229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tmel_0859 on replicon NC_009616
Organism: Thermosipho melanesiensis BI429



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009616  Tmel_0859  cobalamin biosynthesis protein CobD  100 
 
 		 278 aa  549  1e-155  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0252583  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1370  cobalamin biosynthesis protein CobD  61.28 
 
 		 294 aa  322  5e-87  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0706  cobalamin biosynthesis protein  35.31 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.380522  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0238  cobalamin biosynthesis protein  38.64 
 
 		 310 aa  163  3e-39  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.86 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1057  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.66 
 
 		 309 aa  159  5e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0624  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.83 
 
 		 308 aa  158  9e-38  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.373431  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0654  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.52 
 
 		 308 aa  157  1e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0688  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.52 
 
 		 308 aa  157  1e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_592  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.64 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0198  cobalamin biosynthesis protein  36.73 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.797231 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0758  cobalamin biosynthesis protein  35.71 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  36.73 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.04 
 
 		 301 aa  149  5e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2533  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.74 
 
 		 328 aa  148  9e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0965  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.77 
 
 		 300 aa  145  8.000000000000001e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0295  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.87 
 
 		 316 aa  145  9e-34  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2148  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.32 
 
 		 327 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.445636  normal  0.0604171 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2762  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.76 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.861061  normal  0.0751378 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.3 
 
 		 302 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3678  cobalamin biosynthesis protein  31.85 
 
 		 302 aa  142  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.035544 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.34 
 
 		 317 aa  142  9e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0969  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.39 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.380612  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1545  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.2 
 
 		 342 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215428  normal  0.112032 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3180  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.92 
 
 		 325 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.37 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  32.19 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2090  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.16 
 
 		 331 aa  137  2e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2321  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.18 
 
 		 306 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0645  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.36 
 
 		 311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  31.49 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1753  cobalamin biosynthesis protein  32.19 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  33.57 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  32.94 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  34.78 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2229  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.39 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0406571 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1267  cobalamin biosynthesis protein  36.65 
 
 		 324 aa  133  3e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  32.03 
 
 		 315 aa  132  3.9999999999999996e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0008  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.53 
 
 		 306 aa  132  6e-30  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  31.94 
 
 		 307 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.12 
 
 		 311 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  31.62 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1138  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.11 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.697499  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2804  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.95 
 
 		 364 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584343  normal  0.747096 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3454  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.03 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.868099  normal  0.111955 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.12 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  31.96 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  31.18 
 
 		 314 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1294  cobalamin biosynthesis protein  31.05 
 
 		 315 aa  129  4.0000000000000003e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.392516  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1266  cobalamin biosynthesis protein  33.59 
 
 		 319 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.69 
 
 		 311 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 323 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1119  cobalamin biosynthesis protein  32.53 
 
 		 317 aa  128  8.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_72  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  34.41 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0246  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.56 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  38.2 
 
 		 336 aa  127  2.0000000000000002e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2555  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.8 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0881732  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0007  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.21 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2818  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.79 
 
 		 311 aa  126  3e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00349182  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1272  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.92 
 
 		 313 aa  126  5e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.54 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.5 
 
 		 336 aa  125  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.2 
 
 		 322 aa  125  9e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  32.54 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7401  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.71 
 
 		 369 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  37.44 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0061  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.33 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00552046  hitchhiker  0.00179506 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  30.89 
 
 		 323 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2576  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.04 
 
 		 317 aa  123  4e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1019  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.21 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1138  cobalamin biosynthesis protein  33.6 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.200777 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.37 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0967  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.19 
 
 		 307 aa  122  4e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0271  cobalamin biosynthesis protein  34.14 
 
 		 319 aa  122  5e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2616  cobalamin biosynthesis protein CobD  29.67 
 
 		 320 aa  122  6e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2716  cobalamin biosynthesis protein  33.46 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.530545 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1424  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.58 
 
 		 306 aa  122  8e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.72 
 
 		 330 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3538  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.75 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0757  cobalamin biosynthesis protein  31.95 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.463156  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1068  cobalamin biosynthesis protein  29.35 
 
 		 321 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.882793  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_956  cobalamin biosynthesis protein  33.89 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2287  cobalamin biosynthesis protein  32.88 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.731902  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0564  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.35 
 
 		 334 aa  120  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0516  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.03 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.071273  normal  0.0684381 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  38.83 
 
 		 324 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0165  cobalamin biosynthesis protein  36.36 
 
 		 303 aa  120  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.890938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0555  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.53 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.65 
 
 		 320 aa  119  6e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  32.52 
 
 		 317 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1468  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.56 
 
 		 318 aa  119  7e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  30.42 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  33.57 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  32.08 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  32.08 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3744  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.27 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00858099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3553  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.4 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0341108  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2205  cobalamin biosynthesis protein  32.21 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0351195  normal  0.625062 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2704  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.89 
 
 		 315 aa  116  3.9999999999999997e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>