237 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1005 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008751  Dvul_1005  cobalamin biosynthesis protein CobD  100 
 
 		 320 aa  619  1e-176  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0833  cobalamin biosynthesis protein CbiB  51.91 
 
 		 374 aa  297  1e-79  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0399526 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1529  adenosylcobinamide-phosphate synthase  57.24 
 
 		 317 aa  283  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.292471  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2886  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.64 
 
 		 323 aa  251  9.000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2140  cobalamin biosynthesis protein CbiB  40.8 
 
 		 384 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.77 
 
 		 322 aa  185  8e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.13 
 
 		 323 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.07 
 
 		 328 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.65 
 
 		 308 aa  172  9e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.22 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.45 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.22 
 
 		 318 aa  169  8e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  37.09 
 
 		 324 aa  168  1e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  37.41 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.85 
 
 		 319 aa  167  2e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  35.85 
 
 		 317 aa  166  4e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  36.3 
 
 		 323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  34.17 
 
 		 315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  34.17 
 
 		 315 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.73 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.95 
 
 		 313 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  39.23 
 
 		 324 aa  161  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  37.68 
 
 		 319 aa  161  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  36.58 
 
 		 320 aa  160  2e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2389  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.23 
 
 		 357 aa  160  3e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.86 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  38.13 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.3 
 
 		 313 aa  155  6e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  38.1 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.71 
 
 		 315 aa  153  4e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.94 
 
 		 317 aa  152  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  37.17 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0165  cobalamin biosynthesis protein  40.81 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.890938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  38.43 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  35.04 
 
 		 325 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  30.19 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.72 
 
 		 320 aa  148  2.0000000000000003e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  37.5 
 
 		 320 aa  146  5e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.91 
 
 		 336 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2090  adenosylcobinamide-phosphate synthase  30.86 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.34 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.5 
 
 		 339 aa  144  3e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.93 
 
 		 295 aa  142  5e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  37.77 
 
 		 302 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  37.77 
 
 		 302 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2741  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.78 
 
 		 304 aa  142  7e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0957714 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 311 aa  142  8e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  37.41 
 
 		 307 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.46 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.49 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.51 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.69 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  38.1 
 
 		 302 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2621  cobalamin biosynthesis protein  36.82 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246707  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.01 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.54 
 
 		 369 aa  140  1.9999999999999998e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  36.96 
 
 		 302 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.64 
 
 		 315 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  34.77 
 
 		 319 aa  139  4.999999999999999e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  33.11 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  33.11 
 
 		 319 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  35.82 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  32.78 
 
 		 319 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.69 
 
 		 321 aa  138  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  34.55 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.83 
 
 		 318 aa  138  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.18 
 
 		 325 aa  136  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.07 
 
 		 302 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  35.5 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3127  cobalamin biosynthesis protein  35.33 
 
 		 320 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  35.14 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  36.97 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.93 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  37.19 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3454  adenosylcobinamide-phosphate synthase  30.19 
 
 		 328 aa  133  3e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.868099  normal  0.111955 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.81 
 
 		 337 aa  134  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  38.24 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1413  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.25 
 
 		 339 aa  133  5e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  32.62 
 
 		 336 aa  132  6e-30  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  36.49 
 
 		 312 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.92 
 
 		 336 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.99 
 
 		 323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1441  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.75 
 
 		 329 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1847  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.27 
 
 		 319 aa  129  7.000000000000001e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1861  cobalamin biosynthesis protein  32.37 
 
 		 330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  37.1 
 
 		 332 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  33.66 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13641  putative cobalamin biosynthetic protein  31.07 
 
 		 329 aa  127  2.0000000000000002e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  decreased coverage  0.00725389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0238  cobalamin biosynthesis protein  29.92 
 
 		 310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15021  putative cobalamin biosynthetic protein  28.34 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  36.69 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.43 
 
 		 316 aa  127  3e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.55 
 
 		 311 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_592  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.88 
 
 		 308 aa  125  8.000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0624  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.29 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.373431  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.76 
 
 		 330 aa  124  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.81 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  36.39 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.93 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  37.82 
 
 		 344 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>