More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3575 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3575  putative major pilin subunit  100 
 
 		 148 aa  301  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.270372  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3762  putative major pilin subunit  91.89 
 
 		 148 aa  263  4e-70  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0666  putative major pilin subunit  73.1 
 
 		 147 aa  234  3e-61  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0627  putative major pilin subunit  70.55 
 
 		 147 aa  220  4.9999999999999996e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0111  putative major pilin subunit  59.31 
 
 		 146 aa  189  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.273778  normal  0.482641 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00107  predicted major pilin subunit  59.31 
 
 		 146 aa  188  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.686894  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3494  putative major pilin subunit  59.31 
 
 		 146 aa  188  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00106  hypothetical protein  59.31 
 
 		 146 aa  188  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3551  putative major pilin subunit  59.31 
 
 		 146 aa  188  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000125636 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0110  putative major pilin subunit  58.62 
 
 		 146 aa  187  4e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000976692  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0114  putative major pilin subunit  58.62 
 
 		 146 aa  187  5.999999999999999e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00878541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0161  putative major pilin subunit  61.11 
 
 		 145 aa  185  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0158  putative major pilin subunit  61.11 
 
 		 145 aa  185  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.320147 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0157  putative major pilin subunit  61.11 
 
 		 145 aa  185  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0156  putative major pilin subunit  61.11 
 
 		 145 aa  185  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0652  putative major pilin subunit  58.62 
 
 		 145 aa  183  6e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0164  putative major pilin subunit  60.42 
 
 		 145 aa  182  9e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.268979  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0778  putative major pilin subunit  64.63 
 
 		 149 aa  166  9e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.282889 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1041  putative major pilin subunit  51.35 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.131052 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3370  putative major pilin subunit  51.35 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.981789  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3498  putative major pilin subunit  51.35 
 
 		 154 aa  159  1e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  45.52 
 
 		 152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  36.59 
 
 		 139 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  51.52 
 
 		 142 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002546  type IV pilin PilA  50 
 
 		 157 aa  72.4  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.790868  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  34.53 
 
 		 147 aa  71.2  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0478  prepilin peptidase dependent protein D  49.21 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.183909  normal  0.878303 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  54.72 
 
 		 160 aa  65.1  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03468  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  48.39 
 
 		 141 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  36.84 
 
 		 168 aa  64.3  0.0000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  33.59 
 
 		 136 aa  63.9  0.0000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  49.41 
 
 		 174 aa  63.2  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0476  methylation site containing protein  44.44 
 
 		 141 aa  63.2  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.991113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  39.09 
 
 		 179 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  33.56 
 
 		 162 aa  62  0.000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3604  methylation site containing protein  46.43 
 
 		 150 aa  62.8  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0981563  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  29.84 
 
 		 138 aa  62  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  51.92 
 
 		 138 aa  60.5  0.000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  30.41 
 
 		 162 aa  60.5  0.000000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  33.58 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  40.48 
 
 		 167 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  46.55 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  42.42 
 
 		 153 aa  59.7  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  39.66 
 
 		 146 aa  58.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  42.86 
 
 		 179 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  50.94 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  48 
 
 		 169 aa  58.2  0.00000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  54 
 
 		 169 aa  58.2  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2019  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  63.16 
 
 		 130 aa  57.8  0.00000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  54.24 
 
 		 168 aa  57.4  0.00000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2275  general secretion pathway protein H  30.66 
 
 		 164 aa  57.4  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  55.1 
 
 		 167 aa  57  0.00000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  59.52 
 
 		 196 aa  57  0.00000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  65 
 
 		 169 aa  57  0.00000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  62.5 
 
 		 163 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0475  fimbrial protein pilin  64.86 
 
 		 139 aa  56.6  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.665132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  37.08 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  57.14 
 
 		 178 aa  56.2  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  47.62 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  47.62 
 
 		 169 aa  55.1  0.0000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  35.42 
 
 		 170 aa  54.7  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5185  protein involved in methylation  50 
 
 		 174 aa  55.1  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  34.83 
 
 		 160 aa  54.7  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0864  peptidase S49, protease IV  34.93 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  39.45 
 
 		 173 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1879  hypothetical protein  39.34 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2200  pilus assembly protein PilA  50 
 
 		 111 aa  54.3  0.0000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.360457  hitchhiker  0.000654211 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1950  type 4 major prepilin protein  39.32 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0248  type IV-A pilin protein PilA  39.32 
 
 		 140 aa  54.3  0.0000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  34.17 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  54.17 
 
 		 137 aa  53.9  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  35.92 
 
 		 165 aa  53.9  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  52.38 
 
 		 166 aa  53.1  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0926  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  41.07 
 
 		 171 aa  53.1  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000619994  hitchhiker  8.71814e-18 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0126  Tfp pilus assembly protein PilE-like  56.41 
 
 		 151 aa  52.8  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0148502  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2904  putative type 4 fimbrial biogenesis transmembrane protein  35.29 
 
 		 168 aa  52.8  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.3004 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4155  fimbiral protein PilA  51.16 
 
 		 188 aa  52.4  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.614605  normal  0.158719 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2540  fimbrial protein pilin  63.16 
 
 		 140 aa  52.8  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0271  putative pilin protein PilA  31.78 
 
 		 154 aa  52.4  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.148513  normal  0.384028 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  55 
 
 		 173 aa  51.6  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04886  pilin  36.88 
 
 		 141 aa  51.6  0.000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.969324  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0548  hypothetical protein  42.86 
 
 		 169 aa  52  0.000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0253  general secretion pathway protein G  39.39 
 
 		 150 aa  51.6  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0677  putative type IV fimbrial pilin protein  41.89 
 
 		 207 aa  52  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0613  Type II secretory pathway pseudopilin PulG-like protein  40.35 
 
 		 165 aa  51.6  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0934015 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0638  fimbrillin  40 
 
 		 177 aa  51.2  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.37134  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3189  fimbrial protein pilin  57.89 
 
 		 162 aa  51.2  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.208  normal  0.535395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3824  fimbrial protein pilin  40.91 
 
 		 164 aa  51.6  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0456668 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3175  Fimbrial protein pilin  55 
 
 		 134 aa  50.8  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  37.78 
 
 		 198 aa  50.8  0.000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0421  methylation site containing protein  44.23 
 
 		 142 aa  50.8  0.000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000175547  normal  0.0256712 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20881  pilin  45 
 
 		 159 aa  50.8  0.000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0417  pilin, putative  44.23 
 
 		 138 aa  50.4  0.000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3918  methylation site containing protein  44.23 
 
 		 143 aa  50.4  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000265425  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0467  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  64.71 
 
 		 171 aa  50.4  0.000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.568157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2035  hypothetical protein  37.78 
 
 		 198 aa  50.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2646  hypothetical protein  37.78 
 
 		 198 aa  50.4  0.000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1890  hypothetical protein  38.98 
 
 		 136 aa  50.4  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4731  general secretion pathway protein G  34.85 
 
 		 144 aa  50.1  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0599807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0414  methylation site containing protein  39.29 
 
 		 148 aa  50.4  0.000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>