230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET1138 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET1138  cobalamin biosynthesis protein CobD  100 
 
 
307 aa  623  1e-177  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.697499  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_956  cobalamin biosynthesis protein  82.41 
 
 
307 aa  507  1e-143  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0967  adenosylcobinamide-phosphate synthase  81.11 
 
 
307 aa  504  9.999999999999999e-143  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0624  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.2 
 
 
308 aa  240  2.9999999999999997e-62  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.373431  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0654  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.74 
 
 
308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0688  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.74 
 
 
308 aa  234  1.0000000000000001e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_592  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.54 
 
 
308 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0246  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.58 
 
 
318 aa  233  3e-60  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_72  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.84 
 
 
318 aa  233  3e-60  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.87 
 
 
323 aa  172  7.999999999999999e-42  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0706  cobalamin biosynthesis protein  36.3 
 
 
311 aa  169  7e-41  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.380522  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2090  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.06 
 
 
331 aa  157  3e-37  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  35.76 
 
 
315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  35.07 
 
 
315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.22 
 
 
320 aa  152  1e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3454  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.97 
 
 
328 aa  151  2e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.868099  normal  0.111955 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0238  cobalamin biosynthesis protein  33.7 
 
 
310 aa  150  3e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0758  cobalamin biosynthesis protein  35.05 
 
 
306 aa  149  5e-35  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  36.03 
 
 
306 aa  149  6e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2533  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.65 
 
 
328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1057  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.97 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0198  cobalamin biosynthesis protein  35.71 
 
 
306 aa  147  3e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.797231 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1370  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.22 
 
 
294 aa  147  3e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0965  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.9 
 
 
300 aa  145  6e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0295  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.88 
 
 
316 aa  144  2e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3180  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.6 
 
 
325 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.52 
 
 
319 aa  140  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.27 
 
 
318 aa  138  8.999999999999999e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.47 
 
 
323 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.51 
 
 
301 aa  138  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.32 
 
 
320 aa  138  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.01 
 
 
308 aa  137  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  36.26 
 
 
311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  31.21 
 
 
319 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  30.87 
 
 
319 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2148  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.45 
 
 
327 aa  136  5e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.445636  normal  0.0604171 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0859  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.89 
 
 
278 aa  136  6.0000000000000005e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0252583  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.31 
 
 
311 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3127  cobalamin biosynthesis protein  29.91 
 
 
320 aa  134  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  30.87 
 
 
319 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  30.87 
 
 
319 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0008  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.78 
 
 
306 aa  134  9.999999999999999e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.05 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.07 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  30.87 
 
 
319 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2321  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.12 
 
 
306 aa  133  3e-30  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0007  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.64 
 
 
314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0645  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.6 
 
 
311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.08 
 
 
319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.69 
 
 
323 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  34.04 
 
 
317 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.45 
 
 
318 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  31.06 
 
 
336 aa  128  1.0000000000000001e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1545  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.58 
 
 
342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215428  normal  0.112032 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2762  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.19 
 
 
318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.861061  normal  0.0751378 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.24 
 
 
322 aa  126  4.0000000000000003e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.88 
 
 
319 aa  126  5e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.14 
 
 
313 aa  125  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1441  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.34 
 
 
329 aa  124  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.8 
 
 
339 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2555  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.22 
 
 
327 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0881732  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0969  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.21 
 
 
305 aa  123  3e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.380612  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2389  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.93 
 
 
357 aa  123  3e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1272  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.66 
 
 
313 aa  123  4e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0564  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.42 
 
 
334 aa  123  4e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.42 
 
 
317 aa  122  6e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.55 
 
 
320 aa  122  8e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  32.43 
 
 
323 aa  122  8e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.95 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.46 
 
 
336 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.53 
 
 
321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.8 
 
 
330 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.72 
 
 
337 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  38.65 
 
 
324 aa  119  6e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0516  adenosylcobinamide-phosphate synthase  44.62 
 
 
300 aa  119  9e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.071273  normal  0.0684381 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1351  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.81 
 
 
328 aa  118  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.72 
 
 
321 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  32.84 
 
 
332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.57 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.77 
 
 
311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  31.35 
 
 
301 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  32.09 
 
 
333 aa  117  3e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.33 
 
 
369 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2229  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.69 
 
 
310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0406571 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.55 
 
 
316 aa  116  5e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  32 
 
 
325 aa  116  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.05 
 
 
323 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  34.01 
 
 
344 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  34.01 
 
 
344 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2495  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.53 
 
 
328 aa  115  7.999999999999999e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.239005  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  34.01 
 
 
344 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.94 
 
 
310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0061  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.93 
 
 
305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00552046  hitchhiker  0.00179506 
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  35.17 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.66 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.92 
 
 
328 aa  114  3e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  30.08 
 
 
319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.26 
 
 
315 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.78 
 
 
314 aa  112  7.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  32.57 
 
 
322 aa  112  9e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>