139 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0473 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_0473  fimbrial protein pilin  100 
 
 		 139 aa  280  3.0000000000000004e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.72626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0472  fimbrial protein pilin  57.25 
 
 		 182 aa  171  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.877435  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2449  Fimbrial protein pilin  42.03 
 
 		 162 aa  110  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000426279  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3944  fimbrial protein pilin  37.66 
 
 		 166 aa  78.2  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.736158  hitchhiker  0.00123211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3945  fimbrial protein pilin  31.37 
 
 		 166 aa  78.2  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.373423  hitchhiker  0.00130999 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3946  fimbrial protein pilin  31.37 
 
 		 169 aa  77.8  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00129399 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1828  fimbrial protein pilin  34.42 
 
 		 170 aa  75.5  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.10224  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0797  pilin  42.55 
 
 		 148 aa  70.9  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2680  fimbrial protein pilin  63.27 
 
 		 169 aa  68.2  0.00000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0726827  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2540  general secretion pathway protein H  37.14 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.13206  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4782  Tfp pilus assembly protein  32.7 
 
 		 179 aa  65.9  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0230  Fimbrial protein pilin  37.93 
 
 		 161 aa  64.7  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2475  N-terminal methylation site  34.53 
 
 		 172 aa  64.3  0.0000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0480  pilin subfamily protein  46.74 
 
 		 174 aa  64.3  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4781  Tfp pilus assembly protein  31.45 
 
 		 159 aa  64.3  0.0000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.431872  normal  0.26372 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3782  methylation site containing protein  37.86 
 
 		 148 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1078  pilin  30.13 
 
 		 162 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.18456 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0463  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  31.75 
 
 		 167 aa  62  0.000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.961425  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0065  pilin  34.31 
 
 		 170 aa  61.2  0.000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.154072 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3896  Fimbrial protein pilin  34.97 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0485  fimbrial protein pilin  31.91 
 
 		 136 aa  60.1  0.00000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0558  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  36.23 
 
 		 168 aa  59.3  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.791178  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1889  hypothetical protein  55.56 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58730  type IV pilin structural subunit  32.19 
 
 		 179 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.279942  normal  0.457351 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3356  fimbrial protein pilin: general secretion pathway protein H  31.91 
 
 		 137 aa  58.2  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.669833  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0269  fimbrial protein pilin  31.25 
 
 		 151 aa  57.4  0.00000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.372108  normal  0.389594 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0680  fimbrial protein pilin  30.71 
 
 		 136 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1510  fimbrial protein  30.99 
 
 		 138 aa  56.6  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  unclonable  0.0000000690325  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0557  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  61.36 
 
 		 173 aa  56.6  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5973  general secretion pathway protein H  35.16 
 
 		 198 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0600966 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3344  prepilin-type cleavage/methylation  43.53 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.62769  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5161  type IV pilin structural subunit  29.22 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0477  putative type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  41.3 
 
 		 173 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0748911  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0634  fimbrial protein pilin  32.14 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2035  hypothetical protein  35.16 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2646  hypothetical protein  35.16 
 
 		 198 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1999  fimbrial protein  28.06 
 
 		 153 aa  55.1  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1866  hypothetical protein  55.81 
 
 		 446 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.287595  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3386  hypothetical protein  55.81 
 
 		 438 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00409988 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0864  pilin  33.12 
 
 		 163 aa  55.1  0.0000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484071 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2675  general secretion pathway protein H  35.16 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3289  putative type IV fimbrial pilin protein  54.55 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0799  fimbrial protein pilin  45.45 
 
 		 139 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0744296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2242  fimbrial protein pilin  38.89 
 
 		 151 aa  54.7  0.0000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0233874  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0720  fimbrial protein pilin  48.39 
 
 		 133 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0677  putative type IV fimbrial pilin protein  54.55 
 
 		 207 aa  54.3  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.458693 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0675  fimbrial protein pilin  32.14 
 
 		 136 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0357739 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0250  fimbrial subunit  34.59 
 
 		 152 aa  54.3  0.0000006  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0333044  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2693  general secretion pathway protein H  34.07 
 
 		 198 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.289926  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2567  general secretion pathway protein H  34.07 
 
 		 198 aa  53.9  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4040  fimbrial protein pilin  26.83 
 
 		 178 aa  53.5  0.0000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.736529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12104  fimbrial protein  33.76 
 
