247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3744 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  100 
 
 		 323 aa  631  1e-180  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  67.8 
 
 		 323 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  67.32 
 
 		 323 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  68.73 
 
 		 323 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  53.71 
 
 		 317 aa  281  8.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  55.74 
 
 		 336 aa  273  3e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2621  cobalamin biosynthesis protein  50.34 
 
 		 323 aa  268  8.999999999999999e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246707  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  55.52 
 
 		 311 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4724  cobalamin biosynthesis protein CobD  53.48 
 
 		 333 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0822126  normal  0.571798 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  55.78 
 
 		 311 aa  265  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5191  cobalamin biosynthesis protein CobD  53.16 
 
 		 333 aa  264  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.683033 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  55.78 
 
 		 311 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3779  cobalamin biosynthesis protein CobD  56.34 
 
 		 323 aa  263  3e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.975904  normal  0.744686 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3137  adenosylcobinamide-phosphate synthase  53.2 
 
 		 323 aa  262  6.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  50.83 
 
 		 316 aa  256  4e-67  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2121  cobalamin biosynthesis protein  49.84 
 
 		 326 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373169  hitchhiker  0.00319539 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.73 
 
 		 330 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  51 
 
 		 319 aa  254  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2363  cobalamin biosynthesis protein  50.34 
 
 		 326 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.0402118 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.6 
 
 		 337 aa  252  7e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1854  cobalamin biosynthesis protein CobD  56.55 
 
 		 329 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1475  cobalamin biosynthesis protein CobD  55.36 
 
 		 331 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311979  hitchhiker  0.000015122 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  55.05 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  50.34 
 
 		 331 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1351  cobalamin biosynthesis protein CobD  50.47 
 
 		 328 aa  241  9e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5263  cobalamin biosynthesis protein CobD  51.32 
 
 		 333 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.758113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  49.16 
 
 		 303 aa  239  5.999999999999999e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  50.17 
 
 		 331 aa  239  6.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5724  cobalamin biosynthesis protein CobD  55.05 
 
 		 330 aa  236  6e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571029 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1891  cobalamin biosynthesis protein  51.82 
 
 		 327 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0165  cobalamin biosynthesis protein  50 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.890938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4869  cobalamin biosynthesis protein CobD  56.9 
 
 		 323 aa  219  5e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.30299 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2741  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.4 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0957714 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.25 
 
 		 315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.57 
 
 		 319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  45.15 
 
 		 320 aa  196  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3604  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.18 
 
 		 319 aa  197  3e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  43.43 
 
 		 319 aa  192  6e-48  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  44.57 
 
 		 318 aa  192  7e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  41.37 
 
 		 324 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2389  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.58 
 
 		 357 aa  190  4e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.75 
 
 		 323 aa  188  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  37.59 
 
 		 315 aa  187  2e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2990  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.16 
 
 		 320 aa  187  3e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.168567  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0042  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.91 
 
 		 328 aa  187  3e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  42.72 
 
 		 324 aa  186  6e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1721  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.85 
 
 		 319 aa  185  9e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  40.84 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  41.58 
 
 		 321 aa  184  1.0000000000000001e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  40.4 
 
 		 369 aa  184  1.0000000000000001e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.95 
 
 		 315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3555  cobalamin biosynthesis protein  43.1 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.86 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  36.52 
 
 		 315 aa  182  5.0000000000000004e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  39.66 
 
 		 323 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1233  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.87 
 
 		 321 aa  182  6e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0872  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.57 
 
 		 315 aa  182  7e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17720  adenosylcobinamide-phosphate synthase  42.36 
 
 		 332 aa  180  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.213248  normal  0.925164 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0174  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.52 
 
 		 316 aa  179  4.999999999999999e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.56 
 
 		 317 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.24 
 
 		 318 aa  178  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  41.9 
 
 		 332 aa  178  1e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0940  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.83 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1287  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.72 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0123328  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3092  cobalamin biosynthesis protein CobD  40 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.423715  hitchhiker  0.00432553 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  39.03 
 
 		 325 aa  176  5e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.45 
 
 		 323 aa  176  5e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.74 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3624  cobalamin biosynthesis protein  49.32 
 
 		 317 aa  175  9e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.69655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3360  cobalamin biosynthesis protein  41.44 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.406666  normal  0.480267 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3349  cobalamin biosynthesis protein  41.44 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3411  cobalamin biosynthesis protein  41.44 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.530159 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.91 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4864  cobalamin biosynthesis protein  39.66 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0377956  normal  0.399913 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  40.06 
 
 		 317 aa  172  5e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.38 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  38.05 
 
 		 319 aa  172  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.49 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2886  cobalamin biosynthesis protein  40.26 
 
 		 340 aa  171  1e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0800022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.71 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  37.74 
 
 		 319 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  37.74 
 
 		 319 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2604  cobalamin biosynthesis protein  51.08 
 
 		 366 aa  169  5e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0562249  normal  0.0827399 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2256  cobalamin biosynthesis protein  38.05 
 
 		 319 aa  169  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.853927  normal  0.381632 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.77 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  37.42 
 
 		 319 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  40.58 
 
 		 320 aa  166  4e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3443  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.13 
 
 		 295 aa  166  6.9999999999999995e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.10368  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2090  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.04 
 
 		 331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2224  cobalamin biosynthesis protein  48.64 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2715  cobalamin biosynthesis protein CobD  41.1 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  31.39 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0706  cobalamin biosynthesis protein  31.27 
 
 		 311 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.380522  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12265  cobalamin biosynthesis protein  37.58 
 
 		 313 aa  162  7e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.78 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0758  cobalamin biosynthesis protein  31.32 
 
 		 306 aa  159  5e-38  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  47.26 
 
 		 314 aa  159  7e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3102  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.77 
 
 		 330 aa  158  1e-37  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0194792  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0238  cobalamin biosynthesis protein  32.84 
 
 		 310 aa  157  2e-37  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0561  cobalamin biosynthesis protein CobD  49.2 
 
 		 318 aa  157  3e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>