More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_0092 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_0092  ATP-dependent DNA ligase  100 
 
 
337 aa  689  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.70122  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3905  ATP-dependent DNA ligase  69 
 
 
341 aa  463  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.603635  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4139  ATP-dependent DNA ligase  63.05 
 
 
345 aa  415  1e-115  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.141782  normal  0.306207 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3429  ATP-dependent DNA ligase  57.06 
 
 
374 aa  365  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2700  ATP-dependent DNA ligase  55.06 
 
 
365 aa  367  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.219093  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3719  ATP-dependent DNA ligase  56.57 
 
 
341 aa  360  2e-98  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0581582 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4122  ATP-dependent DNA ligase  54.6 
 
 
355 aa  351  1e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.582664  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5212  ATP-dependent DNA ligase  53.21 
 
 
339 aa  345  7e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.240793 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0864  ATP-dependent DNA ligase  53.21 
 
 
341 aa  313  2e-84  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.237895  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0816  ATP-dependent DNA ligase  53.52 
 
 
341 aa  313  3e-84  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0868  ATP-dependent DNA ligase  52.91 
 
 
341 aa  310  2e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4038  ATP-dependent DNA ligase  44.83 
 
 
365 aa  266  3e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1546  ATP-dependent DNA ligase  44.51 
 
 
369 aa  264  2e-69  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.290467 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1489  ATP-dependent DNA ligase  44.8 
 
 
369 aa  261  1e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000199621 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1376  ATP-dependent DNA ligase  44.93 
 
 
360 aa  259  6e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.165882  normal  0.400562 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5820  ATP-dependent DNA ligase  44.06 
 
 
358 aa  258  1e-67  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.846497  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1254  ATP-dependent DNA ligase  44.48 
 
 
366 aa  256  4e-67  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.351593  hitchhiker  0.000397091 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1585  ATP-dependent DNA ligase  45.4 
 
 
350 aa  256  5e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.143721  normal  0.0720309 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1947  ATP dependent DNA ligase  40.97 
 
 
359 aa  254  1e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314114  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5554  ATP dependent DNA ligase  45.68 
 
 
314 aa  254  1e-66  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.71197  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0415  ATP dependent DNA ligase  43.75 
 
 
346 aa  254  2e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5549  ATP-dependent DNA ligase  44.64 
 
 
360 aa  253  3e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.480302  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6710  ATP-dependent DNA ligase  41.84 
 
 
346 aa  253  3e-66  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00369161  normal  0.292979 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3859  ATP-dependent DNA ligase  42.86 
 
 
357 aa  253  5e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4939  ATP-dependent DNA ligase  43.27 
 
 
353 aa  252  7e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5027  ATP-dependent DNA ligase  43.27 
 
 
353 aa  252  7e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5320  ATP-dependent DNA ligase  42.98 
 
 
353 aa  250  3e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1252  ATP dependent DNA ligase  43.8 
 
 
348 aa  243  3e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.804327  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13763  ATP-dependent DNA ligase  41.98 
 
 
358 aa  243  4e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.872341 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5005  ATP-dependent DNA ligase  44.89 
 
 
353 aa  243  4e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.142668  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4916  ATP-dependent DNA ligase  44.89 
 
 
353 aa  243  4e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0422666  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1273  ATP-dependent DNA ligase  44.41 
 
 
351 aa  241  9e-63  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.22692 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0826  ATP-dependent DNA ligase  42.9 
 
 
354 aa  241  1e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1579  ATP-dependent DNA ligase  43.66 
 
 
358 aa  241  1e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4083  ATP-dependent DNA ligase  41.76 
 
 
363 aa  238  2e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5543  ATP-dependent DNA ligase  44 
 
 
359 aa  236  3e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1674  ATP dependent DNA ligase  40.46 
 
 
390 aa  236  3e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6355  ATP dependent DNA ligase  41.23 
 
 
361 aa  230  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.915888  normal  0.696639 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0653  ATP-dependent DNA ligase  44.76 
 
 
353 aa  228  1e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.192766 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2256  ATP dependent DNA ligase  46.93 
 
 
352 aa  228  2e-58  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.209492 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4039  ATP dependent DNA ligase  43.75 
 
 
342 aa  218  1e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0480  ATP-dependent DNA ligase  38.99 
 
 
371 aa  217  2e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5284  ATP-dependent DNA ligase  43.23 
 
 
311 aa  216  4e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5866  ATP-dependent DNA ligase  39.71 
 
 
369 aa  214  2e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.884257  normal  0.301201 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0907  ATP-dependent DNA ligase  39.03 
 
 
366 aa  213  3e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5169  ATP-dependent DNA ligase  36.87 
 
 
408 aa  205  9e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00454515  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15600  ATP-dependent DNA ligase  41.76 
 
 
366 aa  205  1e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.138561  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5292  ATP-dependent DNA ligase  39.35 
 
