224 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_2140 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_2140  cobalamin biosynthesis protein CbiB  100 
 
 		 384 aa  740    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0833  cobalamin biosynthesis protein CbiB  44.62 
 
 		 374 aa  227  3e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0399526 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1005  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.62 
 
 		 320 aa  225  8e-58  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1529  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.06 
 
 		 317 aa  191  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.292471  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2886  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.58 
 
 		 323 aa  174  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.09 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.33 
 
 		 316 aa  147  5e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.18 
 
 		 339 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.63 
 
 		 319 aa  136  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.23 
 
 		 322 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.18 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.86 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  30.52 
 
 		 323 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.14 
 
 		 319 aa  131  3e-29  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  26.32 
 
 		 315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  26.02 
 
 		 315 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.31 
 
 		 313 aa  130  6e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.29 
 
 		 328 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.74 
 
 		 308 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  35.17 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.97 
 
 		 301 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.26 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.02 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.33 
 
 		 318 aa  125  1e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.08 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  30.03 
 
 		 319 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  29.75 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  29.75 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  32.29 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  29.75 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  26.97 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  29.48 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.12 
 
 		 311 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2741  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.77 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0957714 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  30.65 
 
 		 317 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3127  cobalamin biosynthesis protein  29.94 
 
 		 320 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1847  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.12 
 
 		 319 aa  115  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  33.56 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  30.68 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2178  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.02 
 
 		 316 aa  113  5e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0238  cobalamin biosynthesis protein  25.94 
 
 		 310 aa  113  6e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  29.24 
 
 		 303 aa  113  7.000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1441  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.23 
 
 		 329 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  28.48 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.07 
 
 		 321 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  28.82 
 
 		 321 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0295  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.56 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2090  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.22 
 
 		 331 aa  110  3e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2389  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.31 
 
 		 357 aa  110  4.0000000000000004e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  28.98 
 
 		 324 aa  110  6e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.6 
 
 		 311 aa  109  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  31.23 
 
 		 312 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  30.93 
 
 		 312 aa  109  9.000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  29.01 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.34 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3454  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.94 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.868099  normal  0.111955 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  28.7 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13641  putative cobalamin biosynthetic protein  27.35 
 
 		 329 aa  108  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  decreased coverage  0.00725389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  29.01 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1861  cobalamin biosynthesis protein  27.2 
 
 		 330 aa  107  3e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  29.01 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  25.59 
 
 		 324 aa  107  4e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  28.57 
 
 		 319 aa  106  7e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  28.9 
 
 		 321 aa  105  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.86 
 
 		 330 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  28.97 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.43 
 
 		 336 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.51 
 
 		 321 aa  105  2e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  31.23 
 
 		 302 aa  104  3e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  30.06 
 
 		 302 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  30.19 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  31.8 
 
 		 310 aa  103  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  30.32 
 
 		 304 aa  103  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.87 
 
 		 315 aa  103  7e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0418  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.99 
 
 		 332 aa  102  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.984045  normal  0.740708 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.19 
 
 		 337 aa  102  8e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.85 
 
 		 325 aa  102  9e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.13 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.68 
 
 		 323 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.89 
 
 		 302 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.21 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0654  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.53 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0688  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.53 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17371  putative cobalamin biosynthetic protein  25 
 
 		 314 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15151  putative cobalamin biosynthetic protein  22.87 
 
 		 339 aa  100  5e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.216618  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.94 
 
 		 300 aa  100  6e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.41 
 
 		 311 aa  99.8  8e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.13 
 
 		 311 aa  99.4  9e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  27.84 
 
 		 336 aa  99  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3857  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.41 
 
 		 327 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.932338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3805  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.86 
 
 		 327 aa  99  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0758  cobalamin biosynthesis protein  23.91 
 
 		 306 aa  99.4  1e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_592  adenosylcobinamide-phosphate synthase  29.19 
 
 		 308 aa  98.6  2e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1413  adenosylcobinamide-phosphate synthase  23.19 
 
 		 339 aa  98.2  2e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  26.13 
 
 		 306 aa  98.2  2e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  28.37 
 
 		 331 aa  98.2  2e-19  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0198  cobalamin biosynthesis protein  27.73 
 
 		 306 aa  97.4  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.797231 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  28.16 
 
 		 369 aa  97.4  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0706  cobalamin biosynthesis protein  23.79 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.380522  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>