 		 165 aa  53.9  0.0000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.246946  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2126  methylation  30.97 
 
 		 146 aa  53.1  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.196428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0656  general secretion pathway protein H  54.55 
 
 		 199 aa  52.8  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0816  type IV pilus biogenesis protein  46.77 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3387  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  53.19 
 
 		 196 aa  52.4  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.437334  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4536  fimbrial protein pilin  29.29 
 
 		 136 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0446  putative type IV fimbrial pilin protein  52.27 
 
 		 205 aa  51.2  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.590776 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1265  methylation  54.55 
 
 		 160 aa  51.2  0.000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00964428  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0478  type 4 fimbrial pilin signal peptide protein  71.88 
 
 		 169 aa  50.8  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.322644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4674  methylation  48.89 
 
 		 169 aa  50.4  0.000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.953976  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1878  hypothetical protein  46.3 
 
 		 137 aa  49.7  0.00001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4819  general secretion pathway protein H  31.88 
 
 		 138 aa  49.3  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.80083  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0864  peptidase S49, protease IV  35.25 
 
 		 139 aa  48.9  0.00002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04051  fimbrial protein  28.24 
 
 		 224 aa  49.3  0.00002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0872  general secretion pathway protein H  37.5 
 
 		 152 aa  48.5  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.854476  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0780  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  29.13 
 
 		 157 aa  47.8  0.00005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4679  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA  46.67 
 
 		 168 aa  47.8  0.00006  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0927  type IV pilus biogenesis protein  48.98 
 
 		 142 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3175  Fimbrial protein pilin  30.5 
 
 		 134 aa  47  0.00008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2629  type IV pilus subunit PilA  32.54 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1018  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  39.13 
 
 		 161 aa  46.6  0.0001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0252  fimbrial protein pilin  39.42 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0461  fimbrial protein precursor PilE (MS11 antigen)  42.86 
 
 		 167 aa  46.2  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.653734  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04886  pilin  29.92 
 
 		 141 aa  46.2  0.0001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.969324  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4444  type IV pilin  53.66 
 
 		 160 aa  45.8  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0015  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  42.03 
 
 		 193 aa  45.4  0.0002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.170754  normal  0.192574 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0802  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  26.95 
 
 		 152 aa  45.4  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.964553  normal  0.826959 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5180  fimbrial protein pilin  40.68 
 
 		 169 aa  45.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0088813  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2064  hypothetical protein  30.22 
 
 		 364 aa  44.7  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00393707  normal  0.614114 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0627  putative major pilin subunit  30.84 
 
 		 147 aa  44.7  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3422  fimbrial protein pilin  31.33 
 
 		 148 aa  44.7  0.0004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5196  type 4 fimbrial biogenesis protein PilE  48.94 
 
 		 141 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3385  fgenesh4_pg.C_scaffold_2883000002  38.89 
 
 		 199 aa  44.7  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1058  Tfp pilus assembly protein major pilin PilA-like protein  38.1 
 
 		 176 aa  44.7  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.110537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2523  methylation  43.75 
 
 		 141 aa  44.3  0.0005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2663  type IV pilus biogenesis protein PilE  46.81 
 
 		 142 aa  44.3  0.0005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.839094  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2882  methylation  28.28 
 
 		 132 aa  44.3  0.0006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.938712  normal  0.364905 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0441  Fimbrial protein pilin  36.13 
 
 		 167 aa  43.9  0.0007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1261  hypothetical protein  38.33 
 
 		 168 aa  43.9  0.0007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0571  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  35.53 
 
 		 163 aa  43.5  0.0008  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1217  type IV pilus biogenesis protein PilE  40.68 
 
 		 141 aa  43.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1865  pilus assembly protein  32.17 
 
 		 134 aa  43.5  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0979  PilA  60 
 
 		 207 aa  43.5  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0649  pilin family protein  60 
 
 		 207 aa  43.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0477  prepilin-type cleavage/methylation  30.49 
 
 		 148 aa  43.5  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.695821  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2678  putative type IV pilin  60 
 
 		 189 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2398  putative type IV pilin  60 
 
 		 207 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.558979  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1422  Tfp pilus assembly protein PilE-like protein  40 
 
 		 169 aa  43.5  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0011  putative type IV pilin  60 
 
 		 189 aa  43.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>