262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2148 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2148  cobalamin biosynthesis protein CobD  100 
 
 		 327 aa  642    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.445636  normal  0.0604171 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2762  adenosylcobinamide-phosphate synthase  63.11 
 
 		 318 aa  340  1e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.861061  normal  0.0751378 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3180  adenosylcobinamide-phosphate synthase  58.55 
 
 		 325 aa  291  7e-78  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2616  cobalamin biosynthesis protein CobD  57.99 
 
 		 320 aa  290  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1545  adenosylcobinamide-phosphate synthase  58.33 
 
 		 342 aa  283  3.0000000000000004e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.215428  normal  0.112032 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2533  cobalamin biosynthesis protein CobD  56.71 
 
 		 328 aa  271  1e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0965  cobalamin biosynthesis protein CobD  52.7 
 
 		 300 aa  263  3e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2555  cobalamin biosynthesis protein CobD  54.52 
 
 		 327 aa  261  8e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0881732  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2804  cobalamin biosynthesis protein CobD  55.99 
 
 		 364 aa  261  1e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.584343  normal  0.747096 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0516  adenosylcobinamide-phosphate synthase  49.08 
 
 		 300 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.071273  normal  0.0684381 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1057  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.86 
 
 		 309 aa  172  5.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0645  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.21 
 
 		 311 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0007  cobalamin biosynthesis protein CobD  36.5 
 
 		 314 aa  169  8e-41  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2090  adenosylcobinamide-phosphate synthase  32.44 
 
 		 331 aa  169  8e-41  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1370  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.26 
 
 		 294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0295  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.79 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0564  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.26 
 
 		 334 aa  157  2e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0706  cobalamin biosynthesis protein  27.13 
 
 		 311 aa  157  3e-37  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.380522  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0654  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.16 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0688  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.16 
 
 		 308 aa  155  9e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_592  adenosylcobinamide-phosphate synthase  34.16 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0859  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.66 
 
 		 278 aa  150  2e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0252583  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0624  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.13 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.373431  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2348  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.18 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.910265  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0238  cobalamin biosynthesis protein  30.66 
 
 		 310 aa  149  9e-35  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1704  cobalamin biosynthesis protein  29.17 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.574312  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1272  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.96 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0061  adenosylcobinamide-phosphate synthase  33.56 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00552046  hitchhiker  0.00179506 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2321  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.2 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0758  cobalamin biosynthesis protein  28.57 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_956  cobalamin biosynthesis protein  34.84 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0140  cobalamin biosynthesis protein  35.18 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2585  cobalamin biosynthesis protein  47.4 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.650377  hitchhiker  0.000040763 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0198  cobalamin biosynthesis protein  29.07 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.797231 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0008  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.1 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1138  cobalamin biosynthesis protein CobD  34.44 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.697499  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0967  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.64 
 
 		 307 aa  138  2e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1159  cobalamin biosynthesis protein CbiB  42.53 
 
 		 336 aa  135  8e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3454  adenosylcobinamide-phosphate synthase  31.6 
 
 		 328 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.868099  normal  0.111955 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3382  adenosylcobinamide-phosphate synthase  44.68 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0114495  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4469  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.5 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277077  normal  0.0655318 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0633  cobalamin biosynthesis protein CobD  38.79 
 
 		 323 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0420011  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2355  cobalamin biosynthesis protein CobD  43.52 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0370  cobalamin biosynthesis protein  37.2 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.527036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0735  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.91 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0324  adenosylcobinamide-phosphate synthase  46.2 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5371  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.91 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1583  cobalamin biosynthesis protein CobD  31.03 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2087  cobalamin biosynthesis protein CobD  39.15 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3677  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.75 
 
 		 330 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.544295 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0483  cobalamin biosynthesis protein  34.52 
 
 		 314 aa  129  8.000000000000001e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1234  cobalamin biosynthesis protein  42.38 
 
 		 302 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.778235  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0430  adenosylcobinamide-phosphate synthase  38.64 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_72  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.89 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1675  cobalamin biosynthesis protein  38.76 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.653042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4044  cobalamin biosynthesis protein  41.9 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1274  cobalamin biosynthesis protein  41.9 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.272014  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0246  cobalamin biosynthesis protein CobD  32.55 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2495  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.41 
 
 		 328 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.239005  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0419  cobalamin biosynthesis protein  38.84 
 
 		 324 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2229  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.27 
 
 		 310 aa  125  8.000000000000001e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.0406571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3494  cobalamin biosynthesis protein  37.25 
 
 		 311 aa  125  9e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1847  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.37 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1514  cobalamin biosynthesis protein  33.33 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0388  cobalamin biosynthesis protein CobD  35.31 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2089  cobD; cobalamin biosynthetic protein  35.1 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.284243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0165  cobalamin biosynthesis protein  46.51 
 
 		 303 aa  123  4e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.890938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1099  adenosylcobinamide-phosphate synthase  42.47 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1738  cobalamin biosynthesis protein CobD  33.33 
 
 		 322 aa  122  6e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0463068 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0102  cobalamin biosynthesis protein  37.89 
 
 		 317 aa  122  8e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0486  adenosylcobinamide-phosphate synthase  35.43 
 
 		 318 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0790  cobalamin biosynthesis protein CobD  40.64 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0828155  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3273  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.12 
 
 		 330 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00284027 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2200  cobalamin biosynthesis protein  36.3 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0660969 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1003  cobalamin biosynthesis protein  35.31 
 
 		 311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1458  cobalamin biosynthesis protein CobD  44.91 
 
 		 300 aa  119  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.862014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5724  cobalamin biosynthesis protein CobD  48 
 
 		 330 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.571029 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1743  cobalamin biosynthesis protein  35.54 
 
 		 317 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.22977  normal  0.192923 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1475  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.62 
 
 		 331 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.311979  hitchhiker  0.000015122 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6127  cobalamin biosynthesis protein CobD  42.46 
 
 		 314 aa  119  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00302618  hitchhiker  0.00095084 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1113  cobalamin biosynthesis protein  25.26 
 
 		 315 aa  118  9.999999999999999e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.386524  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33100  cobalamin biosynthesis protein  43.78 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00042631  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0846  cobalamin biosynthesis protein  45.09 
 
 		 314 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1711  cobalamin biosynthesis protein CobD  37.66 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2658  cobalamin biosynthesis protein  35.52 
 
 		 326 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.869405 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1837  cobalamin biosynthesis protein  44.81 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.41199  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2453  cobalamin biosynthesis protein  44.81 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393352  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47730  cobalamin biosynthesis protein  33.96 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.452767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2448  cobalamin biosynthesis protein  44.81 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4115  cobalamin biosynthesis protein  33.96 
 
 		 312 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1644  cobalamin biosynthesis protein  42.94 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.29794  normal  0.0167016 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3731  cobalamin biosynthesis protein  43.48 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5779  cobalamin biosynthesis protein  45.09 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.642032 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2156  cobalamin biosynthesis protein  33.79 
 
 		 319 aa  116  3.9999999999999997e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2369  cobalamin biosynthesis protein  33.79 
 
 		 319 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2210  cobalamin biosynthesis protein  33.79 
 
 		 319 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.265457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1286  cobalamin biosynthesis protein CobD  27.62 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.726575  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2496  cobalamin biosynthesis protein  45.09 
 
 		 312 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.315833  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2364  cobalamin biosynthesis protein  45.09 
 
 		 314 aa  116  6e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2203  cobalamin biosynthesis protein  33.79 
 
 		 319 aa  116  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>