More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0441 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0441  Fimbrial protein pilin  100 
 
 		 167 aa  329  8e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  40.24 
 
 		 182 aa  96.7  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  40.13 
 
 		 133 aa  94.4  6e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  37.82 
 
 		 137 aa  84  8e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  36.9 
 
 		 162 aa  84  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0675  fimbrial protein pilin  36.77 
 
 		 136 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357739 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0634  fimbrial protein pilin  36.77 
 
 		 136 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  41.18 
 
 		 146 aa  81.6  0.000000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  58.46 
 
 		 160 aa  80.1  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4536  fimbrial protein pilin  35.48 
 
 		 136 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  51.72 
 
 		 142 aa  78.2  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0680  fimbrial protein pilin  34.42 
 
 		 136 aa  75.9  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  64.91 
 
 		 148 aa  74.7  0.0000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  37.74 
 
 		 153 aa  74.3  0.0000000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  33.14 
 
 		 169 aa  74.3  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  57.14 
 
 		 148 aa  73.6  0.000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  37.28 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  60 
 
 		 139 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  35.06 
 
 		 138 aa  72.8  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3422  fimbrial protein pilin  38.46 
 
 		 148 aa  72.8  0.000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  37.04 
 
 		 138 aa  73.2  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  35.91 
 
 		 174 aa  72.4  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  36.65 
 
 		 147 aa  71.6  0.000000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  33.54 
 
 		 138 aa  69.7  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0896  fimbrillin  29.65 
 
 		 180 aa  68.2  0.00000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  35.57 
 
 		 141 aa  68.2  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  36.94 
 
 		 170 aa  68.2  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  64.71 
 
 		 179 aa  68.2  0.00000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  55.93 
 
 		 169 aa  67.4  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  55.17 
 
 		 168 aa  67  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  51.52 
 
 		 196 aa  67.4  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  33.94 
 
 		 139 aa  67  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  51.79 
 
 		 141 aa  66.6  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  53.57 
 
 		 134 aa  67  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  32.53 
 
 		 170 aa  66.6  0.0000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  56.94 
 
 		 169 aa  66.2  0.0000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0926  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  54.39 
 
 		 171 aa  66.2  0.0000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000619994  hitchhiker  8.71814e-18 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  50.82 
 
 		 167 aa  66.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  60.38 
 
 		 173 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  62 
 
 		 174 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  69.57 
 
 		 111 aa  65.5  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1143  fimbrillin  29.07 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  61.7 
 
 		 169 aa  65.5  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0548  hypothetical protein  57.14 
 
 		 169 aa  65.5  0.0000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  36.36 
 
 		 167 aa  65.1  0.0000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2173  methylation  34.62 
 
 		 146 aa  65.1  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  54.24 
 
 		 160 aa  64.7  0.0000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  55.56 
 
 		 166 aa  64.3  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  54.24 
 
 		 168 aa  64.3  0.0000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  44.68 
 
 		 148 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  63.27 
 
 		 163 aa  63.9  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  60.78 
 
 		 165 aa  63.9  0.0000000009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0934015 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  29.83 
 
 		 179 aa  63.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2096  pilin domain protein  55.36 
 
 		 70 aa  63.5  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000511675  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0467  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  65.12 
 
 		 171 aa  62.8  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3175  Fimbrial protein pilin  52.73 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3575  putative major pilin subunit  31.87 
 
 		 148 aa  63.2  0.000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  54.72 
 
 		 136 aa  63.2  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  45.9 
 
 		 141 aa  62.8  0.000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0473  fimbrial protein pilin  36.13 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  41.89 
 
 		 152 aa  62.8  0.000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0652  putative major pilin subunit  51.79 
 
 		 145 aa  62.8  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2567  general secretion pathway protein H  50 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2693  general secretion pathway protein H  50 
 
 		 198 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.289926  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1058  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  52.46 
 
 		 176 aa  62  0.000000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.110537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2413  type II secretion system protein G  52.54 
 
 		 149 aa  62  0.000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.330838  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0627  putative major pilin subunit  44.93 
 
 		 147 aa  61.6  0.000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  43.75 
 
 		 199 aa  61.6  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  56.86 
 
 		 165 aa  61.6  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1487  fimbrial protein EcpC precursor  52.63 
 
 		 164 aa  61.2  0.000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0651614  normal  0.606044 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1018  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  63.27 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0271  putative pilin protein PilA  32.69 
 
 		 154 aa  61.2  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.148513  normal  0.384028 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  49.15 
 
 		 178 aa  61.2  0.000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  46.77 
 
 		 142 aa  60.8  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1442  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  53.57 
 
 		 155 aa  60.8  0.000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.102563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  45.78 
 
 		 143 aa  60.8  0.000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0638  fimbrillin  31.61 
 
 		 177 aa  60.8  0.000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.37134  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0110  putative major pilin subunit  50 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000976692  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0111  putative major pilin subunit  50 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.273778  normal  0.482641 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0314  general secretion pathway protein  46.27 
 
 		 147 aa  60.8  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00107  predicted major pilin subunit  50 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686894  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3494  putative major pilin subunit  50 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3551  putative major pilin subunit  50 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  46.75 
 
 		 157 aa  60.8  0.000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0114  putative major pilin subunit  50 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00878541  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00106  hypothetical protein  50 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1261  hypothetical protein  54.55 
 
 		 168 aa  60.5  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0779  hypothetical protein  58.82 
 
 		 136 aa  60.1  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0161  putative major pilin subunit  50 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0157  putative major pilin subunit  50 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0158  putative major pilin subunit  50 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.320147 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0156  putative major pilin subunit  50 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0164  putative major pilin subunit  50 
 
 		 145 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268979  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1495  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  54.55 
 
 		 167 aa  60.1  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.70798  normal  0.112729 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  44.29 
 
 		 198 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0210  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  71.05 
 
 		 154 aa  59.3  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000103934  normal  0.61486 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  71.05 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3498  putative major pilin subunit  50 
 
 		 154 aa  59.7  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  71.05 
 
 		 133 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3289  putative type IV fimbrial pilin protein  45.71 
 
 		 207 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213615  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>