829 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1780  ATP-dependent DNA ligase  39.71 
 
 
520 aa  50.4  4e-05  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.161511  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1799  ATP-dependent DNA ligase  39.71 
 
 
520 aa  50.4  4e-05  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.07397  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1846  ATP-dependent DNA ligase  39.71 
 
 
520 aa  50.4  4e-05  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.297739  normal  0.661172 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0076  ATP-dependent DNA ligase  29.73 
 
 
584 aa  49.7  5e-05  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.101904  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1088  DNA ligase I, ATP-dependent (dnl1)  30.97 
 
 
567 aa  50.1  5e-05  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  26.18 
 
 
863 aa  49.3  7e-05  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  26.92 
 
 
831 aa  49.3  8e-05  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1400  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  29.22 
 
 
583 aa  48.5  0.0001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2025  ATP-dependent DNA ligase  29.52 
 
 
534 aa  48.5  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.189008  normal  0.878138 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  24.92 
 
 
847 aa  48.5  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2156  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.68 
 
 
550 aa  48.9  0.0001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.521071  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4160  ATP-dependent DNA ligase  30.6 
 
 
513 aa  47.8  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.145262  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5341  ATP-dependent DNA ligase  27.67 
 
 
881 aa  47.8  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0581605 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4290  ATP-dependent DNA ligase  29.09 
 
 
513 aa  47  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4312  ATP-dependent DNA ligase  30.85 
 
 
513 aa  46.6  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  28.93 
 
 
374 aa  46.2  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3685  ATP-dependent DNA ligase  28.43 
 
 
911 aa  45.8  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.865038  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0039  ATP-dependent DNA ligase  29.63 
 
 
583 aa  45.8  0.0009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2635  ATP-dependent DNA ligase  25.86 
 
 
833 aa  45.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232561  normal  0.576376 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0427  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  30.91 
 
 
531 aa  45.4  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0933  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  32.89 
 
 
522 aa  44.3  0.002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.399541  normal  0.755434 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1695  ATP dependent DNA ligase  25.11 
 
 
843 aa  45.1  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.616199  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5638  ATP-dependent DNA ligase  26.11 
 
 
882 aa  44.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1876  ATP-dependent DNA ligase  27.83 
 
 
914 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.907588  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0780  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  23.66 
 
 
582 aa  44.7  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0750  ATP-dependent DNA ligase  26.75 
 
 
601 aa  45.1  0.002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1124  ATP-dependent DNA ligase  28.06 
 
 
603 aa  44.7  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000816424  normal  0.578001 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2642  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  31.58 
 
 
592 aa  43.5  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.750554  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1218  ATP dependent DNA ligase  28.93 
 
 
846 aa  43.5  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.257773 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2135  DNA ligase D  24.71 
 
 
815 aa  43.1  0.006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1037  DNA ligase I, ATP-dependent Dnl1  26.28 
 
 
588 aa  42.7  0.007  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  27.39 
 
 
351 aa  42.7  0.008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  37.33 
 
 
321 aa  42.7  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0266  hypothetical protein  28.81 
 
 
455 aa  42.4  0.009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00186221 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  34.52 
 
 
865 aa  42.4  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>