230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_956 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013552  DhcVS_956  cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 
307 aa  624  1e-178  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0967  adenosylcobinamide-phosphate synthase  89.58 
 
 
307 aa  556  1e-157  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1138  cobalamin biosynthesis protein CobD  82.41 
 
 
307 aa  512  1e-144  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.697499  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0624  adenosylcobinamide-phosphate synthase  41.18 
 
 
308 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.373431  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0654  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.52 
 
 
308 aa  248  1e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0688  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.52 
 
 
308 aa  248  1e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_592  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.2 
 
 
308 aa  246  2e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_72  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.26 
 
 
318 aa  244  9e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0246  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.13 
 
 
318 aa  241  1e-62  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.74 
 
 
323 aa  176  5e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0706  cobalamin biosynthesis protein  35.16 
 
 
311 aa  169  5e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.380522  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2090  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.7 
 
 
331 aa  169  6e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1057  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.71 
 
 
309 aa  159  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0238  cobalamin biosynthesis protein  35.4 
 
 
310 aa  157  2e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3454  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.06 
 
 
328 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.868099  normal  0.111955 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.79 
 
 
320 aa  155  8e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.11 
 
 
320 aa  154  2e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0758  cobalamin biosynthesis protein  35.27 
 
 
306 aa  154  2e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  35.34 
 
 
315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  34.93 
 
 
306 aa  151  1e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  34.21 
 
 
315 aa  149  4e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0198  cobalamin biosynthesis protein  35.13 
 
 
306 aa  149  6e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.797231 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2533  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.41 
 
 
328 aa  148  9e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0645  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.16 
 
 
311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0965  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.26 
 
 
300 aa  146  5e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1370  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.12 
 
 
294 aa  146  5e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.56 
 
 
323 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.41 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.22 
 
 
301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0295  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.89 
 
 
316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2148  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.26 
 
 
327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.445636  normal  0.0604171 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1272  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.57 
 
 
313 aa  140  3e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.97 
 
 
311 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.89 
 
 
323 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0007  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.77 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2762  adenosylcobinamide-phosphate synthase  36.86 
 
 
318 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.861061  normal  0.0751378 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.82 
 
 
323 aa  136  4e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.69 
 
 
311 aa  136  5e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.13 
 
 
339 aa  136  6.0000000000000005e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3180  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.91 
 
 
325 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  36.69 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.71 
 
 
318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.23 
 
 
319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2321  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.13 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.05 
 
 
313 aa  133  3e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.99 
 
 
319 aa  133  3e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0859  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.89 
 
 
278 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0252583  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  29.26 
 
 
319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.21 
 
 
313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  31.69 
 
 
336 aa  130  3e-29  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0564  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.38 
 
 
334 aa  130  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  28.94 
 
 
319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  28.94 
 
 
319 aa  129  5.0000000000000004e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.28 
 
 
310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1545  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.74 
 
 
342 aa  129  6e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215428  normal  0.112032 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2616  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.77 
 
 
320 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  28.94 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.11 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  34 
 
 
322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.49 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  32.99 
 
 
317 aa  127  3e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0008  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.44 
 
 
306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  28.87 
 
 
319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.9 
 
 
369 aa  126  5e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2389  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.45 
 
 
357 aa  124  2e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0232  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.23 
 
 
334 aa  124  2e-27  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.700118  normal  0.268973 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.2 
 
 
323 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.16 
 
 
321 aa  124  2e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  32.87 
 
 
303 aa  123  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2555  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.72 
 
 
327 aa  122  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0881732  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  33.33 
 
 
323 aa  122  5e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3127  cobalamin biosynthesis protein  27.33 
 
 
320 aa  122  6e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2363  cobalamin biosynthesis protein  35.86 
 
 
326 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.0402118 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  31.65 
 
 
332 aa  122  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.67 
 
 
319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  33.83 
 
 
324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.44 
 
 
336 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2495  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.51 
 
 
328 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.239005  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.25 
 
 
320 aa  120  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.21 
 
 
317 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  36.6 
 
 
331 aa  120  3e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1351  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.81 
 
 
328 aa  120  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1847  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.36 
 
 
319 aa  120  3e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  31.67 
 
 
325 aa  120  3e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3137  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.03 
 
 
323 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0969  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.83 
 
 
305 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.380612  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  30.99 
 
 
316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.02 
 
 
330 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.8 
 
 
337 aa  119  6e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  30.5 
 
 
314 aa  119  7e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.3 
 
 
323 aa  119  7e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  33.46 
 
 
324 aa  119  9e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  31.65 
 
 
333 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0516  adenosylcobinamide-phosphate synthase  42.14 
 
 
300 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.071273  normal  0.0684381 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  32.59 
 
 
321 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  35.62 
 
 
331 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.79 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2229  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 
310 aa  117  3e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0406571 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  31.58 
 
 
319 aa  117  3e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  31.23 
 
 
319 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>