258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2616 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2616  cobalamin biosynthesis protein CobD  100 
 
 		 320 aa  613  1e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3180  adenosylcobinamide-phosphate synthase  64.81 
 
 		 325 aa  328  7e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2762  adenosylcobinamide-phosphate synthase  61.06 
 
 		 318 aa  318  7.999999999999999e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.861061  normal  0.0751378 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2533  cobalamin biosynthesis protein CobD  67.23 
 
 		 328 aa  315  9e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2148  cobalamin biosynthesis protein CobD  54.71 
 
 		 327 aa  299  3e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.445636  normal  0.0604171 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1545  adenosylcobinamide-phosphate synthase  64.86 
 
 		 342 aa  291  1e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215428  normal  0.112032 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2555  cobalamin biosynthesis protein CobD  59.37 
 
 		 327 aa  282  4.0000000000000003e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0881732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2804  cobalamin biosynthesis protein CobD  56.31 
 
 		 364 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584343  normal  0.747096 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0965  cobalamin biosynthesis protein CobD  53.92 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0516  adenosylcobinamide-phosphate synthase  51.32 
 
 		 300 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.071273  normal  0.0684381 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0706  cobalamin biosynthesis protein  29.02 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.380522  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2321  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.1 
 
 		 306 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2090  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.38 
 
 		 331 aa  159  6e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1057  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.97 
 
 		 309 aa  158  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  30.55 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0007  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.51 
 
 		 314 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0758  cobalamin biosynthesis protein  29.93 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0198  cobalamin biosynthesis protein  30.85 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.797231 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0238  cobalamin biosynthesis protein  30.62 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0061  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.33 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00552046  hitchhiker  0.00179506 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1272  cobalamin biosynthesis protein CobD  45.16 
 
 		 313 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0654  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.4 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0688  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.4 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0624  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.4 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.373431  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_592  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.09 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0645  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.15 
 
 		 311 aa  143  3e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.94 
 
 		 317 aa  142  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.4 
 
 		 323 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0295  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.67 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_956  cobalamin biosynthesis protein  36.27 
 
 		 307 aa  142  9.999999999999999e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.19 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  38.35 
 
 		 303 aa  139  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  33.59 
 
 		 336 aa  139  7e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0008  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.34 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.57 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0967  adenosylcobinamide-phosphate synthase  36.33 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1370  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.48 
 
 		 294 aa  136  6.0000000000000005e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3454  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.15 
 
 		 328 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.868099  normal  0.111955 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2348  cobalamin biosynthesis protein CobD  46.13 
 
 		 305 aa  135  8e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.910265  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0859  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.47 
 
 		 278 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0252583  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21170  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.42 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2621  cobalamin biosynthesis protein  36.05 
 
 		 323 aa  131  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246707  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1138  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.7 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.697499  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0564  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.93 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  37.45 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  38.08 
 
 		 324 aa  126  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2229  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.8 
 
 		 310 aa  125  7e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0406571 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2495  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.59 
 
 		 328 aa  125  7e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.239005  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  37.32 
 
 		 320 aa  125  8.000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0165  cobalamin biosynthesis protein  41.13 
 
 		 303 aa  125  9e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.890938  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.13 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.23 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  27.71 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1891  cobalamin biosynthesis protein  36.15 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.42 
 
 		 323 aa  124  3e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  36.45 
 
 		 319 aa  123  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  28.53 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.89 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.54 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2209  cobalamin biosynthesis protein  32.69 
 
 		 323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.61 
 
 		 330 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  38.13 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  37.32 
 
 		 336 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  33.85 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  26.75 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  35.45 
 
 		 321 aa  119  9.999999999999999e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0987  cobalamin biosynthesis protein CbiB  36.96 
 
 		 340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  43.48 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1305  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.69 
 
 		 321 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3137  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.26 
 
 		 323 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1294  cobalamin biosynthesis protein  34.57 
 
 		 331 aa  117  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  37.82 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  36.26 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  37.28 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  37.28 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_72  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.11 
 
 		 318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  36.52 
 
 		 369 aa  115  7.999999999999999e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.49 
 
 		 337 aa  115  7.999999999999999e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0246  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.29 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  36.92 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.16 
 
 		 330 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3631  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.23 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0416966  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1256  cobalamin biosynthesis protein  34.57 
 
 		 331 aa  114  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.252791  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.04 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1475  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.26 
 
 		 331 aa  113  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311979  hitchhiker  0.000015122 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2389  cobalamin biosynthesis protein CobD  29 
 
 		 357 aa  112  7.000000000000001e-24  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  36.2 
 
 		 311 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1005  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.07 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2833  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.09 
 
 		 378 aa  112  8.000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  34.15 
 
 		 317 aa  112  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0301  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.14 
 
 		 313 aa  112  9e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0833  cobalamin biosynthesis protein CbiB  35.47 
 
 		 374 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0399526 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.89 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3929  cobalamin biosynthesis protein  36.4 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.512317  normal  0.0681298 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2392  cobalamin biosynthesis protein  36.04 
 
 		 331 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0151839 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1931  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.98 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  38.21 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0870  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2363  cobalamin biosynthesis protein  39.5 
 
 		 326 aa  109  5e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.0402118 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.1 
 
 		 318 aa  109  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>