243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2621 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2621  cobalamin biosynthesis protein  100 
 
 		 323 aa  629  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246707  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  61.01 
 
 		 317 aa  335  5e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2121  cobalamin biosynthesis protein  57.33 
 
 		 326 aa  332  4e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  hitchhiker  0.00319539 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2363  cobalamin biosynthesis protein  57.98 
 
 		 326 aa  328  6e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.0402118 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.36 
 
 		 323 aa  287  1e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  48.76 
 
 		 331 aa  269  4e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  48.76 
 
 		 331 aa  269  5.9999999999999995e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  50 
 
 		 323 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1891  cobalamin biosynthesis protein  56.51 
 
 		 327 aa  268  1e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.31 
 
 		 323 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  52.28 
 
 		 336 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.55 
 
 		 323 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0165  cobalamin biosynthesis protein  49.07 
 
 		 303 aa  246  6e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.890938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  44.52 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3137  adenosylcobinamide-phosphate synthase  48.46 
 
 		 323 aa  233  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  47.87 
 
 		 319 aa  232  5e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  48.3 
 
 		 316 aa  231  1e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.9 
 
 		 337 aa  229  4e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  47.84 
 
 		 311 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3779  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.19 
 
 		 323 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.975904  normal  0.744686 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5191  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.17 
 
 		 333 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.69 
 
 		 311 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.84 
 
 		 311 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4724  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.83 
 
 		 333 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0822126  normal  0.571798 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.42 
 
 		 310 aa  208  8e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5724  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.65 
 
 		 330 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571029 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1854  cobalamin biosynthesis protein CobD  48.99 
 
 		 329 aa  204  2e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5263  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.89 
 
 		 333 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.758113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1475  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.82 
 
 		 331 aa  200  3e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311979  hitchhiker  0.000015122 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.66 
 
 		 330 aa  199  6e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1351  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.25 
 
 		 328 aa  191  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.18 
 
 		 301 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.1 
 
 		 317 aa  182  9.000000000000001e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2741  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.04 
 
 		 304 aa  181  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0957714 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.4 
 
 		 320 aa  179  5.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4869  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.87 
 
 		 323 aa  177  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.30299 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  40.14 
 
 		 324 aa  175  9.999999999999999e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  39.6 
 
 		 369 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  42.41 
 
 		 318 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.11 
 
 		 315 aa  171  1e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  41.04 
 
 		 324 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.14 
 
 		 328 aa  171  1e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.06 
 
 		 319 aa  170  3e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  39.66 
 
 		 323 aa  169  6e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.18 
 
 		 319 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  35.97 
 
 		 336 aa  165  1.0000000000000001e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  38.77 
 
 		 320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.07 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.5 
 
 		 320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  39.45 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  36.75 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  36.75 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2389  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 357 aa  162  6e-39  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.43 
 
 		 323 aa  162  8.000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  36.42 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  36.42 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  37.58 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  36.95 
 
 		 319 aa  160  3e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  38.72 
 
 		 314 aa  160  4e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.65 
 
 		 325 aa  160  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  39.51 
 
 		 332 aa  159  4e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  38.46 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  38.95 
 
 		 319 aa  158  1e-37  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.45 
 
 		 320 aa  158  1e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  33.56 
 
 		 315 aa  156  6e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.36 
 
 		 316 aa  155  9e-37  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.64 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.89 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.89 
 
 		 321 aa  153  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.38 
 
 		 319 aa  153  5e-36  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.07 
 
 		 315 aa  152  5e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  34.24 
 
 		 315 aa  153  5e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  38.11 
 
 		 333 aa  152  7e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  39.02 
 
 		 322 aa  152  8e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1110  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.92 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  35.28 
 
 		 321 aa  149  6e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.88 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  36.66 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.57 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.66 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.93 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  36.33 
 
 		 312 aa  147  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.25 
 
 		 308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0295  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.09 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1005  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.9 
 
 		 320 aa  146  4.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.85 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.28 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  35.03 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1861  cobalamin biosynthesis protein  32.84 
 
 		 330 aa  143  3e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.130243 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  35.81 
 
 		 313 aa  143  4e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  29.76 
 
 		 306 aa  143  5e-33  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.78 
 
 		 324 aa  143  5e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40 
 
 		 332 aa  143  5e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.14 
 
 		 321 aa  142  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.42 
 
 		 322 aa  142  6e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  35.03 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  35.11 
 
 		 302 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  37.98 
 
 		 340 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>