263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2555 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2555  cobalamin biosynthesis protein CobD  100 
 
 		 327 aa  630  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0881732  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3180  adenosylcobinamide-phosphate synthase  61.62 
 
 		 325 aa  307  2.0000000000000002e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2533  cobalamin biosynthesis protein CobD  63.05 
 
 		 328 aa  298  1e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1545  adenosylcobinamide-phosphate synthase  65.09 
 
 		 342 aa  289  4e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215428  normal  0.112032 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2762  adenosylcobinamide-phosphate synthase  57.1 
 
 		 318 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.861061  normal  0.0751378 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2616  cobalamin biosynthesis protein CobD  59.93 
 
 		 320 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2148  cobalamin biosynthesis protein CobD  53.92 
 
 		 327 aa  264  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.445636  normal  0.0604171 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0965  cobalamin biosynthesis protein CobD  56.84 
 
 		 300 aa  250  3e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2804  cobalamin biosynthesis protein CobD  56.08 
 
 		 364 aa  248  8e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584343  normal  0.747096 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0516  adenosylcobinamide-phosphate synthase  53.79 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.071273  normal  0.0684381 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0645  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.26 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0007  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.13 
 
 		 314 aa  167  2e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1370  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.79 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2090  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.38 
 
 		 331 aa  160  4e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.91 
 
 		 301 aa  159  9e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2321  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.13 
 
 		 306 aa  158  1e-37  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0295  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.55 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1272  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.55 
 
 		 313 aa  155  1e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0859  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.79 
 
 		 278 aa  154  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0252583  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0706  cobalamin biosynthesis protein  30.63 
 
 		 311 aa  154  2e-36  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.380522  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  37.85 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0564  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.73 
 
 		 334 aa  152  8.999999999999999e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0238  cobalamin biosynthesis protein  28.19 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  28.38 
 
 		 306 aa  151  2e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1057  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.81 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  35 
 
 		 336 aa  146  5e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0008  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.07 
 
 		 306 aa  146  6e-34  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0758  cobalamin biosynthesis protein  29.14 
 
 		 306 aa  142  6e-33  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0198  cobalamin biosynthesis protein  29.86 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.797231 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.86 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1138  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.51 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.697499  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.56 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0061  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.25 
 
 		 305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00552046  hitchhiker  0.00179506 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0624  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.82 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.373431  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_956  cobalamin biosynthesis protein  33.55 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.58 
 
 		 323 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2348  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.33 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.910265  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.58 
 
 		 317 aa  135  7.000000000000001e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_002936  DET0246  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.39 
 
 		 318 aa  135  8e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.46 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2229  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.23 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0406571 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_72  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.39 
 
 		 318 aa  134  3e-30  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.84 
 
 		 330 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_002936  DET0654  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.21 
 
 		 308 aa  133  5e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0688  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.21 
 
 		 308 aa  133  5e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.79 
 
 		 311 aa  133  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.76 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_592  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.3 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3454  adenosylcobinamide-phosphate synthase  30.7 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.868099  normal  0.111955 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.72 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  39 
 
 		 330 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.18 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.14 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0967  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.68 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  35.58 
 
 		 301 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0165  cobalamin biosynthesis protein  39.62 
 
 		 303 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.890938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  47.03 
 
 		 316 aa  127  4.0000000000000003e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  37.72 
 
 		 333 aa  126  5e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  38.72 
 
 		 331 aa  125  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.11 
 
 		 323 aa  125  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  37.67 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  36.13 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3137  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.16 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  36.92 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  41.91 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  41.91 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  41.91 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  47.78 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  39.22 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  39.22 
 
 		 307 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  45.71 
 
 		 336 aa  123  5e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1351  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.83 
 
 		 328 aa  123  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  48.07 
 
 		 312 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  48.07 
 
 		 314 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.36 
 
 		 323 aa  123  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  38.18 
 
 		 311 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  38.46 
 
 		 332 aa  122  9e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.09 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  38.21 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  36.16 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  38.87 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1005  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.36 
 
 		 320 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  36.39 
 
 		 331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  36.27 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  35.66 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  36.79 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.48 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  38.91 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.46 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  41.39 
 
 		 314 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  38.6 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0232  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.67 
 
 		 334 aa  119  6e-26  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.700118  normal  0.268973 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  38.83 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  35.76 
 
 		 331 aa  119  6e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.34 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.1 
 
 		 323 aa  119  6e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2495  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.64 
 
 		 328 aa  119  9e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.239005  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  47.83 
 
 		 321 aa  118  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  28.52 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1891  cobalamin biosynthesis protein  34.49 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>