 
374 aa  191  2e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4500  ATP dependent DNA ligase  33.04 
 
 
344 aa  137  3e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2120  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  34.44 
 
 
436 aa  125  8e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0836628  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5248  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  32.03 
 
 
495 aa  117  4e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.19885  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1488  ATP dependent DNA ligase, central  32.37 
 
 
320 aa  109  5e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0832  DNA ligase D  32.33 
 
 
656 aa  108  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0119  ATP dependent DNA ligase  32.5 
 
 
337 aa  107  3e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.262895  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2271  ATP dependent DNA ligase  32.9 
 
 
318 aa  107  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20210  DNA polymerase LigD-like ligase domain-containing protein  30.09 
 
 
376 aa  104  3e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0459497  normal  0.30843 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1729  DNA ligase D  28.74 
 
 
813 aa  103  4e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0256122  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34920  DNA ligase D/DNA polymerase LigD  30.89 
 
 
477 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.140848  normal  0.164362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0501  DNA ligase D  32.1 
 
 
863 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.535245  normal  0.0602088 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0939  DNA ligase D  31.15 
 
 
847 aa  102  1e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2002  ATP dependent DNA ligase  29.97 
 
 
316 aa  100  3e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0779  ATP dependent DNA ligase  29.45 
 
 
608 aa  100  4e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.991922  normal  0.120219 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10956  ATP-dependent DNA ligase  31.45 
 
 
759 aa  97.8  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4283  ATP dependent DNA ligase  31.39 
 
 
337 aa  97.1  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.46921 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1828  ATP-dependent DNA ligase  30.15 
 
 
766 aa  96.7  4e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0952  ATP dependent DNA ligase  27.39 
 
 
307 aa  97.1  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1951  DNA ligase D  29.63 
 
 
822 aa  96.3  7e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00524792  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0488  DNA ligase D  31.48 
 
 
867 aa  95.9  9e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.160576  normal  0.373477 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4352  DNA polymerase LigD ligase region  29.15 
 
 
313 aa  95.5  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0832  DNA ligase D  31.92 
 
 
684 aa  95.1  1e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1903  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  31.42 
 
 
311 aa  95.9  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2338  DNA polymerase LigD ligase domain-containing subunit  31.29 
 
 
321 aa  94.7  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.738121  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2519  ATP-dependent DNA ligase  29.32 
 
 
939 aa  94  3e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0653  ATP-dependent DNA ligase  32.18 
 
 
816 aa  94  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6253  DNA polymerase LigD ligase subunit  31.5 
 
 
343 aa  93.6  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0234052  normal  0.998306 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1769  ATP-dependent DNA ligase  31.21 
 
 
918 aa  91.3  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.242945 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4309  DNA polymerase LigD ligase subunit  31.64 
 
 
603 aa  91.3  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0784  ATP dependent DNA ligase  30.57 
 
 
658 aa  90.1  4e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0026  DNA ligase D  29 
 
 
825 aa  90.5  4e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.282762  hitchhiker  3.59668e-09 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0365  DNA ligase D  27.83 
 
 
902 aa  90.1  5e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.215692 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0011  ATP-dependent DNA ligase  29.67 
 
 
864 aa  89.7  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0339968 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0201  DNA polymerase LigD, polymerase domain protein  30.24 
 
 
778 aa  89.4  7e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.173659  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2977  DNA ligase D  28.66 
 
 
845 aa  89  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.246159 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5282  DNA ligase D  26.77 
 
 
658 aa  89  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.889453 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2814  ATP dependent DNA ligase  30.57 
 
 
358 aa  89  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1337  ATP dependent DNA ligase  27.68 
 
 
868 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.402102 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2328  putative ATP-dependent DNA ligase  28.78 
 
 
1001 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0455665  normal  0.455767 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0128  ATP-dependent DNA ligase  28.66 
 
 
831 aa  88.2  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7582  DNA ligase D  30.82 
 
 
651 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.373122 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0128  DNA ligase D  29.19 
 
 
871 aa  88.2  2e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7010  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  29.1 
 
 
350 aa  87.8  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926095  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6989  DNA polymerase LigD, ligase domain protein  28.76 
 
 
354 aa  87  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4716  DNA ligase D  33.33 
 
 
815 aa  87  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.795355  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2679  ATP-dependent DNA ligase  27.08 
 
 
868 aa  86.7  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0109  DNA ligase D  28 
 
 
872 aa  86.3  7e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0363186 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6404  DNA ligase D  28.27 
 
 
646 aa  85.9  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0822092  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1305  DNA polymerase LigD ligase region  31.58 
 
 
343 aa  85.1  1e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0414241  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5557  DNA ligase (ATP)  28.38 
 
 
328 aa  85.1  1e-15  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.756283  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2631  DNA ligase D  27.61 
 
 
865 aa  85.1  1e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0290  ATP-dependent DNA ligase  32.95 
 
 
550 aa  84.7  2e-15  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.664954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>